|
|
|
|
|
|
|
2类酶: |
|
链条A:
电气控制。?
|
|
|
|
|
|
|
3类酶: |
|
链条B:
E.C.2.3.2-
- ?????
|
|
|
|
|
|
|
|
|
注意,如果给出了一个以上的E.C.等级(如上所述),每个等级可以对应于不同的蛋白质结构域,或者在多蛋白的情况下前体,以不同的成熟蛋白质。
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
DOI编号:
|
生物化学杂志
280:40122-40129(2005) |
PubMed编号:
|
|
|
|
|
|
SUMO结合基序的小泛素样修饰语(SUMO)识别:结合方向的反转。
|
J.Song,
Z.Zhang,
胡伟,
Y.陈。
|
|
|
|
|
摘要 |
|
|
|
|
Sumoylation最近被确定为一种重要的机制调节蛋白质相互作用和基本细胞功能的定位,例如基因转录、亚核结构形成、病毒感染和细胞周期进展。一个SUMO结合氨基酸序列基序(SBM)识别sumoylation依赖性中修饰蛋白的SUMO部分最近的几项研究一致确定了细胞功能。为了理解SBM识别SUMO的机制,我们解决了SUMO-1与含有SBM的肽复合物的溶液结构源自蛋白PIASX(KVDVIDLTIESSSSDEEEDPPAKR)。令人惊讶的是结构表明,SBM的束缚取向可以根据序列上下文。该结构还揭示了一种新的通过类泛素模块识别目标序列。不像泛素绑定图案,它们都形成螺旋并绑定到泛素,SBM形成一个延伸结构,在α-螺旋和SUMO-1的β链。这项研究提供了一个明确的机制SBM序列变异及其对SUMO部分的识别sumoylated蛋白。
|
|
|
|
|
|
所选图形 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
图2。 图2。PIASX-P·SUMO-1的解决方案结构复杂。A、 叠加C的立体视图[]痕迹PIASX-P·SUMO-1配合物的10个NMR结构。SUMO-1显示为深粉红色,残留物2-8和其他PIASX-P肽的残基显示为蓝色和橙色,分别是。B、 功能区图的立体视图核磁共振结构系综的代表性结构方向相同。颜色代码与A中的相同。 |
|
图3。 图3。的绑定接口PIASX-P·SUMO-1复合物。A、 功能区的立体视图SUMO-1(粉红色)与PIASX-P肽复合物的图(浅蓝色)。关键接口残留物的侧链(从中观察到分子间NOE)来自SUMO-1以深粉红色显示,残留物的侧链参与交互的PIASX-P以蓝色显示。B、 一个除SUMO-1显示为疏水和芳香残基的表面表征以绿色表示。C、 与B中具有表面的视图相似根据静电电位进行颜色编码的SUMO-1。红色到蓝色对应于负静电到正静电潜力。肽的残基1-8的侧链为用红色表示酸性侧链和碱性侧链链条用蓝色表示。所有其他残留物的侧链以绿色表示。 |
|
|
|
|
|
以上数字为重印经ASBMB许可:生物化学杂志(2005,280,40122-40129)版权所有2005。
|
|
|
数字是挑选出来的通过自动化流程。
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
公共医疗id
|
|
参考
|
|
|
|
|
A.A.Armstrong,
F.Mohideen,
和
C.D.利马(2012年)。
识别SUMO修饰的PCNA需要Srs2中的串联受体基序。
|
|
自然,483,59-63. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
A.G.穆拉切利,
J.Ebert,
C.巴斯金,
H.Le Hir,
和
E.康迪(2012年)。
ASAP核心复合物的结构揭示了含有Pinin的PSAP复合物的存在。
|
|
自然结构分子生物学,19,378-386. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
C.M.希基,
N.R.威尔逊,
和
M.Hochstrasser先生(2012年)。
SUMO蛋白酶的功能和调节。
|
|
Nat Rev Mol细胞生物学,13,755-766. |
|
|
|
|
|
A.Plechanovová,
E.G.贾夫雷,
S.A.McMahon,
K.A.Johnson,
I.Navrátilová,
J.H.奈史密斯,
和
R.T.海伊(2011).
