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PDBsum条目1m1u
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生物化学杂志
275:38762-38767(2000) |
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基于异亮氨酸的变构开关控制整合素CD11b A结构域中的亲和力和形状变化。
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熊建平，
R.李，
M.Essafi，
T.Stehle，
M.A.Arnaout博士。
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摘要 |
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为了响应细胞激活信号，整合素从低转换到高关联状态。生理配体通过血管性血友病与整合素结合因子A型域。结晶研究揭示了两种构象这个领域，“封闭”和“开放”。后者在与假配体或配体的复合物，表明它代表高亲和状态；然而，缺乏数据链接结构和活动。在这个沟通后，我们表达了稳定的低亲和力和高亲和力形式的整合素CD11bA结构域并确定了它们的结合等温线和晶体结构。低谷关联表单，通过删除结构域，不与生理配体结合，在封闭的构象。通过删除或替换固定的C端子Ile（316），楔入疏水插座在封闭结构中，但在开放结构中被取代。两种突变体在开放构象中结晶，并且Ile（316）-->Gly修饰整合素具有较高的亲和力。低端和低端之间的结构差异在溶液中检测到高亲和力形式。这些数据建立了结构-功能与CD11b A域相关，并定义该结构域固有的基于配体依赖异亮氨酸的变构开关它控制着它的构象和亲和力。
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所选图形 |
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图1。
图1。Ile^316协调口袋。a和b，表面CD11bA畴晶体结构在其关闭（a）和打开（b）状态，带C端子 7螺旋绿色轮廓和异亮氨酸（SILEN）残基的插座（Ile 135、Leu164、Ile ^ 236、Tyr267，位于4°半径内来自Ile ^ 316），以黄色显示。箭头指向MIDAS面在顶部。可以看出，MIDAS和SILEN几乎A域结构的两端。c和d，放大面闭合（c）和开放（d）构象中的SILEN视图。在封闭式（c），Ile^316侧链（红色）被楔入SILEN（静音）；Leu312位于顶部。Leu312在开放式结构（d）。a-d是使用GRASP建造的（Barry Honig，纽约哥伦比亚大学）。e和f，的立体视图Ile^316协调插座，位于闭合（e）和开放（f）位置构象（16）。SILEN残留物以蓝色显示红色的Ile^316和Leu312，九个的序列比对人类整合素A结构域，其中只有各自的7螺旋如图所示（CD11b中的残基302-318）。不变的Ile ^316是用红色标出。序列根据结构对齐CD11b、CD11a、CD49a和CD49b结构域的重叠。 |
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图3。
图3。11bA^123-321和11bA^123-315个域。a和b，模拟退火（F[o] F[c]）省略的C端部分的映射来自的711bA^123-321（a）和11bA123-315（b）结构。地图是1.1等高线 .c和d，带状图显示了11bA^123-321（c，红色示踪）和11bA=123-315（d，红色示波器）报告的关闭（c，绿色跟踪）和打开的结构CD11b A域的（d，绿色追踪）形式。金属离子显示为紫色球体。e和f，立体视图11bA 123-321（e）和11bA ^123-315（f）中的MIDAS结构。直接Asp242-金属键和间接Thr209-水-金属键（e）是闭合的构象（6）。MIDAS配置（直接Thr209金属键、间接Asp242-水金属键和假配体谷氨酸，占据活性部位，以绿色显示，以及直接协调金属离子）是开放的构象（6）。在e和f中，金属离子显示为紫色氢键为黄色虚线。 |
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以上数字为重印经ASBMB许可：生物化学杂志(2000,275,38762-38767)版权所有2000。
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数字是挑选出来的通过自动化流程。
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公共医疗id
|
|
参考
|
|
|
|
|
|
E.J.Park，
A.佩克索托，
Y.Imai，
A.古达尔齐，
G.Cheng，
C.V.Carman，
冯·安德里安（U.H.von Andrian），
和
M.Shimaoka先生(2010).
