集管电子运输2004年6月28日1WLK标题弧菌FMN结合蛋白L122E突变标题2（宫崎骏F）压缩机模具ID：1；化合物2分子：FMN-结合蛋白；压缩机3链条：A、B、C、D；压缩机4工程：是；合成5突变：是源MOL_ID:1；来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC：DESULFOVIBRIO VULGARIS STR.'MIYAZAKI F'；来源3 ORGANISM_TAXID:883；来源4菌株：MIYAZAKI F；来源5表达_系统：大肠杆菌；来源6 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:562KEYWDS电子传输，黄素蛋白，FMNEXPDTA X射线衍射作者N.SHIBATA，Y.HIGUCHI第5版，2011年11月10日，1WLK 1 REMARK SEQADV修订版4 28-APR-09 1WLK 1 JRNL2009年2月24日第3版第1版版次2 2007年1月30日1WLK 1 JRNL标题修订版1 2005年7月19日1WLK 0JRNL-AUTH M.KITAMURA、K.TERAKAWA、H.INOUE、T.HAYASHIDA、K.SUTO、Y.MORIMOTO、，JRNL授权2 N.YASUOKA，N.SHIBATA，Y.HIGUCHIJRNL测定羧基末端的作用JRNL TITL 2亮氨酸-122在FMN结合蛋白中的突变和JRNL TITL 3结构分析。JRNL参考生物化学。V.141 459 2007年JRNL参考ISSN 0021-924XJRNL PMID 17261542号JRNL DOI 10.1093/JB/MVM051备注2备注2决议。1.90愤怒。备注3备注3精炼。备注3计划：CNS 1.1备注3作者：布伦格、亚当斯、克罗、德拉诺、格罗斯、格罗斯备注3:KUNSTLEVE、JIANG、KUSZEWSKI、NILGES、PANNU、，备注3:READ、RICE、SIMONSON、WARREN备注3备注3精炼目标：空备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高（安）：1.90备注3分辨率范围低（安）：28.98备注3数据截止（SIGMA（F））:0.000备注3数据切断高（ABS（F））：102083.940备注3数据切断低（ABS（F））:0.0000备注3完成率（工作+测试）（%）：97.0备注3反射次数：32810备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3交叉验证方法：通关备注3自由R值测试集选择：随机备注3 R值（工作集）：0.184备注3自由R值：0.212备注3自由R值测试集大小（%）：5.000备注3自由R值测试集计数：1637备注3自由R值的估计误差：0.005备注3备注3适合最高分辨率的BIN。备注3使用的箱子总数：10备注3箱子分辨率范围高（A）：1.90备注3箱子分辨率范围低（A）:1.97备注3箱子完整性（工作+测试）（%）：93.10备注3箱子中的反射（工作装置）：2939备注3 BIN R值（工作集）：0.2070备注3料仓空闲R值：0.2560备注3无箱R值测试集大小（%）：5.50备注3无箱R值测试集计数：172备注3无仓R值估计误差：0.020备注3备注3炼油中使用的非氢原子数量。备注3个蛋白质原子：3708备注3核酸原子：0备注3异质原子：124备注3溶剂原子：420备注3记下3 B值。威尔逊地块备注3:7.30备注3平均B值（总体，A**2）：17.50备注3总体各向异性B值。备注3 B11（A**2）：-3.07000备注3 B22（A**2）:1.92000备注3 B33（A**2）：1.15000备注3 B12（A**2）:0.00000备注3 B13（A**2）:1.88000备注3 B23（A**2）：0.00000备注3备注3估计坐标误差。备注3 LUZZATI地块ESD（A）:0.19备注3 SIGMAA ESD（A）:0.11备注3低分辨率截止（A）:5.00备注3备注3交叉验证估计坐标误差。备注3 C-V LUZZATI地块ESD（A）：0.23备注3 C-V SIGMAA的ESD（A）:0.17备注3备注与理想值的3 RMS偏差。备注3粘结长度（A）:0.006备注3结合角（度）：1.300备注3双向角（度）：22.70备注3不正确的角度（度）：0.660备注3备注3各向异性热模型：受限备注3备注3各向异性热因子限制。RMS SIGMA公司备注3主链连接（A**2）：空；无效的备注3主链角（A**2）：空；无效的备注3侧链键（A**2）：空；无效的备注3侧链角（A**2）：空；无效的备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法：平面模型备注3 KSOL:0.34备注3 BSOL:44.46备注3备注3 NCS模型：空备注3备注3 NCS约束。