标题蛋白质结合2001年11月18日1KEX人神经磷脂-1 B1结构域的晶体结构压缩机模具ID：1；化合物2分子：神经肽-1；压缩机3链条：A；化合物4碎片：B1域；压缩机5工程：是源MOL_ID:1；来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS；来源3有机物常见：人类；来源4 ORGANISM_TAXID:9606；来源5基因：NRP1；来源6 EXPRESSION_SYSTEM:TRICHOPLUSIA NI；来源7 EXPRESSION_SYSTEM_COMMON：电缆回路；来源8 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:7111；来源9 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE：杆状病毒；源10表达式系统向量：PFASTBACHTKEYWDS BETA筒，胶辊，蛋白质结合EXPDTA X射线衍射作者C.C.LEE、A.KREUSCH、D.MCMULLAN、K.NG、G.SPRAGGON版次2 2009年2月24日1KEX 1版本修订版1 2003年1月28日1KEX 0JRNL授权C.C.LEE、A.KREUSCH、D.MCMULLAN、K.NG、G.SPRAGGON人神经磷脂-1 B1的JRNL Title晶体结构JRNL TITL 2域JRNL参考结构V.11 99 2003参考编号0969-2126JRNL PMID 12517344号JRNL内政部10.1016/S0969-2126（02）00941-3备注1备注2备注2决议。1.90愤怒。备注3备注3精炼。备注3程序：CNS 1.0备注3作者：布伦格、亚当斯、克罗、德拉诺、格罗斯、格罗斯备注3:KUNSTLEVE、JIANG、KUSZEWSKI、NILGES、PANNU、，备注3:READ、RICE、SIMONSON、WARREN备注3备注3精炼目标：空备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高（安）：1.90备注3分辨率范围低（安）：500.00备注3数据截止（SIGMA（F））：空备注3数据切断高（ABS（F））：空备注3数据切断低（ABS（F））：空备注3完成率（工作+测试）（%）：空备注3反射次数：12290备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3交叉验证方法：空备注3自由R值测试集选择：空备注3 R值（工作组）：0.189备注3自由R值：0.266备注3自由R值测试集大小（%）：空备注3自由R值测试集计数：空备注3自由R值的估计误差：空备注3在最高分辨率的箱子中备注3。备注3使用的箱子总数：空备注3箱子分辨率范围高（A）：空备注3箱子分辨率范围低（A）：空备注3料仓完整性（工作+测试）（%）：空备注3箱子中的反射（工作集）：空备注3 BIN R值（工作集）：空备注3无箱R值：空备注3无箱R值测试集大小（%）：空备注3无箱R值测试集计数：空备注3无箱R值的估计误差：空备注3备注3炼油中使用的非氢原子数量。备注3蛋白质原子：1239备注3核酸原子：0备注3异质原子：0备注3溶剂原子：201备注3记下3 B值。威尔逊地块备注3（A**2）：空备注3平均B值（总体，A**2）：空备注3总体各向异性B值。备注3 B11（A**2）：空备注3 B22（A**2）：空备注3 B33（A**2）：空备注3 B12（A**2）：空备注3 B13（A**2）：空备注3 B23（A**2）：空备注3备注3估计坐标误差。备注3 LUZZATI地块ESD（A）：空备注3 SIGMAA ESD（A）：空备注3低分辨率截止值（A）：空备注3备注3交叉验证估计坐标误差。备注3 C-V LUZZATI地块ESD（A）：空备注3 C-V SIGMAA（A）的ESD：空备注3记下理想值的3个RMS偏差。备注3粘结长度（A）:0.018备注3结合角（度）：1.98备注3双向角（度）：空备注3角度（度）不正确：为空备注3备注3各向同性热模型：空备注3备注3各向异性热因子限制。RMS SIGMA公司备注3主链连接（A**2）：空；无效备注3主链角（A**2）：空；无效的备注3侧链键（A**2）：空；无效的备注3侧链角（A**2）：空；无效的备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法：空备注3 KSOL:NULL备注3 BSOL:NULL备注3备注3 NCS模型：空备注3备注3 NCS约束。RMS SIGMA/重量备注3第1组位置（A）：空；无效的备注3第1组B系数（A**2）：空；无效的备注3备注3参数文件1:NULL备注3拓扑文件1:NULL备注3备注3其他精炼备注：空备注4备注：KEX符合2008年12月1日第3.15版格式备注100备注100本条目已由RCSB于2001年11月21日处理。备注100 RCSB ID代码为RCSB014880。备注200备注200实验细节备注200实验类型：X射线衍射备注200数据收集日期：2001年8月15日备注200温度（开尔文）：空备注200 PH:6.0备注200使用的晶体数量：1备注200备注200同步器（是/否）：N备注200辐射源：旋转阳极备注200光束线：空备注200 X射线发生器型号：RIGAKU FR-D备注200单色或LAUE（M/L）：M备注200波长或范围（A）：1.5418备注200单色仪：空备注200光学器件：空备注200备注200探测器类型：图像板备注200探测器制造商：RIGAKU备注200强度集成软件：DENZO备注200数据缩放软件：SCALEPACK备注200备注200独特反射次数：12290备注200分辨率范围高（A）：1.900备注200分辨率范围低（A）：50.000备注200拒绝标准（SIGMA（I））：空备注200总体评论200。备注200范围的完整性（%）：97.3备注200数据冗余：空备注200合并（I）：空备注200 R SYM（I）:0.04200备注200对于数据集：32.1000备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳，范围高（A）:1.90备注200最高分辨率外壳，范围低（A）：2.03备注200外壳完整性（%）：90.5在外壳中备注200数据冗余：空备注200 R壳体合并（I）：空壳体（I）备注200 R SYM：0.10500备注200对于外壳：空备注200REMARK 200衍射协议：单波长备注200用于确定结构的方法：分子替换备注200使用的软件：AMORE备注200启动型号：PDB ENTRY 1CZT备注200备注200备注：空备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS（%）：50.36备注280马修斯系数，VM（安氏**3/DA）：2.48备注280备注280结晶条件：PEG 8000、MES、醋酸锌、PH备注280 6.0，蒸汽扩散，悬滴，温度277.15K备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子：P 41 21 2备注290备注290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X，-Y，Z+1/2备注290 3555-Y+1/2，X+1/2，Z+1/4备注290 4555 Y+1/2，-X+1/2，Z+3/4备注290 5555-X+1/2，Y+1/2，-Z+1/4备注290 6555 X+1/2，-Y+1/2，-Z+3/4备注290 7555 Y、X、-Z备注290 8555-Y、-X、-Z+1/2备注290备注290，其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录，以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290平方米1-10000000.000000 0.