总管氧化还原酶2016年2月10日5FVW人NNOS R354A G357D突变体血红素结构域的标题结构标题2与4-甲基-6-(2-(5-(3-(甲氨基)丙基)的络合物标题3吡啶-3-YL)乙基)吡啶-2-胺压缩机模具ID:1;化合物2分子:一氧化氮合酶,脑;压缩机3链条:A、B;化合物4碎片:结果302-721;合成5同义词:构成型NOS、NC-NOS、NOS类型I、神经型NOS,N-NOS,化合物6 NNOS、肽基半胱氨酸S-亚硝基化酶NOS1、BNOS、神经硝酸化合物7氧化物合成酶;压缩机8工程:是;COMPND 9突变:是源MOL_ID:1;来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS;来源3 ORGANISM_COMMON:人类;来源4 ORGANISM_TAXID:9606;来源5表达_系统:大肠杆菌;来源6 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:469008;来源7 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN:BL21(DE3);来源8 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE:血浆;来源9 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR:PCWORIKEYWDS氧化还原酶,一氧化氮合酶EXPDTA X射线衍射作者H.LI,T.L.POULOS修订版2 2016年6月8日5FVW 1 JRNL修订版1 2016年4月20日5FVW 0JRNL AUTH H.WANG、Y.QIN、H.LI、L.J.ROMAN、P.MARTASEK、T.L.POULOS、,JRNL授权2 R.B.SILVERMANJRNL标题电位与选择性人神经一氧化氮合酶优化2-氨基吡啶基化合物对JRNL TITL 2的抑制作用JRNL TITL 3带吡啶连接件的脚手架。JRNL参考J.MED.CHEM。V.59 4913 2016年JRNL参考ISSN 0022-2623JRNL PMID 27050842号JRNL DOI 10.1021/ACS。JMEDCHEM.6B00273公司备注2备注2决议。2.20埃。备注3备注3精炼。备注3计划:PHENIX(PHENIX.REFINE)备注3作者:保罗•亚当斯、帕维尔•阿芬妮、陈维辛、伊恩备注3:DAVIS、KRESHNA GOPAL、RALF GROSSE-KUNSTLEVE、,备注3:LI-WEI HUNG、ROBERT IMMORMINO、TOM IOERGER、,备注3:AIRLIE MCCOY、ERIK MCKEE、NIGEL MORIARTY、,备注3:REETAL PAI、RANDY READ、JANE RICHARDSON、,备注3:大卫·理查德森、托德·罗莫、吉姆·萨切蒂尼、,备注3:NICHOLAS SAUTER、JACOB SMITH、LAURENT备注3:STORONI、TOM TERWILLIGER、PETER ZWART备注3备注3细化目标:ML备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高(安):2.200备注3分辨率范围低(安):50.080备注3分钟(FOBS/SIGMA_FOBS):0.00备注3范围完整性(%):94.27备注3反射次数:50679备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3 R值(工作+测试集):0.1969备注3 R值(工作集):0.1942备注3自由R值:0.2494备注3自由R值测试集大小(%):4.9备注3自由R值测试集计数:4747备注3备注3:符合炼油厂使用的数据(在箱子中)。备注3箱子分辨率范围复杂。NWORK NFREE RWORK RFREE公司备注3 1 50.0930-6.8304 0.89 2937 123 0.1418 0.1875备注3 2 6.8304-5.4236 0.92 3041 154 0.1568 0.1784备注3 3 5.4236-4.7386 0.92 2997 145 0.1264 0.1701备注3 4 4.7386-4.3056 0.93 3060 156 0.1135 0.1508备注3 5 4.3056-3.9972 0.93 3049 153 0.1295 0.1912备注3 6 3.9972-3.7616 0.93 3038 167 0.1428 0.1934备注3 7 3.7616-3.5732 0.94 3098 168 0.1506 0.2163备注3 8 3.5732-3.4177 0.94 3091 165 0.1691 0.2571备注3 9 3.4177-3.2862 0.94 3053 155 0.1800 0.2339备注3 10 3.2862-3.1728 0.95 3167 162 0.1943 0.2649备注3 11 3.1728-3.0736 0.94 3059 131 0.2114 0.2732备注3 12 3.0736-2.9858 0.95 3151 160 0.2278 0.3138备注3 13 2.9858-2.9072 0.95 3096 170 0.2214 0.2704备注3 14 2.9072-2.8363 0.95 3134 146 0.2247 0.3209备注3 15 2.8363-2.7718 0.95 3077 144 0.2401 0.3205备注3 16 2.7718-2.7128 0.95 3176 132 0.2558 0.3151备注3 17 2.7128-2.6585 0.95 3093 175 0.2556 0.3293备注3 18 2.6585-2.6084 0.95 3083 181 