LFA-1亲和力调节在T细胞粘附、渗出和淋巴结间质迁移中的不同作用。
|
| |
血液,115,1572-1581. |
|
|
|
|
|
|
M.H.法里迪，
D.Maiguel，
B.T.布朗，
E.Suyama，
C.J.Barth，
M.Hedrick，
S.Vasile，
E.Sergienko，
S.Schürer，
和
V.古普塔(2010).
基于高通量筛选的整合素CD11b/CD18配体结合小分子拮抗剂的鉴定。
|
| |
生物化学-生物物理研究委员会,394,194-199. |
|
|
|
|
|
|
X.胡，
S.Kang、，
C.勒福特，
金先生，
和
金先生(2010).
用于选择新表位激活特异性抗体的组合库。
|
| |
美国国家科学院程序,107,6252-6257. |
|
|
|
|
|
|
B.H.罗，
J.卡拉尼科拉斯，
L.D.Harmacek，
D.贝克，
和
T.A.Springer公司(2009).
合理设计的整合素β3突变体稳定在高亲和力构象中。
|
| |
生物化学杂志,284,3917-3924所述。 |
|
|
|
|
|
|
C.T.勒福特，
Y.M.Hyun，
J.B.Schultz，
F.Y.劳，
R.E.Waugh，
P.A.Knauf，
和
M.Kim先生(2009).
整合素Mac-1构象变化的外-内信号传递。
|
| |
免疫学杂志,183,6460-6468中。 |
|
|
|
|
|
|
M.H.法里迪，
D.Maiguel，
C.J.Barth，
D.斯托布，
R.日，
S.Schürer，
和
V.古普塔(2009).
整合素CD11b/CD18新型激动剂的鉴定。
|
| |
生物有机医药化学快报,19,6902-6906. |
|
|
|
|
|
|
T.Isaji，
佐藤（Y.Sato），
T.福田，
和
J.顾(2009).
β1整合素I型结构域的N-糖基化对β1整合素的表达和生物功能至关重要：确定α5β1的最低N-糖基化合要。
|
| |
生物化学杂志,284,12207-12216. |
|
|
| |
|
|
E.Pluskota，
D.A.Soloviev，
D.Szpak，
C.韦伯，
和
E.F.犁(2008).
中性粒细胞凋亡：整合素αMbeta2不同配体的选择性调节。
|
| |
免疫学杂志,181,3609-3619. |
|
|
|
|
|
|
K.Yuki，
N.S.阿斯托夫，
C.Bracken，
R.Yoo，
W.Silkworth，
S.G.Soriano，
和
M.Shimaoka先生(2008).
挥发性麻醉剂异氟醚通过结合变构调节腔干扰整合素LFA-1的构象激活。
|
| |
美国财务会计准则委员会J,22,4109-4116. |
|
|
| |
|
|
V.古普塔，
J.L.阿隆索，
T.杉森，
M.Essafi，
M.Issafi，
熊建平，
和
M.A.Arnaout博士(2008).
β亚基精氨酸/赖氨酸指在整合素异二聚体形成和功能中的作用。
|
| |
免疫学杂志,180,1713-1718. |
|
|
|
|
|
|
J.Y.公园，
M.A.Arnaout，
和
V.古普塔(2007).
一种简单的、基于无刷细胞粘附的高通量分析，用于发现整合素CD11b/CD18的小分子调节物。
|
| |
J生物分子筛,12,406-417. |
|
|
|
|
|
|
M.A.Arnaout，
S.L.古德曼，
和
熊建平(2007).
基于整合素的细胞粘附的结构和机制。
|
| |
Curr Opin细胞生物学,19,495-507. |
|
|
|
|
|
|
N.G.坦福斯，
M.Essafi，
B.拉古奇，
R.Barbouche，
和
D.M.法塔拉(2007).