RMS SIGMA/重量备注3第1组位置（A）：空；无效的备注3第1组B因子（A**2）：空；无效的备注3备注3参数文件1:PROTEIN_REP.PARAM备注3参数文件2:WATER_REP.PARAM备注3参数文件3:ION。参数备注3参数文件4:FMN。参数备注3参数文件5:NULL备注3拓扑文件1：蛋白质。顶部备注3拓扑文件2：水。顶部备注3拓扑文件3:ION。顶部备注3拓扑文件4:NULL备注3拓扑文件5:NULL备注3备注3其他精炼备注：空备注4备注4 WLK符合格式V.3.30，2011年7月13日备注100备注100本条目已由PDBJ于2004年6月30日处理。备注100存款ID为D_1000023710。备注200备注200实验细节备注200实验类型：X射线衍射备注200数据收集日期：07-DEC-02备注200温度（开尔文）：100备注200 PH:7.5备注200使用的晶体数量：1备注200备注200同步器（是/否）：是备注200辐射源：8号春备注200梁线：BL40B2备注200 X射线发生器型号：空备注200单色或LAUE（M/L）：M备注200波长或范围（A）：1.000备注200单色仪：空备注200光学器件：空备注200备注200探测器类型：CCD备注200探测器制造商：ADSC QUANTUM 4备注200强度集成软件：HKL-2000备注200数据缩放软件：SCALEPACK备注200备注200独特反射次数：33783备注200分辨率范围高（A）：1.900备注200分辨率范围低（A）：500.000备注200拒绝标准（SIGMA（I））：-3.000备注200总体评论200。备注200范围（%）的完整性：99.5备注200数据冗余：空备注200合并（I）：空备注200 R SYM（I）：空备注200对于数据集：空备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳，范围高（A）:1.90备注200最高分辨率外壳，范围低（A）：1.97备注200壳体完整性（%）：98.6REMARK 200 SHELL中的数据冗余：NULL备注200 R壳体合并（I）：空壳体注释200 R SYM（I）：空备注200对于外壳：空备注200备注200衍射协议：单波长备注200用于确定结构的方法：分子替换备注200使用的软件：CNS备注200启动模型：空备注200备注200备注：空备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS（%）：40.03备注280马修斯系数，VM（安氏**3/DA）：2.05备注280备注280结晶条件：PEG6000、醋酸钠、TRIS、PH备注280 7.5，蒸汽扩散，坐滴，温度298K备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子：P 1 21 1备注290备注290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X，Y，Z备注290 2555-X，Y+1/2，-Z备注290备注290，其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录，以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 28.97950备注290平方米3 2 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注：空备注300备注300生物分子：1，2备注300有关作者提供的和/或程序，请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300这个条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350生物意义上的齐聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注：给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子：1备注350作者确定的生物单位：DIMERIC备注350软件确定的四元结构：DIMERIC备注350使用的软件：PISA备注350总埋地面积：3940安**2备注复合体的350表面积：10730安**2备注350无溶剂能量变化：-18.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：A、B备注350生物量1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：2备注350作者确定的生物单位：DIMERIC备注350软件确定的四元结构：DIMERIC备注350使用的软件：PISA备注350总埋地面积：4100安**2备注复合体的350表面积：10700安**2备注350无溶剂能量变化：-20.