垫片
垫片

PDBsum条目5ybd

转至PDB代码:
蛋白质 域名 蛋白质-蛋白质界面 链接
DNA结合蛋白 PDB id
5个月

 

 

 

 

加载。。。

 
JSmol公司 PyMol公司  
目录
蛋白质
公元96年。
DNA/RNA
PDB id:
5个月
姓名: DNA结合蛋白
标题: ergp55与e74dna复合物ets结构域的X射线结构
结构: 转录调节因子erg.链:a,x.片段:ets结构域,unp残基317-406。同义词:转化蛋白erg。工程:是的。DNA(5'-d(p-Ap-Cp-Cp-Gp-Gp-Ap-Ap-Gp-T)-3')。链条:b,y。工程:是的。DNA(5’-d(p Cp Ap Cp Tp Tp Cp Cp Gp T)-3’)。
资料来源: 智人。人类。有机体_出租车:9606。基因:erg。表达于:肠杆菌噬菌体l1。Expression_system_taxid:268588。表达式系统变量:de3。Expression_system_cell:智人。合成:是的。
分辨率:
2.77Å     R系数:   0.208     无R:   0.282
作者: A.K.Saxena,S.P.Gangwar公司
密钥参考: R.夏尔马等。(2018).ERG3及其与E74启动子DNA序列复合物ETSi结构域的比较结构分析。晶体学报F结构生物通讯,74,656-663.PubMed编号:30279318 内政部:10.1107/S2053230X1801110X
日期:
2017年9月4日 发布日期:   2018年11月14日
PROCHECK检查
转到PROCHECK摘要
 标题
 工具书类

蛋白质链
Pfam公司   架构模式 ?
第11308页 (ERG_HUMAN)-智人转录调节因子ERG
序号:
结构:
公元479年。
上午96点。*
密钥: PfamA域 二级结构
* PDB和UniProt序列不同在6个残留位置(黑色十字架)

DNA/RNA链
  A-C-C-G-A-A-G-T 9个底座
  C-A-C-T-C-C-C-G-G-T公司 10个底座
  A-C-C-G-A-A-G-T 9个底座
  C-A-C-T-C-C-C-G-G-T公司 10个底座

酶反应
酶类: 电气控制。?
[国际酶] [ExPASy] [KEGG](KEGG) 【布伦达】

 

 
DOI编号:10.1107/S2053230X1801110X 晶体学报F结构生物通讯 74:656-663(2018)
PubMed编号:30279318  
 
 
ERG3及其与E74启动子DNA序列复合物ETSi结构域的比较结构分析。
R.Sharma, S.P.Gangwar, A.K.Saxena。
 
  摘要  
 
ERG3(ETS相关基因)是ETS(成红细胞)的成员转化特异性)转录因子家族,其中包含保守的DNA结合域。ETS转录因子家族的不同之处在于它们与启动子DNA序列的结合及其DNA序列的机制人们对歧视知之甚少。在当前的研究中,ETSi的晶体空间群中的域(包含CID基序的ERG3的ETS域)第4页1212及其与E74 DNA序列的复合物(DNA9)在空间组C222中1获得了及其确定了结构。ETSi畴的比较结构分析及其与DNA的复合物9具有先前确定的结构空间ERGi结构域(包含抑制基序的ERG的ETS结构域)P6组5212和ERGi-DNA12中的复数空间组P4121进行了2次。ETSi域是在溶液和晶体学中观察到同二聚体非对称单元。ETSi畴结构与ERGi结构域在C末端表现出主要的构象变化DNA结合自动抑制(CID)基序,而在ETSi域结构的循环区域。ETSi-DNA9中的复数空间组C2221形成一个与ERG-DNA12空间群P4中的复数1212在复合物叠加后,观察到主要的构象变化在DNA的5'和3'端9,而核心GGA的构象核苷酸非常保守。ETSi-DNA的比较9ETS 1类蛋白-DNA复合物已知结构的结构表明启动子DNA结合和特异性的异同1类ETS蛋白。
 

 

垫片

垫片