垫片
垫片

PDBsum条目1xiw

转至PDB代码:
蛋白质 蛋白质-蛋白质界面 链接
膜蛋白/免疫系统 PDB id
1个iw

 

 

 

 

加载。。。

 
JSmol公司 PyMol公司  
目录
蛋白质
公元91年。 *
公元66年。 *
公元107年。 *
公元122年。 *
水域 ×319
*残留物保存分析
PDB标识:
1个
姓名: 膜蛋白/免疫系统
标题: 人cd3-e/d二聚体与ucht1单链抗体片段复合物的晶体结构
结构: T细胞表面糖蛋白cd3ε链。链:a,e.片段:外结构域。同义词:t细胞表面抗原t3/leu-4ε链。工程设计:是的。T细胞表面糖蛋白cd3德尔塔链。链:b,f。片段:外结构域。同义词:t细胞受体t3δ链。
资料来源: 智人。人类。有机体_出租车:9606。基因:cd3e,t3e。表达单位:大肠杆菌bl21(de3)。表达式_系统_最大值:469008。基因:cd3d,t3d。小肌肉。家鼠。
生物单位: 八聚体(来自PQS公司)
分辨率:
1.90Å     R系数:   0.204     无R:   0.241
作者: K.L.Arnett、S.C.Harrison、D.C.Wiley
密钥参考:
K.L.阿内特等。(2004).人CD3-ε/δ二聚体与UCHT1单链抗体片段复合物的晶体结构。美国国家科学院程序,101,16268-16273.PubMed编号:15534202 内政部:10.1073/pnas.0407359101
日期:
2004年9月22日 发布日期:   2004年11月16日
PROCHECK检查
转到PROCHECK摘要
 标题
 工具书类

蛋白质链
Pfam公司   ArchSchema(架构)
P07766号 (CD3E_人类)-智人T细胞表面糖蛋白CD3ε链
序号:
结构:
公元207年。
公元91年。
蛋白质链
Pfam公司   ArchSchema(架构)
P04234号 (CD3D_HUMAN)-智人T细胞表面糖蛋白CD3δ链
序号:
结构:
公元171年。
公元66年。*
蛋白质链
此链没有UniProt id
结构: 公元107年。
蛋白质链
此链没有UniProt id
结构: 公元122年。
密钥: PfamA域 二级结构 CATH域
* PDB和UniProt序列不同在1个残留物位置(黑色交叉)

 

 
DOI编号:10.1073/pnas.0407359101 美国国家科学院程序 101:16268-16273(2004)
PubMed编号:15534202  
 
 
与UCHT1单链抗体片段复合的人CD3ε/δ二聚体的晶体结构。
K.L.Arnett, S.C.哈里森, D.C.威利。
 
  摘要  
 
α/βT细胞受体复合物传递来自MHC/肽的信号抗原通过一组组成相关的信号分子,包括CD3-epsilon/gama和CD3-epsilon/delta。我们报告了水晶人CD3-epsilon/delta复合物的1.9-A分辨率结构外结构域异二聚体和UCHT1抗体的单链片段。CD3-epsilon/delta和CD3-epsilon/gama在免疫球蛋白折叠外结构域,两条G链平行排列。CD3-delta有一个与CD3-gamma相比,具有更多的电负性表面和更紧密的Ig折叠;因此,两个CD3异二聚体具有明显不同的分子表面。UCHT1抗体在与二聚体相对的CD3ε酸性区域附近结合界面,阻止该区域与TCR直接交互。这个免疫显性表位可能是TCR/CD3中唯一可接触的表面复杂,因为UCHT1和OKT3的结合位点重叠抗体。CD3-epsilon/delta结构的确定完成了设置TCR/CD3球状外结构域,并提供有关暴露CD3的信息曲面。
 