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：C、D备注350生物量1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注500评论500几何学和立体化学备注500主题：扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角：备注500（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注500 SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,4X，F7.2,3X，F7.2）备注500备注500个预期值：GJ KLEYWEGT和TA JONES（1996）。PHI/PSI-记下500首合唱：拉马钱德朗重温。结构4，1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 ASN C 77 36.87-148.88备注500备注500备注：空备注800备注800站点备注800站点标识符：AC1备注800证据_代码：软件备注800场地_说明：剩余FMN A 1123的结合场地备注800备注800站点标识符：AC2备注800证据_代码：软件备注800位置_描述：剩余FMN B 2123的粘合位置备注800备注800站点标识符：AC3备注800证据_代码：软件备注800位置_描述：残留物的粘合位置FMN C 3123备注800备注800站点标识符：AC4备注800证据_代码：软件备注800位置_描述：残留物FMN D 4123的粘合位置备注900备注900个相关条目备注900相关ID:1FLM相关DB:PDB备注900相关ID:1WLI相关DB:PDB备注900 L122Y MUTANT备注900相关ID:1WLL相关DB:PDB备注900 L122K MUTANTDBREF 1WLK A 1 122 UNP Q46604 FMNB_DESVM 1 122数据库参考1WLK B 1 122 UNP Q46604 FMNB_DESVM 1 122DBREF 1WLK C 1 122 UNP Q46604 FMNB_DESVM 1 122DBREF 1walk D 1 122取消p Q46604 FMNB_DESVM 1 122SEQADV 1WLK GLU A 122 UNP Q46604 LEU 122工程突变SEQADV 1WLK GLU B 122 UNP Q46604 LEU 122工程突变SEQADV 1walk GLU C 122 UNP Q46604 LEU 122工程突变SEQADV 1walk GLU D 122 UNP Q46604 LEU 122工程突变序列1 A 122 MET LEU PRO GLY THR PHE GLU VAL LEU LYS ASN GLU序列2 A 122 GLY VAL ALA ILE ALA THR GLN GLY GLU ASP GLY PRO序列3 A 122 HIS LEU VAL ASN THR TRP ASN SER TYR LEU LYS VAL LEU序列4 A 122 ASP GLY ASN ARG ILE VAL VAL PRO VAL GLY GLY MET HIS序列5 A 122 LYS THR GLU ALA ASN VAL ALA ARG ASP GLU ARG VAL LEU序列6 A 122 MET THR LEU GLY SER ARG LYS VAL ALA GLY ARG ASN GLY序列7 A 122 PRO GLY THR GLY PHE LEU ILE ARG GLY SER ALA ALA PHE序列8 A 122 ARG THR ASP GLY PRO GLU PHE GLU ALA ILE ALA ARG PHE序列9 A 122 LYS TRP ALA ARG ALA ALA LEU VAL ILE THR VAL VAL SER序列10 A 122 ALA GLU GLN THR GLU序列1 B 122 MET LEU PRO GLY THR PHE GLU VAL LEU LYS ASN GLU序列2 B 122 GLY VAL ALA ILE ALA THR GLN GLY GLU ASP GLY PRO序列3 B 122 HIS LEU VAL ASN THR TRP ASN SER TYR LEU LYS VAL LEU序列4 B 122 ASP GLY ASN ARG ILE VAL VAL PRO VAL GLY GLY MET HIS序列5 B 122 LYS THR GLU ALA ASN VAL ALA ARG ASP GLU ARG VAL LEU序列6 B 122 MET THR LEU GLY SER ARG LYS VAL ALA GLY ARG ASN GLY序列7 B 122 PRO GLY THR GLY PHE LEU ILE ARG GLY SER ALA ALA PHE序列8 B 