二聚环连接酶RNF4泛素化的机制。
|
|
自然结构分子生物学,18,1052-1059. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
C.C.Chang,
M.T.奈克,
Y.S.Huang,
J.C.Jeng,
廖振华,
郭怡广,
C.C.Ho、,
Y.L.谢,
C.H.林,
黄新杰,
N.M.奈克,
C.C.Kung,
S.Y.Lin,
R.H.陈,
K.S.Chang公司,
黄太华,
和
H.M.Shih先生(2011).
Daxx-SIM磷酸化在SUMO旁选择结合和凋亡调节中的结构和功能作用。
|
|
摩尔细胞,42,62-74. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
C.Smet-Nocca公司,
J.M.Wieruszeski,
H.Léger,
S.Eilebrecht,
和
A.贝内克(2011).
SUMO-1调节胸腺嘧啶-DNA糖苷酶调节域的构象动力学,并与其DNA结合活性竞争。
|
|
BMC生物化学,12,4 |
|
|
|
|
|
C.V.Segré,
和
S.Chiocca公司(2011).
调节调节因子:I类HDAC1和HDAC2的翻译后编码。
|
|
生物技术杂志,2011,690848 |
|
|
|
|
|
R.N.吉尔布雷斯,
K.Truong,
I.马杜,
A.Koide,
J.B.Wojcik,
N.S.李,
J.A.Piccirilli,
Y.Chen,
和
S.Koide公司(2011).
使用结构导向库设计设计的小泛素相关修饰物的异构体特异性单体抑制剂。
|
|
美国国家科学院程序,108,7751-7756. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
S.K.Mishra,
T.阿蒙,
G.M.Popowicz,
M.Krajewski,
R.J.Nagel,
阿瑞斯先生,
T.A.Holak,
和
S.Jentsch公司(2011).
泛素样蛋白Hub1在剪接位点使用和选择性剪接中的作用。
|
|
自然,474,173-178. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
T.Saether,
D.R.帕塔比拉曼,
A.H.Alm-Kristiansen,
L.T.Vogt-Kielland公司,
T.J.贡达,
和
O.S.加布里尔森(2011).
c-Myb反式激活域中的一个功能性SUMO相互作用基序调节其髓样转化能力。
|
|
癌基因,30,212-222. |
|
|
|
|
|
A.F.Yousef,
G.J.Fonseca,
P.Pelka等人,
J.N.Ablack,
C.沃尔什,
F.A.Dick,
D.P.Bazett-Jones,
G.S.肖,
和
J.S.米姆雷克(2010).
鉴定E1A癌蛋白中结合SUMO结合酶UBC9并可能干扰多SUMO化的分子识别特征。
|
|
癌基因,29,4693-4704. |
|
|
|
|
|
C.W.Liew,
H.Sun,
T.Hunter,
和
C.L.日(2010).
环结构域二聚化对RNF4功能至关重要。
|
|
生物化学杂志,431,23-29. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
J.C.Merrill,
T.A.Melhuish,
M.H.卡吉,
S.H.杨,
A.D.Sharrocks,
和
D.沃顿(2010).
非共价SUMO相互作用基序在Pc2/CBX4 E3活性中的作用。
|
|
公共科学图书馆一号,5,e8794。 |
|
|
|
|
|
J.M.Winget,
和
T.市长(2010).
泛素识别的多样性:热点和不同的特异性。
|
|
摩尔细胞,38,627-635. |
|
|
|
|
|
J.R.加罗,
和
C.D.利马(2010).
SUMO途径:形成特异性、结合和识别的新机制。
|
|
Nat Rev Mol细胞生物学,11,861-871. |
|
|
|
|
|
S.Eilebrecht,
C.Smet-Nocca公司,
J.M.Wieruszeski,
和
A.贝内克(2010).
SUMO-1具有DNA结合活性。
|
|
BMC Res说明,三,146 |
|
|
|
|
|
S.H.杨,
和
A.D.Sharrocks公司(2010).
Pc2的SUMO E3连接酶活性通过SUMO相互作用基序进行协调。
|
|
分子细胞生物学,30,2193-2205. |
|
|
|
|
|
李彦杰,
J.M.斯塔克,
D.J.Chen,
D.K.Ann,
和
Y.陈(2010).
SUMO:SIM介导的蛋白质相互作用在非同源末端连接中的作用。
|
|
癌基因,29,3509-3518. |
|
|
|
|
|
谢义勇,
E.M.鲁宾斯坦,
T.马特,
和
M.Hochstrasser先生(2010).