  所选图形  
 
图1。
图1。CD3的结构-//UCHT1-scFv复合物和CD3的拓扑结构-/二聚体。(a) 功能区图示CD3-(红色),CD3-(蓝色),UCHT1重链可变域(绿色)和UCHT1轻链可变域(黄色)。八个CD3-股和七个CD3-绞线标记为A-G通过使用I-set和C1-set Ig折叠的标准命名法,分别是。使用弱密度或密度建模的残留物来自第二个数据集的数据是灰色的。糖基化位点CD3细胞-在Asn-17和Asn-53(灰色棍子)有标记,但不存在聚糖这种细菌表达的蛋白质。B之间的二硫键F股为橙色。(b) 旋转六十度CD3(CD3)-/绕轴二聚体由二聚体界面上的G链配对形成。
图4。
图4。CD3分子表面-/和UCHT1触点残留物。正负静电表面电位CD3的-/二聚体显示在蓝色和红色的半透明分子表面。CD3细胞-/方向如图所示。1.CD3-和UCHT1触点形成氢键或盐桥的残留物是显示为球杆模型。UCHT1轻链(黄色)重链(绿色)只与CD3结合-靠近侧面的电负区(用箭头表示),部分封闭并埋藏1789年的分子表面Å2。
 
  数字是挑选出来的作者。  

引用此PDB文件关键参考的文献参考

  公共医疗id 参考
21127503 P.A.van der Merwe, O.杜舍克(2011).
T细胞受体触发机制。
  Nat Rev免疫学,11,47-55.  
21059766 I.阿雷查加, M.斯瓦米, D.阿比亚, W.A.Schamel, B.Alarcón, J.M.瓦尔普埃斯塔(2010).
电子显微镜下TCR复合物的结构表征。
  国际免疫学,22,897-903.  
20553501 J.Jorda, 薛斌, V.N.乌夫斯基, A.V.卡瓦(2010).
蛋白质串联重复-越完美,结构越简单。
  FEBS J公司,277,2673-2682.  
  20452950 K.W.Wucherpfenig, E.加格农, M.J.Call, E.S.Huseby, M.E.呼叫(2010).
T细胞受体的结构生物学:对受体组装、配体识别和信号启动的见解。
  冷泉Harb Perspect生物,2,a005140。  
21134635 M.E.呼叫, 周杰伦(2010).
盲点透视:溶液核磁共振为脂质双层的信号转导提供了新的见解。
  结构,18,1559-1569.  
19755427 S.T.Kim, K.Takeuchi, Z.Y.Sun, M.图马, C.E.Castro, A.法赫米, M.J.Lang, G.Wagner, E.L.莱因赫茨(2009).
α-βT细胞受体是一种各向异性的机械传感器。
  生物化学杂志,284,31028-31037.  
19464197 T.贝多, Z.Chen, C.S.克莱门茨, L.K.伊利, S.R.布歇尔, J.P.维维安, L.Kjer-Nielsen, S.S.Pang, M.A.Dunstone, Y.C.刘, W.A.Macdonald, M.A.Perugini, M.C.威尔斯, S.R.Burrows, A.W.普尔, T.Tiganis, S.P.波托姆利, J.McCluskey, J.罗斯约翰(2009).
抗原结扎触发α-βT细胞受体恒定域内的构象变化。
  免疫,30,777-788.  
19909353 V.P.戴夫(2009).
CD3链在胸腺细胞发育中的分级作用。
  免疫学评论,232,22-33.  
19472182 Y.Chen, 石毅, H.Cheng, Y.Q.An先生, G.F.高(2009).
结构免疫学和结晶学帮助免疫学家了解免疫系统的活动:T细胞和NK细胞如何接触配体。
  IUBMB寿命,61,579-590.  
18667496 F.Bibollet-Ruche公司, B.A.McKinney, A.Duverger, F.H.瓦格纳, A.A.Ansari, 奥·库奇(2008).
通过抗体介导的T细胞受体/CD3刺激实现的黑猩猩T细胞活化和猿免疫缺陷病毒/人类免疫缺陷病毒易感性的质量是抗CD3抗体同种型的功能。
  J维罗尔,82,10271-10278.  
18555270 K.Takeuchi, H.Yang, E.Ng、, S.Y.公园, Z.Y.太阳, E.L.Reinherz, G.瓦格纳(2008).
Nck与CD3epsilon相互作用调节T细胞受体活性的结构和功能证据。
  分子生物学杂志,380,704-716.
PDB代码: 2jxb个