122 ARG THR ASP GLY PRO GLU PHE GLU ALA ILE ALA ARG PHE序列9 B 122 LYS TRP ALA ARG ALA ALA LEU VAL ILE THR VAL VAL SER序列10 B 122 ALA GLU GLN THR GLU序列1 C 122 MET LEU PRO GLY THR PHE GLU VAL LEU LYS ASN GLU序列2 C 122 GLY VAL ALA ILE ALA THR GLN GLY GLU ASP GLY PRO序列3 C 122 HIS LEU VAL ASN THR TRP ASN SER TYR LEU LYS VAL LEU序列4 C 122 ASP GLY ASN ARG ILE VAL VAL PRO VAL GLY GLY MET HIS序列5 C 122 LYS THR GLU ALA ASN VAL ALA ARG ASP GLU ARG VAL LEU序列6 C 122 MET THR LEU GLY SER ARG LYS VAL ALA GLY ARG ASN GLY序列7 C 122 PRO GLY THR GLY PHE LEU ILE ARG GLY SER ALA ALA PHE序列8 C 122 ARG THR ASP GLY PRO GLU PHE GLU ALA ILE ALA ARG PHE序列9 C 122 LYS TRP ALA ARG ALA ALA LEU VAL ILE THR VAL VAL SER序列10 C 122 ALA GLU GLN THR GLU序列1 D 122 MET LEU PRO GLY THR PHE GLU VAL LEU LYS ASN GLU序列2 D 122 GLY VAL ALA ILE ALA THR GLN GLY GLU ASP GLY PRO序列3 D 122 HIS LEU VAL ASN THR TRP ASN SER TYR LEU LYS VAL LEUSEQRES 4 D 122 ASP GLY as n ARG ILE VAL VAL PRO VAL GLY遇到了他的序列5 D 122 LYS THR GLU ALA ASN VAL ALA ARG ASP GLU ARG VAL LEU序列6 D 122 MET THR LEU GLY SER ARG LYS VAL ALA GLY ARG ASN GLY第7天第122页序列8 D 122 ARG THR ASP GLY PRO GLU PHE GLU ALA ILE ALA ARG PHE序列9 D 122 LYS TRP ALA ARG ALA ALA LEU VAL ILE THR VAL VAL SER序列10 D 122 ALA GLU GLN THR GLUHET FMN A1123 31号HET FMN B2123 31HET FMN C3123 31HET FMN D4123 31号HETNAM FMN FLAVIN单核苷酸海森FMN核黄素单磷酸盐配方5 FMN 4（C17 H21 N4 O9 P）配方9 HOH*420（H2 O）螺旋1 1 PRO A 3 LEU A 10 1 8螺旋2 2 SER A 34 LEU A 36 5 3螺旋3 3 MET A 51 ASP A 61 1 11螺旋线4 4 GLY A 95 ALA A 100 1 6螺旋5 5 PRO B 3 LYS B 11 1 9螺旋6 6 SER B 34 LEU B 36 5 3螺旋7 7 MET B 51 ASP B 61 1 11螺旋8 8 ASP B 94 ALA B 102 1 9螺旋9 9 PRO C 3 LYS C 11 1 9螺旋10 10 SER C 34 LEU C 36 5 3螺旋11 11 MET C 51 ASP C 61 1 11螺旋12 12 GLY C 95 ALA C 100 1 6螺旋13 13 PRO D 3 LYS D 11 1 9螺旋14 14 SER D 34 LEU D 36 5 3螺旋15 15 MET D 51 ASP D 61 1 11螺旋16 16 GLY D 95 ALA D 100 1 6表1 A 7 PRO A 26 TRP A 32 0表2 A 7 VAL A 15 GLN A 21-1 N ILE A 18 O VAL A 29表3 A 7 ARG A 63 ALA A 74-1 O LEU A 65 N ALA 19表4 A 7 PRO A 79 ARG A 92-1 O ILE A 85 N MET A 66表5 A 7 ALA A 109 GLU A 122-1 O VAL A 112 N ALA 90表6 A 7 ARG A 43 VAL A 48-1 N ILE A 44 O ILE A 113表7 A 7 LYS A 37 LEU A 39-1 N LYS A37 O VAL A 45表1 B 7 PRO B 26 TRP B 32 0表2 B 7阀门B 15 GLN B 21-1 