SUMO靶向泛素连接酶对短寿命转录因子的体内依赖性活性。
|
|
基因开发,24,893-903. |
|
|
|
|
|
C.S.Seu,
和
Y.陈(2009).
核磁共振波谱鉴定SUMO结合基序。
|
|
分子生物学方法,497,121-138. |
|
|
|
|
|
M.B.Kroetz,
和
M.Hochstrasser先生(2009).
酵母双杂交分析鉴定SUMO相互作用蛋白。
|
|
分子生物学方法,497,107-120. |
|
|
|
|
|
M.C.Geoffroy,
和
R.T.海伊(2009).
SUMO在泛素介导的蛋白水解中的另一个作用。
|
|
Nat Rev Mol细胞生物学,10,564-568. |
|
|
|
|
|
M.Hochstrasser先生(2009).
泛素样蛋白的起源和功能。
|
|
自然,458,422-429. |
|
|
|
|
|
M.M.Rytinki,
S.Kaikkonen,
P.Pehkonen,
T.Jääskeläinen,
和
J.J.帕尔维莫(2009).
PIAS蛋白:与SUMO相关的多效性相互作用物。
|
|
细胞分子生命科学,66,3029-3041. |
|
|
|
|
|
C.Ng,
R.A.杰克逊,
J.P.布希多夫,
问:孙,
G.R.盖伊,
和
J.西瓦拉曼(2008).
新型肽内H键和c-Cbl-TKB结构域底物反向结合的结构基础。
|
|
欧洲工商管理硕士J,27,804-816. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
F.Mohideen,
和
C.D.利马(2008).
SUMO控制泛素特异性蛋白酶。
|
|
摩尔细胞,30,539-540. |
|
|
|
|
|
J.J.佩里,
J.A.Tainer,
和
博迪医学博士(2008).
SUMO和泛素的同时作用。
|
|
生物化学科学趋势,33,201-208. |
|
|
|
|
|
K.Thakar,
R.尼登塔尔,
E.Okaz,
S.Franken,
A.雅各布斯,
S.Gupta,
S.Kelm公司,
和
F.迪茨(2008).
肝癌衍生生长因子的SUMO化对其与染色质的结合产生负面影响。
|
|
FEBS J公司,275,1411-1426. |
|
|
|
|
|
P.Knipschaile,
A.弗洛托,
H.Klug,
J.V.Olsen,
W.J.van Dijk,
A.鱼类,
E.S.Johnson,
M.Mann,
T.K.Sixma公司,
和
A.皮克勒(2008).
Ubc9 sumoylation调节SUMO靶点歧视。
|
|
摩尔细胞,31,371-382. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
Z.Tang,
C.M.赫克,
A.Scheschonka,
和
H.贝茨(2008).
sumoylation级联反应中的蛋白质相互作用:X射线结构的教训。
|
|
FEBS J公司,275,3003-3015. |
|
|
|
|
|
A.D.Capili,
和
C.D.利马(2007).
循序渐进:泛素/泛素样蛋白修饰途径结构研究的机制见解。
|
|
当前操作结构生物,17,726-735. |
|
|
|
|
|
A.V.伊万诺夫,
H.Peng,
V.Yurchenko,
K.L.Yap,
D.G.Negorev,
D.C.Schultz,
E.Psulkowski,
W.J.弗雷德里克斯,
D.E.怀特,
G.G.Maul,
M.J.Sadofsky,
M.M.Zhou先生,
和
F.J.劳舍尔(2007).
PHD结构域介导的E3连接酶活性指导基因沉默所需的相邻溴代多巴胺的分子内酰化。
|
|
摩尔细胞,28,823-837. |
|
|
|
|
|
B.T.染料,
和
B.A.舒尔曼(2007).
泛素样蛋白翻译后修饰的结构机制。
|
|
生物物理生物分子结构年鉴,36,131-150. |
|
|
|
|
|
D.M.Duda,
R.C.van Waardenburg,
L.A.博格,
S.McGarity,
A.名词,
M.B.Waddell,
M.A.Bjornsti,
和
B.A.舒尔曼(2007).
结合Smt3p-Ubc9p的SUMO结合-运动模拟物的结构:非共价泛素样蛋白-E2复合物的保存,作为SUMO途径内选择性相互作用的平台。
|
|
分子生物学杂志,369,619-630. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
H.Sun,
J.D.Leverson,
和
T.亨特(2007).