0.2631 0.3601备注3 19 2.6084-2.5618 0.94 3116 154 0.2655 0.3030备注3 20 2.5618-2.5184 0.95 3116 148 0.2762 0.3286备注3 21 2.5184-2.4778 0.95 3099 195 0.2884 0.3140备注3 22 2.4778-2.4396 0.95 3130 155 0.3067 0.3619备注3 23 2.4396-2.4038 0.95 3040 179 0.3110 0.3670备注3 24 2.4038-2.3699 0.95 3109 162 0.2964 0.4025备注3 25 2.3699-2.3379 0.96 3201 207 0.3142 0.3328备注3 26 2.3379-2.3075 0.95 3076 151 0.3193 0.3179备注3 27 2.3075-2.2787 0.95 3087 163 0.3261 0.3672备注3 28 2.2787-2.2512 0.95 3160 136 0.3197 0.3455备注3 29 2.2512-2.2250 0.95 3142 169 0.3392 0.3223备注3 30 2.2250-2.2000 0.95 3089 141 0.3376 0.4362备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法:扁平散装溶剂模型备注3溶剂半径:1.11备注3收缩半径:0.90备注3 K_SOL:NULL备注3 B_SOL:空备注3备注3错误估计。备注3坐标误差(基于最大似然法):0.32备注3相位误差(基于最大似然度):31.40备注3记下3 B值。威尔逊图注释3(A**2):33.38备注3平均B值(总体,A**2):45.13备注3总体各向异性B值。备注3 B11(A**2):空备注3 B22(A**2):空备注3 B33(A**2):空备注3 B12(A**2):空备注3 B13(A**2):空备注3 B23(A**2):空备注3备注3双胞胎信息。备注3分数:空备注3运算符:空备注3备注3个与理想值的偏差。备注3 RMSD计数备注3保函:0.007 7092备注3角度:1.160 9652备注3手性:0.074 997备注3平面度:0.005 1220备注3 DIHEDRAL:15.350 2582备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数量:2备注3 TLS组:1备注3选择:(链A和树脂302:721)备注3组来源(A):118.0279 248.7098 358.6718备注3 T张力备注3 T11:0.1738 T22:0.2668备注3 T33:0.2546 T12:-0.0078备注3 T13:0.0333 T23:0.0456备注3 L张力备注3 L11:1.0493 L22:0.9388备注3 L33:3.8643 L12:-0.2458备注3 L13:-0.3397 L23:0.3310备注3张力备注3 S11:-0.0463 S12:-0.0673 S13:-0.0229备注3 S21:-0.0605 S22:-0.0478 S23:-0.0241备注3 S31:0.2389 S32:0.2517 S33:0.0753备注3 TLS组:2备注3选择:(链B和树脂304:721)备注3组来源(A):116.7676 247.6312 321.6077备注3 T张力备注3 T11:0.2389 T22:0.3278备注3 T33:0.2660 T12:0.0038备注3 T13:0.0140 T23:-0.0326备注3 L张力备注3 L11:1.0222 L22:1.2325备注3 L33:6.7114 L12:-0.0782备注3 L13:-0.8404 L23:0.5024备注3张力备注3 S11:0.0330 S12:0.2303 S13:-0.0415备注3 S21:-0.1391 S22:-0.1295 S23:0.0937备注3 S31:0.1079 S32:-0.5460 S33:0.0396备注3备注3 NCS细节备注3 NCS组数:空备注3备注3其他精炼备注:空备注4备注4 5FVW符合格式V.3.30,2011年7月13日备注100备注100本条目已由PDBE于2016年2月12日处理。备注100 PDBE ID代码为EBI-66037。备注200备注200实验细节备注200实验类型:X射线衍射备注200数据收集日期:2015年9月27日备注200温度(开尔文):100备注200 PH:5.8备注200使用的晶体数量:1备注200备注200同步器(是/否):是备注200辐射源:ALS备注200梁线:8.2.2备注200 X射线发生器型号:空备注200单色或LAUE(M/L):M备注200波长或范围(A):1.000备注200单色仪:石墨备注200光学:镜子备注200备注200探测器类型:CCD(Q315R)备注200探测器制造商:ADSC备注200强度集成软件:MOSFLM备注200数据缩放软件:无人机备注200备注200独特反射次数:51285备注200分辨率范围高(A):2.20备注200分辨率范围低(A):50.00备注200拒绝标准(SIGMA(I)):-3.0备注200总体评论200。