集管电子运输2017年10月27日5年标题工程二硫化物键A43C-黄酮的晶体结构标题2 L74C压缩机模具ID：1；化合物2分子：黄素；压缩机3链条：A；压缩机4工程：是；合成5突变：是源MOL_ID:1；来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC：DESULFOVIBRIO VULGARIS（菌株HILDENBOROUGH/来源3 ATCC 29579/DSM 644/NCIMB 8303）；来源4 ORGANISM_TAXID:882；来源5菌株：HILDENBOROUGH/ATCC 29579/DSM 644/NCIMB 8303；来源6基因：DVU_2680；来源7表达_系统：大肠杆菌；来源8 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:562KEYWDS融合伙伴、FMN结合蛋白、氧化、电子传输EXPDTA X射线衍射作者M.PU、Z.XU、G.SONG、Z.J.LIU修订版3 5年11月22日至23日备注修订版2 2018年7月11日第1版JRNL2017年12月27日修订版JRNL AUTH M.PU、Z.XU、Y.PENG、Y.HOU、D.LIU、Y.WANG、H.LIU、G.SONG、Z.J.LIUJRNL TITL蛋白质晶体质量导向二硫化物键合工程。JRNL REF蛋白细胞V.9 659 2018JRNL参考ESSN 1674-8018JRNL PMID 29039033号JRNL DOI 10.1007/S13238-017-0482-7备注2备注2决议。1.35埃。备注3备注3精炼。备注3计划：PHENIX 1.10_2155备注3作者：保罗·亚当斯（PAUL ADAMS）、帕夫尔·阿福宁（PAVEL AFONINE）、陈文森特（VINCENT CHEN）、伊恩（IAN）备注3:DAVIS、KRESHNA GOPAL、RALF GROSSE-KUNSTLEVE、，备注3:LI-WEI HUNG、ROBERT IMMORMINO、TOM IOERGER、，备注3:AIRLIE MCCOY、ERIK MCKEE、NIGEL MORIARTY、，备注3:REETAL PAI、RANDY READ、JANE RICHARDSON、，备注3：大卫·理查德森、托德·罗莫、吉姆·萨切蒂尼、，备注3:NICHOLAS SAUTER、JACOB SMITH、LAURENT备注3:STORONI、TOM TERWILLIGER、PETER ZWART备注3备注3精炼目标：空备注3注释3细化中使用的数据。备注3分辨率范围高（安）：1.35备注3分辨率范围低（安）：32.68备注3分钟（FOBS/SIGMA_FOBS）：1.350备注3范围的完整性（%）：97.9备注3反射次数：31051备注3备注3适用于精化中使用的数据。备注3 R值（工作+测试集）：0.167备注3 R值（工作集）：0.166备注3自由R值：0.181备注3自由R值测试集大小（%）：5.310备注3自由R值测试集计数：1649备注3备注3适用于细化中使用的数据（在bin中）。备注3箱子分辨率范围复杂。NWORK NFREE RWORK RFREE公司备注3 1 32.6913-3.0900 0.98 2505 140 0.1481 0.1430备注3 2 3.0900-2.4528 0.99 2479 140 0.1704 0.1766备注3 3 2.4528-2.1429 0.99 2477 138 0.1699 0.1958备注3 4 2.1429-1.9470 0.99 2481 139 0.1653 0.1840备注3 5 1.9470-1.8074 0.99 2475 142 0.1656 0.1966备注3 6 1.8074-1.7009 0.99 2446 135 0.1654 0.1918备注3 7 1.7009-1.6157 0.99 2486 137 0.1633 0.1914备注3 8 1.6157-1.5454 0.98 2439 138 0.1636 0.1941备注3 9 1.5454-1.4859 0.98 2455 139 0.1704 0.2161备注3 10 1.4859-1.4346 0.98 2431 133 0.1838 0.1787备注3 11 1.4346-1.3897 0.97 2404 135 0.2127 0.2351备注3 12 1.3897-1.3500 0.94 2324 133 0.2382 0.2876备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法：空备注3溶剂半径：1.11备注3收缩半径：0.90备注3 K_SOL:NULL备注3 B_SOL：空备注3备注3错误估计。备注3坐标误差（基于最大似然）：0.130备注3相位误差（基于最大似然度）：19.020备注3记下3 B值。威尔逊地块备注3（A**2）：空备注3平均B值（总体，A**2）：空备注3总体各向异性B值。备注3 B11（A**2）：空备注3 B22（A**2）：空备注3 B33（A**2）：空备注3 B12（A**2）：空备注3 B13（A**2）：空备注3 B23（A**2）：空备注3备注3双胞胎信息。备注3分数：空备注3运算符：空备注3记下与理想值的3个偏差。备注3 RMSD计数备注3保函：0.004 1242备注3角度：0.732 1700备注3手性：0.073 181备注3平面度：0.003 227备注3 DIHEDRAL:20.278 435备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数：空备注3备注3 NCS细节备注3 NCS组数：空备注3备注3其他精炼备注：空备注4备注4 YOE符合格式V.3.30，2011年7月13日备注100备注100本条目已由PDBJ于2017年11月7日处理。备注100存款ID为D_1300005566。