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蛋白质 配体 蛋白质-蛋白质界面 链接
免疫系统 PDB id
3比克

 

 

 

 

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JSmol公司 PyMol公司  
目录
蛋白质
公元212年。 *
公元116年。 *
配体
高尔夫球
水域 ×76
*残留物保存分析
PDB id:
3比克
姓名: 免疫系统
标题: pd-1/pd-l1配合物的晶体结构
结构: 程序性细胞死亡1配体1。链:a.片段:细胞外区域。同义词:程序性死亡配体1、pd-l1、pdcd1配体1,b7同源物1,b7-h1,cd274抗原。工程设计:是的。程序性细胞死亡蛋白1。链:b,c。片段:胞外结构域。
资料来源: 智人。人类。有机体_出租车:9606。基因:cd274、b7h1、pdcd1l1、pdcd1lg1、pdl1。表达单位:大肠杆菌。表达式系统最大值:562。小肌肉。家鼠。有机体_出租车:10090。
分辨率:
2.65Å     R系数:   0.214     无R:   0.268
作者: D.Y.Lin、Y.Tanaka、M.Iwasaki、A.G.Gittis、H.P.Su、B.Mikami、T.Okazaki、T.Honjo、N.Minato、D.N.Garboczi
密钥参考:
D.Y.林等。(2008年)。PD-1/PD-L1复合物类似抗体和T细胞受体的抗原结合Fv结构域。美国国家科学院程序,105,3011-3016.PubMed编号:18287011 内政部:10.1073/pnas.0712278105
日期:
2007年11月30日 发布日期:   2008年2月26日
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 标题
 工具书类

蛋白质链
Pfam公司   架构模式 ?
问题9NZQ7 (PD1L1_胡曼)-智人细胞程序性死亡1配体1
序号:
结构:
公元290年。
公元212年。
蛋白质链
Pfam公司   架构模式 ?
企02242 (PDCD1_MOUSE)-肌肉中的程序性细胞死亡蛋白1
序号:
结构:
公元288年。
公元116年。*
密钥: PfamA域 二级结构 CATH域
* PDB和UniProt序列不同1个残留位置(黑色交叉)

酶反应
酶类: 链条A、B、C: 电气控制。?
[国际酶] [ExPASy] [KEGG](KEGG) 【布伦达】

 

 
DOI编号:10.1073/pnas.0712278105 美国国家科学院程序 105:3011-3016(2008)
PubMed编号:18287011  
 
 
PD-1/PD-L1复合物类似抗体和T细胞受体的抗原结合Fv结构域。
D.Y.Lin, 田中Y, 岩崎先生, A.G.吉提斯, H.P.苏, B.Mikami, T.Okazaki, T.Honjo, N.Minato, D.N.Garbozzi。
 
  摘要  
 
结合后通过程序性死亡1(PD-1)抑制受体发出信号其配体PD-L1抑制对自身抗原和肿瘤的免疫反应在维持外周免疫耐受中起重要作用。PD-1抑制信号的释放使“耗尽的”病毒特异性T细胞复活慢性病毒感染中的细胞。这里我们展示了小鼠PD-1与人PD-L1复合物。PD-1和PD-L1通过与IgV一样,它们的Ig变量(IgV)结构域的前部和侧面都是保守的抗体和T细胞受体的结构域。这会将循环放置在PD-1/PD-L1复合物同一侧的IgV结构域,形成一个表面类似于抗体和T细胞的抗原结合表面受体。绘制保守的残基图可以识别残基对于形成PD-1/PD-L1接口非常重要。根据结构,我们发现一些报道的结合缺失突变涉及PD-1/PD-L1相互作用,但其他影响蛋白质折叠。PD-1/PD-L1这里描述的相互作用可能被抗体或设计的小分子药物可以降低抑制信号,从而产生更强的免疫反应。免疫受体样环为进一步研究提供了新的表面研究并设计可能影响PD-1/PD-L1的分子复合物的形成,从而调节免疫反应。
 
  所选图形  
 
图1。
PD-1/PD-L1综合体的两个视图。两个单域晶体不对称单元中的PD-1分子如图所示红色(PD-1)和紫色(第二个PD-1)。双域PD-L1分子显示为蓝色。两个β-片的链PD-1标记为ABED和A′GFCC′C〃。The strands of thePD-L1 V结构域的两个β片标记为AGFCC′C〃和床。请注意,第二个PD-1与PD-1和PD-L1,如图右侧所示。N-连接的糖基化位点(金)位于PD-1残基49、58、,74和116以及PD-L1残留物35。任何预计有五个潜在地点不会干扰复合物的形成。右侧视图在旋转后垂直轴周围45°。N和C端子为已确定。
图2。
PD-1/PD-L1接口。所示为的立体视图PD-1/PD-L1界面显示残留物的侧链PD-1(红色)的β链(CC′FG)和β链(GFCC′)上的β链,从左到右)的PD-L1(蓝色),用于建立触点。相互作用图示为PD-1侧链(粉红色)和PD-L1(浅蓝色);对于清晰度-没有显示一些侧链。虚线(黄色)表示界面中形成的氢键以及与水的氢键分子。
 
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首先显示最新的参考文献。引用数据部分来自CiteXlore公司和部分从自动收割过程中。请注意,这可能是由于并非所有期刊都包含在任何一种方法。然而,我们正在不断建立引文数据因此,随着时间的推移,将包含越来越多的参考文献。当参考描述PDB结构时,PDB代码是如右图所示。

 

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