一种对游离β2整合素αM CD11b亚基具有限制性特异性的新型单克隆抗体的表征。
|
| |
杂交瘤（落叶松）,26,373-379. |
|
|
|
|
|
|
T.Vorup-Jensen，
T.T.Waldron，
N.Astrof，
M.Shimaoka，
和
T.A.Springer公司(2007).
整合素I结构域中金属离子亲和力和配体亲和力之间的联系。
|
| |
Biochim生物物理学报,1774,1148-1155之间。 |
|
|
|
|
|
|
V.古普塔，
A.Gylling，
J.L.阿隆索，
T.杉森，
P.Ianakiev，
熊建平，
和
M.A.Arnaout博士(2007).
β-尾结构域（betaTD）调节与整合素CD11b/CD18结合的生理配体。
|
| |
血液,109,3513-3520. |
|
|
|
|
|
|
K.泽里亚，
E.杰比，
S.Hammami，
A.马鲁菲，
S.Boubaker，
熊建平，
M.A.Arnaout，
和
D.M.法塔拉(2006).
重组整合素CD11b A结构域阻断多形核细胞募集并保护大鼠骨骼肌免受炎症损伤。
|
| |
免疫学,119,431-440. |
|
|
|
|
|
|
V.P.雅库本科，
S.P.雅达夫，
和
T.P.乌加罗瓦(2006).
整合素αDbeta2是巨噬细胞泡沫细胞上上调的粘附受体，具有多基因结合特性。
|
| |
血液,107,1643-1650. |
|
|
|
|
|
|
J.L.爱德华兹，
和
阿皮塞拉M.A(2005).
含I域整合素作为淋病奈瑟菌粘附人类上皮细胞的菌毛受体。
|
| |
细胞微生物学,7,1197-1211. |
|
|
|
|
|
|
M.A.Arnaout，
B.马哈林根，
和
熊J.P(2005).
整合素结构、变构和双向信号。
|
| |
年收入细胞开发生物,21,381-410中描述。 |
|
|
|
|
|
|
T.Vorup-Jensen，
C.V.卡曼，
M.Shimaoka，
P.Schuck，
J.Svitel，
和
T.A.Springer公司(2005).
暴露酸性残基作为整合素αXβ2识别纤维蛋白原和其他大分子的危险信号。
|
| |
美国国家科学院程序,102,1614-1619. |
|
|
|
|
|
|
A.L.Jannuzi，
T.A.束，
R.F.西，
和
D.L.布鲁尔(2004).
原位改变异二聚体功能的整合素β亚单位突变的鉴定。
|
| |
摩尔生物细胞,15,3829-3840. |
|
|
|
|
|
|
C.库古勒，
A.维德曼，
J.Lim，
和
E.卡隆(2004).
吞噬作用，一种研究细胞粘附的替代模型系统。
|
| |
精液细胞开发生物,15,679-689. |
|
|
|
|
|
|
D.B.Lacy，
D.J.威格斯沃思，
H.M.Scobie，
J.A.Young，
和
R.J.科利尔(2004).
人类毛细血管形态发生蛋白2的血管性血友病因子A结构域的晶体结构：炭疽毒素受体。
|
| |
美国国家科学院程序,101,6367-6372. |
|
|
PDB代码：
|
|
|
|
|
|
|
|
C.V.卡曼，
和
T.A.Springer公司（2003年）。
整合素亲和力调节：亲和力和构象的变化是否被低估了？
|
| |
Curr Opin细胞生物学,15,547-556. |
|
|
|
|
|
|
熊建平，
T.Stehle，
S.L.古德曼，
和
M.A.Arnaout公司（2003年）。
整合素、阳离子和配体：连接。
|
| |
J血栓止血,1,1642-1654. |
|
|
|
|
|
|
M.J.汉弗莱斯，
P.A.McEwan，
S.J.巴顿，
P.A.Buckley，
J.Bella，
和
A.P.模具（2003年）。
整合素结构：配体结合方面取得了令人兴奋的进展，但激活仍会使膝盖摆动。
|
| |
生物化学科学趋势,28,313-320. |
|
|
|
|
|
|
T.Vorup-Jensen，
C.Ostermier，
M.Shimaoka，
U.霍梅尔，
和
T.A.Springer公司（2003年）。
αXβ2整合素I结构域的结构和变构调节。
|
| |
美国国家科学院程序,100,1873-1878. |
|
|
PDB代码：
|
|
|
|
|
|
|
|
A.阿奎利纳，
科尔达先生，
J.M.Bergelson，
M.J.汉弗莱斯，
R.W.Farndale，
和
D.塔克韦尔(2002).