备注200备注200实验细节备注200实验类型：X射线衍射备注200数据收集日期：2016年7月6日备注200温度（开尔文）：100备注200 PH:7.0-7.5备注200使用的晶体数量：1备注200备注200同步器（是/否）：是备注200辐射源：SSRF备注200梁线：BL17U1备注200 X射线发生器型号：空备注200单色或LAUE（M/L）：M备注200波长或范围（A）：0.9793备注200单色仪：空备注200光学：零备注200备注200探测器类型：CCD备注200探测器制造商：MAR CCD 130 MM备注200强度集成软件：空备注200数据缩放软件：HKL-2000备注200备注200独特反射次数：31057备注200分辨率范围高（A）：1.350备注200分辨率范围低（A）：32.682备注200拒绝标准（SIGMA（I））：空备注200总体评论200。备注200范围（%）的完整性：98.0备注200数据冗余：4.300备注200合并（I）：空备注200 R SYM（I）：空备注200数据集：26.2100备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳，范围高（A）：空备注200最高分辨率外壳，范围低（A）：空备注200外壳完整性（%）：空在外壳中备注200数据冗余：空REMARK 200 R合并SHELL（I）：NULL壳体注释200 R SYM（I）：空备注200对于外壳：空备注200备注200衍射协议：单波长备注200用于确定结构的方法：分子替换备注200使用的软件：PHENIX备注200启动型号：1J8Q备注200备注200备注：空备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS（%）：46.88备注280马修斯系数，VM（角**3/DA）：2.32备注280备注280结晶条件：TRIS-HCL 0.1M硫酸铵3.2M，备注280蒸汽扩散，悬滴，温度293K备注290备注290晶体对称性注：空间群的290个对称算子：p1 21 1备注290备注290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X，Y+1/2，-Z备注290备注290，其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换对原子/HETATM进行运算在本条目中备注290条记录，以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 28.06600备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注：空备注300备注300生物分子：1备注300有关作者提供的和/或程序，请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350生物意义上的齐聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注：给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子：1备注350作者确定的生物单位：单体备注350将以下内容应用于链条：A备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：同一非对称单元中的紧密接触备注500备注500以下原子紧密接触。备注500备注500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES S C SSEQUI距离备注500 HO2 GOL A 202 O HOH A 304 1.53备注500 O HOH A 401 O HOH B 468 1.69备注500 O HOH A 392 O HOH A466 1.84备注500 O HOH A 402 O HOH A421 1.92备注500 O HOH A 401 O HOH B 480 1.94备注500 OE1 GLN A 84 O HOH A 301 1.95备注500 O HOH A 426 O HOH B 480 2.02备注500 O HOH A 472 O HOH A513 2.02备注500 O HOH A 496 O HOH B 533 2.16备注500 OD1 ASP A 34 O HOH A 302 2.18备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：密切联系备注500记下500与晶体学有关的下列原子备注500对称性紧密接触。位于0.15以内的原子请注意，假设对称相关原子在A上500安备注500特殊位置，因此列在备注375中备注500而不是备注500。具有非空白替代项的原子备注：计算中不包括500个位置指示器。备注500备注500距离截止：对于不含氢原子的触点，请备注500 2.2安对于涉及氢原子的接触，请备注500 1.6安备注500备注500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES C SEXQI SSYMOP距离备注500 O HOH A 336 O HOH A363 28410 1.92备注500 O HOH A 463 O HOH B 468 2859 1.96备注500 O HOH A 483 O HOH B 501 1455 2.16备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500主题：扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角：备注500（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注500 SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,4X，F7.2,3X，F7.2）备注500备注500个预期值：GJ KLEYWEGT和TA JONES（1996）。PHI/PSI-记下500首合唱：拉马钱德朗重审。结构4，1395-1400备注500备注500米分辨率CSSEQI PSI PHI备注500 ASP A 63 15.23-143.12备注500 ASP A 63 30.69-142.69备注500备注500备注：空备注525备注525溶剂备注525备注525溶剂分子具有链标识符备注525表示聚合物链，其中聚合物链最多备注525密切相关。