备注200完整性范围(%):95.8备注200数据冗余:5.6备注200 R合并(I):0.23备注200 R SYM(I):空备注200对于数据集:6.80备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳,范围高(A):2.20备注200最高分辨率外壳,范围低(A):2.30备注200壳体完整性(%):98.2在外壳中备注200数据冗余:5.5备注200 R壳体合并(I):1.50壳体注释200 R SYM(I):空备注200壳体:1.00备注200备注200衍射协议:单波长备注200用于确定结构的方法:其他备注200使用的软件:REFMAC备注200启动型号:无备注200备注200备注:整体RMERGE 0.227 RPIM 0.099 CC一半0.993备注200最高分辨率外壳RMERGE 2.822 RPIM 1.226 CC一个备注200一半0.452备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS(%):50.7备注280马修斯系数,VM(安氏**3/DA):2.74备注280备注280结晶条件:8-9%PEG3350 40 MM柠檬酸备注280 60 MM双斯曲普烷10%甘油5 MM TCEP备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子:P 21 21 21备注290注释290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X+1/2,-Y,Z+1/2备注290 3555-X,Y+1/2,-Z+1/2备注290 4555 X+1/2,-Y+1/2,-Z备注290备注290,其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录,以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 26.29500备注290 SMTRY2 2 0.000000-1.000000.000000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.00000082.03000备注290 SMTRY1 3-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 60.95500备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000-1.000000 82.03000备注290 SMTRY14 1.0000000.000000 0.000000 26.29500备注290平方米2 0.000000-1.000000 0.000000 60.95500备注290平方米3 4 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注:空备注300备注300生物分子:1备注300有关作者提供的和/或程序,请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350生物意义上的齐聚状态REMARK 350分子可以通过应用BIOMT变换生成记住下面给出的350。非晶态和备注:给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子:1备注350作者确定的生物单位:DIMERIC备注350软件确定的四元结构:DIMERIC备注350使用的软件:PISA备注350总埋地面积:9380安**2备注复合体的350表面积:33790安**2备注350无溶剂能量变化:-88.2 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条:A、B备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注465备注465缺失残留物备注465以下残留物不在备注465实验。(M=型号;RES=剩余名称;C=链条备注465标识符;SSSEQ=序列号;I=插入代码。)备注465备注465米备注465 SER A 344备注465 GLN A 345备注465 HIS A 346备注465 ALA 347备注465 ARG A 348备注465 ARG A 349备注465 PRO A 350备注465 GLU A 351备注465 CYS B 302备注465 PRO B 303备注465 GLN B 345备注465 HIS B 346备注465 ALA B 347备注465 ARG B 348备注465 ARG B 349备注465 PRO B 350备注465 GLU B 351备注465 ASP B 352备注465 VAL B 353备注470备注470缺少原子备注470以下残留物缺少原子(M=型号;备注470 RES=剩余名称;C=链标识符;SSEQ=序列号;备注470 I=插入代码):备注470 M RES CSSEQI ATOMS备注470 LYS B 722 CA C O CB CG CD CE NZ备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题:同一非对称单元中的紧密接触备注500备注500以下原子紧密接触。备注500备注500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES S C SSEQUI距离备注500 NH1 ARG A 478 O HOH A 2101 2.17备注500 NH2 ARG A 704 OE1 GLU A 710 2.16备注500 OG SER A 708 OE2 GLU A 710 2.06备注500备注500备注:空备注500评论500几何学和立体化学备注500主题:扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角:备注500(M=型号;RES=剩余名称;C=链标识符;备注500 SSEQ=序列号;I=插入代码)。备注500备注500标准表:备注500格式:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)备注500备注500个预期值:GJ KLEYWEGT和TA JONES(1996)。PHI/PSI-记下500首合唱:拉马钱德朗重温。