N阀门B 16 O THR B 31表3 B 7 ARG B 63 ALA B 74-1 O LEU B 65 N ALA B 19表4 B 7 PRO B 79 ARG B 92-1 O ILE B 85 N MET B 66表5 B 7 ALA B 109 GLU B 122-1 O VAL B 112 N ALA B 90表6 B 7 ARG B 43 VAL B 48-1 N文件B 44 O文件B 113表7 B 7 LYS B 37 LEU B 39-1 N LYS B 37 O VAL B 45表1 C 7 GLY C 25 TRP C 32 0表2 C 7 VAL C 15 GLY C 22-1 N ILE C 18 O VAL C 29表3 C 7 ARG C 63 ALA C 74-1 O LEU C 65 N ALA C 19表4 C 7 PRO C 79 ARG C 92-1 O ILE C 85 N MET C 66表5 C 7 ALA C 109 GLU C 122-1 O VAL C 116 N ARG C 86表6 C 7 ARG C 43 VAL C 48-1 N ILE C 44 O ILE C 113表7 C 7 LYS C 37 LEU C 39-1 N LYS C 37 O VAL C 45表1 D 7 PRO D 26 TRP D 32 0表2 D 7 VAL D 15 GLN D 21-1 N ILE D 18 O VAL D 29表3 D 7 ARG D 63 ALA D 74-1 O LEU D 65 N ALA D 19表4 D 7 PRO D 79 ARG D 92-1 O ILE D 85 N MET D 66表5 D 7 ALA D 109 GLU D 122-1 O VAL D 112 N ALA D 90表6 D 7 ARG D 43 VAL D 48-1 N ILE D 44 O ILE D 113表7 D 7 LYS D 37 LEU D 39-1 N LYS D37 O VAL D 45站点1 AC1 21 HIS A 27 VAL A 29 ASN A 30 THR A 31站点2 AC1 21 TRP A 32 TYR A 35 PRO A 47 VAL A 48站点3 AC1 21 GLY A 49 GLY A 50遇到A 51 HIS A 52站点4 AC1 21 LYS A 53 THR A 54 HOH A1139 HOH A1140站点5 AC1 21 HOH A1152 GLY B 82 THR B 121 GLU B 122站点6 AC1 21 HOH B2160站点1 AC2 21 GLY A 82 THR A 121 GLU A 122 HIS B 27站点2 AC2 21 VAL B 29 ASN B 30 THR B 31 TRP B 32站点3 AC2 21 TYR B 35 PRO B 47 VAL B 48 GLY B 49站点4 AC2 21 GLY B 50 MET B 51 HIS B 52 LYS B 53站点5 AC2 21 THR B 54 TRP B 106 HOH B2136 HOH B2158站点6 AC2 21 HOH B2159站点1 AC3 21 VAL C 15 HIS C 27 VAL C 29 ASN C 30站点2 AC3 21 THR C 31 TRP C 32 TYR C 35 PRO C 47站点3 AC3 21 GLY C 49 GLY C 50 MET C 51 HIS C 52站点4 AC3 21 LYS C 53 THR C 54 TRP C 106 HOH C3131站点5 AC3 21 HOH C3156 GLY D 82 THR D 121 GLU D 122现场6 AC3 21 HOH D4201现场1 AC4 24 GLY C 82 THR C 121 GLU C 122 HOH C3138位点2 AC4 24 HOH C3159 HIS D 27 VAL D 29 ASN D 30站点3 AC4 24 THR D 31 TRP D 32 TYR D 35 PRO D 47站点4 AC4 24 VAL D 48 GLY D 49 GLY D 50 MET D 51位点5 AC4 24 HIS D 52 LYS D 53 THR D 54 TRP D 106地点6 AC4 24小时D4151小时D4157小时D4228小时D4230晶体1 60.164 57.959 62.018 90.00 91.54 90.00 P 1 21 1 8原始X1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX3 0.000000 0.000000 1.0000000.00000比例尺1 0.016621 0.000000 0.000448 0.00000比例尺2 0.000000 0.017254 0.000000 0.00000比例尺3 0.000000 0.000000 0.016130 0.00000