备注列出了所有溶剂请记住525个分子，它们与备注525最近的聚合物链（M=型号；备注525 RES=剩余名称；C=链标识符；SSEQ=序列备注525编号；I=插入代码）：备注525备注525 M RES CSSEGI备注525 A 566距离=5.81安备注800备注800站点备注800站点标识符：AC1备注800证据_代码：软件备注800位置_描述：残留物FMN A 201的结合位置备注800备注800站点标识符：AC2备注800证据_代码：软件备注800位点_描述：残基GOL A 202的结合位点备注900备注900个相关条目备注900相关ID:5YOB相关DB:PDB备注900相关ID:5YOC相关DB:PDB备注900相关ID:5YOG相关DB:PDBDBREF 5年A 3 148 UNP P00323 FLAV_DESVH 3 148SEQADV 5YOE SER A 1 UNP P00323表达标签SEQADV 5YOE ALA A 2 UNP P00323表达标签SEQADV 5YOE CYS A 43 UNP P00323 ALA 43基因工程突变SEQADV 5YOE CYS A 74 UNP P00323 LEU 74基因工程突变SEQADV 5YOE TRP A 98 UNP P00323 TYR 98基因工程突变序列1 A 148 SER ALA LYS ALA LEU ILE VAL TYR GLY SER THR GLY序列2 A 148 ASN THR GLU TYR THR ALA GLU THR ILE ALA ARG GLU LEU序列3 A 148 ALA ASP ALA GLY TYR GLU VAL ASP SER ARG ASP ALA-ALA序列4 A 148 SER VAL GLU CYS GLY GLY LEU PHE GLU GLY PHE ASP LEU序列5 A 148 VAL LEU LEU GLY CYS SER THR TRP GLY ASP SER ILE序列6 A 148 GLU LEU GLN ASP PHE ILE PRO CYS PHE ASP SER LEU序列7 A 148 GLU GLU THR GLY ALA GLN GLN ARG LYS VAL ALA CYS PHE序列8 A 148 GLY CYS GLY ASP SER TRP GLU TYR PHE CYS GLY ALA序列9 A 148 VAL ASP ALA ILE GLU GLU LYS LEU LYS ASN LEU GLY ALA序列10 A 148 GLU ILE VAL GLN ASP GLY LEU ARG ILE ASP GLY ASP PRO序列11 A 148 ARG ALA ALA ARG ASP ILE VAL GLY TRP ALA HIS ASP序列12 A 148 VAL ARG GLY ALA ILEHET FMN A 201 50HET GOL A 202 14号血红素FMN黄素单核苷酸HETNAM GOL甘油海森FMN核黄素单磷酸盐HETSYN GOL甘油；丙烷-1,2,3-三醇配方2 FMN C17 H21 N4 O9 P配方3 GOL C3 H8 O3公式4 HOH*266（H2 O）螺旋1 AA1 GLY A 13 ALA A 29 1 17螺旋2 AA2 ALA A 39 VAL A 41 5 3螺旋3 AA3 PHE A 71 SER A 77 1 7螺旋4 AA4 LEU A 78 THR A 81 5 4螺旋5 AA5 CYS A 102 LEU A 115 1 14螺旋6 AA6 ASP A 129 ALA A 132 5 4螺旋7 AA7 ALA A 133 ALA A 147 1 15表1 AA1 5 GLU A 32 ASP A 37 0表2 AA1 5 LYS A 3 GLY A 9 1 N ALA 4 O ASP A 34表3 AA1 5 LEU A 52 CYS A 57 1 O LEU A 54 N LEU A 5表4 AA1 5 LYS A 87 GLY A 94 1 O PHE A 91 N LEU A 55表5 AA1 5 GLU A 118 ILE A 119 1 O GLU A 119 N VAL A 88表1 AA2 5 GLU A 32 ASP A 37 0表2 AA2 5 LYS A 3 GLY A 9 1 N ALA 4 O ASP A 34表3 AA2 5 LEU A 52 CYS A 57 1 O LEU A 54 N LEU A 5表4 AA2 5 LYS A 87 GLY A 94 1 O PHE A 91 N LEU A 55表5 AA2 5 LEU A 124 ASP A 127 1 O ILE A 126 N GLY A 94表1 AA3 2 THR A 59 TRP A 60 0表2 AA3 2 GLU A 66 LEU A 67-1 O GLU A 66N TRP A 60SSBOND 1 CYS A 43 CYS A74 1555 1555 2.03担保站点1 AC1 23 SER A 10 THR A 11 THR A 12 GLY A 13站点2 AC1 23 ASN A 14 THR A 15 SER A 58 THR A 59位点3 AC1 23 TRP A 60 GLY A 61 CYS A 93 GLY A 94站点4 AC1 23 ASP A 95 TRP A 98 TYR A 100 PHE A 101现场5 AC1 23 CYS A 102 HOH A 329 HOH A 403 HOH A 418现场6 AC1 23 HOH A 420 HOH A 425 HOH A 455现场1 AC2 5 HOH A 304 HOH A 308 HOH A 313 HOH A 316现场2 AC2 5 HOH A 411晶体1 32.450 56.132 40.954 90.00 101.03 90.00 P 1 21 1 2原始X1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX3 0.000000 0.000000 1.0000000.00000比例尺1 0.030817 0.000000 0.006006 0.00000比例尺2 0.000000 0.017815 0.000000 0.00000比例尺3 0.000000 0.000000 0.024877 0.00000