结构4,1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 GLU A 314-3.44 75.77备注500 SER A 397-6.02 67.68备注500 ALA A 417 96.78-68.25注释500 THR A 471-81.54-111.97备注500 CYS A 587 57.09-152.44备注500 ARG A 608-146.20-118.08备注500 ARG A 624-60.08-92.01注释500 THR B 326-9.30-142.63备注500 ARG B 376 57.60-147.50注释500 THR B 471-57.91-121.86备注500 HIS B 475 59.29-118.33备注500 CYS B 587 60.87-151.05备注500 VAL B 600-64.07-98.32备注500 ARG B 608-127.31-115.83备注500 CYS B 677 106.80-160.35注释500 THR B 718-31.93-153.80备注500备注500备注:空备注620备注620金属协调备注620(M=型号;RES=剩余名称;C=链标识符;备注620 SSEQ=序列号;I=插入代码):备注620备注:M RES CSSEGI金属620协调角备注620下摆A 750 FE备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1 CYS A 420 SG备注620 2 HEM A 750 NA 102.7备注620 3下摆A 750 NB 99.5 84.0备注620 4折边A 750 NC 95.5 161.7 90.9备注620 5 HEM A 750 ND 100.2 92.7 160.2 86.2备注620 N 1 2 3 4备注620备注:M RES CSSEGI金属620协调角备注620 HEM B 750 FE备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1下摆B 750 NB备注620 2 HEM B 750 NA 82.4备注620 3 CYS B 420 SG 101.0 101.8备注620 4 HEM B 750 ND 159.7 93.9 99.3备注620 5 HEM B 750 NC 91.9 162.8 95.2 85.9备注620 N 1 2 3 4备注620备注:M RES CSSEGI金属620协调角备注620 ZN A 900 ZN备注620 N RES CSSEQI原子备注620 1 CYS A 336 SG备注620 2 CYS B 336 SG 105.7备注620 3 CYS A 331 SG 107.2 105.5备注620 4 CYS B 331 SG 104.8 114.2 118.5备注620 N 1 2 3备注800备注800站点备注800站点标识符:AC1备注800证据代码:软件备注800位置_说明:残余边A 750的粘合位置备注800备注800站点标识符:AC2备注800证据_代码:软件备注800场地_说明:剩余H4B A 760的结合场地备注800备注800站点标识符:AC3备注800证据_代码:软件备注800位置_描述:残留物粘结位置W66 A 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GLU ASP VAL序列5 B 421 ALA THR LYS ASP GLN LEU PHE PRO LEU ALA LYS GLU PHE序列6 B 421 ILE ASP GLN TYR TYR SER ILE LYS ARG PHE GLY SER序列7 B 421 LYS ALA HIS MET GLU ARG LEU GLU VAL ASN LYS GLUSEQRES 8 B 421 ILE ASP THR THR SER THR TYR GLN LEU LYS ASP THR GLU序列序列9 B 421 LEU ILE TYR GLY ALA LYS HIS ALA TRP ARG ASN ALA SER序列10 B 421 ARG CYS VAL GLY ARG ILE GLN TRP SER LYS LEU GLN VAL序列11 B 421 PHE ASP ALA ARG ASP CYS THR ALA HIS GLY MET PHE序列12 B 421 ASN TYR ILE CYS ASN HIS VAL LYS TYR ALA THR ASN LYS序列13 B 421 GLY ASN LEU ARG SER ALA ILE THRILE PHE PRO GLN ARG序列14 B 421 THR ASP GLY LYS HIS ASP PHE ARG VAL TRP ASN SER GLN序列15 B 421 LEU ILE ARG ALA GLY TYR LYS GLN PRO ASP GLY SER序列16 B 421 THR LEU GLY ASP PRO ALA ASN VAL GLN PHE THR GLU ILE序列17 B 421 CYS ILE GLN GLN GLY TRP LYS PRO ARG GLY ARG PHE序列18 B 421 ASP VAL LEU PRO LEU LEU GLN ALA ASN GLY ASN ASP序列19 B 421 PRO GLU LEU PHE GLN ILE PRO GLU LEU VAL LEU GLU序列20 B 421 VAL PRO ILE ARG HIS PRO LYS PHE GLU TRP PHE LYS ASP序列21 B 421 LEU GLY LEU 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