整合素α2 VWFA结构域的一种新的获得功能突变。
|
| |
欧洲生物化学杂志,269,1136-1144. |
|
|
|
|
|
|
D.E.Gullberg，
和
E.Lundgren-Akerlund公司(2002).
胶原结合I域整合素——它们做什么？
|
| |
程序组织化学-细胞化学,37,三。 |
|
|
| |
|
|
J.E.Garbarino，
和
I.R.吉本斯(2002).
midasin的表达和基因组分析，这是一种新的高度保守的AAA蛋白，与动力蛋白有着远亲关系。
|
| |
BMC基因组学,三,18 |
|
|
|
|
|
|
J.L.阿隆索，
M.Essafi，
熊建平，
T.Stehle，
和
M.A.Arnaout博士(2002).
整合素αa结构域作为其βa结构域的配体吗？
|
| |
当前生物,12,R340-R342。 |
|
|
|
|
|
|
J.Takagi，
和
T.A.Springer公司(2002).
整合素激活和结构重排。
|
| |
免疫学评论,186,141-163. |
|
|
|
|
|
|
M.A.Arnaout博士(2002).
整合素结构：动态细胞粘附的新曲折。
|
| |
免疫学评论,186,125-140. |
|
|
|
|
|
|
M.A.Arnaout，
S.L.古德曼，
和
熊J.P(2002).
掌握整合素与配体的结合。
|
| |
Curr Opin细胞生物学,14,641-651. |
|
|
|
|
|
|
M.Shimaoka，
C.Lu，
A.萨拉斯，
T·肖，
J.Takagi，
和
T.A.Springer公司(2002).
用一系列工程化的二硫键以替代构象稳定整合素αM插入结构域。
|
| |
美国国家科学院程序,99,16737-16741. |
|
|
|
|
|
|
M.Shimaoka，
J.Takagi，
和
T.A.Springer公司(2002).
整合素结构和功能的构象调控。
|
| |
生物物理生物分子结构年鉴,31,485-516. |
|
|
|
|
|
|
R.C.利丁顿，
和
M.H.金斯伯格(2002).
整合素活化形成。
|
| |
J细胞生物学,158,833-839. |
|
|
|
|
|
|
C.卢，
M.Shimaoka，
Q.藏，
J.Takagi，
和
T.A.Springer公司(2001).
用二硫键锁定整合素αLbeta2I结构域的交替构象揭示了整合素结构域之间的功能关系。
|
| |
美国国家科学院程序,98,2393-2398. |
|
|
|
|
|
|
熊建平，
T.Stehle，
B.迪芬巴赫，
张瑞敏，
R.Dunker，
D.L.斯科特，
A.约阿奇米亚克，
S.L.古德曼，
和
M.A.Arnaout博士(2001).
整合素α-β3细胞外片段的晶体结构。
|
| |
科学,294,339-345. |
|
|
PDB代码：
|
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|
|
R.L.Rich，
和
D.G.迈斯卡(2001).
2000年商业光学生物传感器文献综述。
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J分子识别,14,273-294. |
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首先显示最新的参考文献。引文数据部分来自CiteXlore公司和部分从自动收割过程中。请注意，这可能是由于并非所有期刊都包含在无论哪种方法。然而，我们正在不断建立引文数据因此，随着时间的推移，将会有越来越多的参考文献。当参考描述PDB结构时，PDB代码是如右图所示。
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