18653700 N.E.Rossi, J.Reiné, M.Pineda-Lezamit, M.普尔加, N.W.梅萨, M.斯瓦米, R.Risueno, W.W.Schamel公司, P.Bonay, E.Fernández-Malavé, J.R.雷奎罗(2008).
与表面αTCR结合的差异抗体。CD4+和CD8+T淋巴细胞的CD3复合物在哺乳动物中是保守的,并与差异糖基化有关。
  国际免疫学,20,1247-1258.  
18201888 S.Minguet, W.W.Schamel公司(2008).
TCR-CD3激活的许可几何模型。
  生物化学科学趋势,33,51-57.  
17635800 B.鲁宾, M.Knibiehler, J.E.盖林(2007).
与细胞外或细胞内配体相互作用后TCR/CD3结构的变构变化。
  Scand J免疫学,66,228-237.  
17923503 G.M.Siegers, M.斯瓦米, E.Fernández-Malavé, S.Minguet, S.Rathmann, A.C.Guardo公司, 佩雷斯·弗洛雷斯副总裁, J.R.Regueiro, B.Alarcón, P.Fisch, W.W.Schamel公司(2007).
人类和小鼠γT细胞受体的不同组成解释了CD3gamma和CD3delta免疫缺陷的不同表型。
  实验医学杂志,204,2537-2544.  
17960150 M.E.呼叫, K.W.Wucherpfening公司(2007).
激活免疫受体的组装和结构中的共同主题。
  Nat Rev免疫学,7,841-850.  
17188005 S.Minguet, M.斯瓦米, B.Alarcón, I.F.卢瑟, W.W.Schamel公司(2007).
T细胞受体的完全激活需要CD3的聚集和构象变化。
  免疫,26,43-54.  
17325695 Y.Y.Liu, Z.Wang, J.托马斯, K.J.古德温, S.Stavrou, D.M.内维尔(2007).
食蟹猴和恒河猴CD3epsilon的多态性及其与抗CD3抗体和免疫毒素的相关性。
  免疫细胞生物学,85,357-362.  
16918695 B.鲁宾, J.Riond, J.Leghait, J.E.盖林(2006).
CD8alphabeta和TCRalphabeta/CD3受体复合物之间的相互作用。
  Scand J免疫学,64,260-270.  
17011774 C.S.克莱门茨, M.A.Dunstone, W.A.Macdonald, J.McCluskey, J.罗斯约翰(2006).
刀刃上的特异性:α-βT细胞受体。
  当前操作结构生物,16,787-795.  
16551255 M.G.鲁道夫, R.L.斯坦菲尔德, I.A.威尔逊(2006).
TCR如何结合MHC、肽和辅助受体。
  免疫年度收益,24,419-466.  
16964534 M.Reibarkh, T.J.玛丽亚, B.T.霍普金斯, G.瓦格纳(2006).
鉴定中间交换极限中的单个蛋白和NOE。
  生物分子核磁共振杂志,36,1  
16473826 M.S.库恩斯, M.M.Davis, K.C.加西亚(2006).
解构TCR/CD3复合体的形式和功能。
  免疫,24,133-139.  
16264327 A.Fischer, G.de Saint Basile, F.自然神论(2005).
CD3缺陷。
  Curr Opin过敏临床免疫学,5,491-495.  
16356863 H.C.Chang先生, K.Tan, J.欧阳, E.帕里西尼, 刘建华, Y.Le, X.王, E.L.Reinherz, 王建华(J.H.Wang)(2005).
CD8alphaβ异二聚体的结构和突变分析,并与CD8alfaα同二聚体进行比较。
  免疫,23,661-671.
PDB代码: 2个tp
15716973 M.Krogsgaard, M.M.戴维斯(2005).
T细胞如何“看到”抗原。
  自然免疫,6,239-245.  
15728230 S.E.Levin, A.维斯(2005).
暴露的扭曲尾巴:TCR构象变化的证据。
  实验医学杂志,201,489-492.  
首先显示最新的参考文献。引文数据部分来自CiteXlore公司和部分来自自动收割程序。请注意,这可能是由于并非所有期刊都包含在任何一种方法。然而,我们正在不断建立引文数据因此,随着时间的推移,将会有越来越多的参考文献。当参考描述PDB结构时,PDB代码是如右图所示。

 

垫片

垫片