真核生物中RNF4家族蛋白的保守功能:靶向SUMOylated蛋白的泛素连接酶。
|
|
欧洲工商管理硕士J,26,4102-4112. |
|
|
|
|
|
杜建新,
C.C.Yun,
A.Bialkowska,
和
V.W.杨(2007).
活化STAT1蛋白抑制剂与促增殖转录因子Krüppel-like因子5相互作用并上调其活性。
|
|
生物化学杂志,282,4782-4793. |
|
|
|
|
|
K.Janssen,
T.G.霍夫曼,
D.A.Jans,
R.T.海伊,
K.Schulze-Othoff公司,
和
U.Fischer公司(2007).
通过SUMO偶联修饰Apoptin并靶向早幼粒细胞白血病蛋白核体。
|
|
癌基因,26,1557-1566年。 |
|
|
|
|
|
N.Stankovic-Valentin,
S.Deltour,
J.Seeler,
S.Pinte,
G.Vergoten,
C.Guérardel,
A.Dejean,
和
D.勒普林斯(2007).
通过肿瘤抑制因子HIC1中系统发育保守的psiKXEP基序的乙酰化/脱乙酰化-SUMO基化开关调节转录抑制活性。
|
|
分子细胞生物学,27,2661-2675. |
|
|
|
|
|
O.科舍尔(2007).
SUMO接头-你的功能是什么?SUMO互动主题的新见解。
|
|
EMBO代表,8,550-555. |
|
|
|
|
|
R.D.Mohan,
A.Rao,
J.Gagliardi,
和
M.蒂尼(2007).
胸腺嘧啶DNA糖基化酶的SUMO-1依赖变构调节改变亚核定位和CBP/p300募集。
|
|
分子细胞生物学,27,229-243. |
|
|
|
|
|
R.Geiss-Friedlander,
和
F.梅尔基奥(2007).
苏美化的概念:十年过去了。
|
|
Nat Rev Mol细胞生物学,8,947-956. |
|
|
|
|
|
S.Martin,
K.A.Wilkinson,
A.西施穆恩,
和
J.M.亨利(2007).
蛋白质SUMO酸化在神经元功能和功能障碍中的核外作用。
|
|
Nat Rev神经科学,8,948-959. |
|
|
|
|
|
B.T.西特,
I.迪基克,
周先生,
和
T.鲍森(2006).
用相互作用域读取蛋白质修饰。
|
|
Nat Rev Mol细胞生物学,7,473-483. |
|
|
|
|
|
H.重做,
和
G.瓦克斯曼(2006).
通过β链添加的蛋白质-蛋白质相互作用。
|
|
生物化学科学趋势,31,436-444中。 |
|
|
|
|
|
H.V.Nguyen,
J.L.Chen,
钟敬杰,
K.J.Kim,
E.D.克兰德尔,
Z.波罗,
Y.Chen,
和
D.K.安(2006).
氨甲酰化通过调节唾液上皮细胞的适应性反应,减弱对缺氧或去铁沙明诱导的损伤的敏感性。
|
|
美国病理学杂志,168,1452-1463. |
|
|
|
|
|
J.W.哈珀,
和
B.A.舒尔曼(2006).
泛素识别的结构复杂性。
|
|
单元格,124,1133-1136. |
|
|
|
|
|
L.Penengo,
马佩利先生,
A.G.穆拉切利,
S.Confalonieri,
L.Magri,
A.穆萨乔,
P.P.Di Fiore,
S.Polo,
和
T.R.施耐德(2006).
rabex-5泛素结合域的晶体结构揭示了与泛素的两种相互作用模式。
|
|
单元格,124,1183-1195. |
|
PDB代码:
|
|
|
|
|
|
|
O.Kerscher,
R.Felberbaum,
和
M.Hochstrasser先生(2006).
泛素和泛素样蛋白对蛋白质的修饰。
|
|
年收入细胞开发生物,22,159-180. |
|
|
|
|
|
R.Boggio,
和
S.Chiocca公司(2006).
病毒与sumoylation:最新热点。
|
|
Curr Opin微生物,9,430-436. |
|
|
|
|
首先显示最新的参考文献。引文数据部分来自CiteXlore公司和部分来自自动收割程序。请注意,这可能是由于并非所有期刊都包含在任何一种方法。然而,我们正在不断建立引文数据因此,随着时间的推移,将会有越来越多的参考文献。当参考描述PDB结构时,PDB代码是如右图所示。
|
');
}
}
|