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000-1.000000.000000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.000000 44.18750备注290 SMTRY1 3 0.000000-1.000000 0.000000 31.41350备注290 SMTRY2 3 1.000000 0.000000 0.000000 31.41350备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 1.000000 22.09375备注290 SMTRY1 4 0.000000 1.000000 0.000000 31.41350备注290 SMTRY2 4-1.00000000.000000 0.000000 31.41350备注290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000 1.00000066.28125备注290 SMTRY1 5-1.00000000.000000 0.000000 31.41350备注290 SMTRY2 5 0.000000 1.000000 0.000000 31.41350备注290 SMTRY3 5 0.000000 0.000000-1.000000 22.09375备注290 SMTRY1 6 1.0000000.000000 0.000000 31.41350备注290 SMTRY2 6 0.000000-1.000000 0.000000 31.41350备注290 SMTRY3 6 0.000000 0.000000-1.000000 66.28125备注290 SMTRY1 7 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 7 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY3 7 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 8 0.000000-1.000000.000000 0.00000备注290 SMTRY2 8-1.0000000 0.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 8 0.000000 0.000000-1.000000 44.18750备注290备注290备注：空备注300备注300生物分子：1备注300有关作者提供的和/或程序，请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350注释350表示已知的完整多聚体的坐标备注350生物意义上的齐聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注：给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子：1备注350作者确定的生物单位：单体备注350将以下内容应用于链条：A备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：同一非对称单元中的紧密接触备注500备注500以下原子紧密接触。备注500备注500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES S C SSEQUI距离备注500 O HOH A 233 O HOH A350 1.86备注500 O HOH A 233 O HOH A323 1.90备注500 NE2 HIS A 15 O HOH A 233 2.00备注500 O HOH A 156 O HOH B 215 2.04备注500 O HOH A 156 O HOH B 200 2.08备注500 O HOH A 218 O HOH B 226 2.18备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：密切联系备注500记下500与晶体学有关的下列原子备注500对称性紧密接触。位于0.15以内的原子请注意，假设对称相关原子在A上500安备注500特殊位置，因此列在备注375中备注500而不是备注500。非空白交替原子备注：计算中不包括500个位置指示器。备注500备注500距离截止：对于不含氢原子的触点，请备注500 2.2安对于涉及氢原子的接触，请备注500 1.6安备注500备注500 ATM1 RES C色齐ATM2 RES C色齐SSYMOP距离备注500 O HOH A 156 O HOH B 343 5555 1.93备注500 OE2 GLU A 47 O HOH A 233 5545 2.00备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500主题：扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角：备注500（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注500 SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,4X，F7.2,3X，F7.2）备注500备注500个预期值：GJ KLEYWEGT和TA JONES（1996）。PHI/PSI-记下500首合唱：拉马钱德朗重温。结构4，1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 LYS A 2-69.31 52.29备注500 MET A 4 45.40-150.17备注500 ASN A 41-144.59 60.23备注500 TYR A 82 148.36-170.11备注500 GLU A 95-62.39-100.85备注500 ASN A 104-0.06 69.89备注500 ARG A 130-50.62-121.75注释500 THR A 141-38.46 68.31备注500备注500备注：空数据库参考号1KEX A 1 155 UNP O14786 NRP1_HUMAN 273 427序列1 A 155 PHE LYS CYS MET GLU ALA LEU GLY MET GLU SER GLY GLU序列2 A 155 ILE HIS SER ASP GLN ILE THR ALA SER SER GLN TYR SER序列3 A 155 THR ASN TRP SER ALA GLU ARG SER ARG LEU ASN TYR PRO序列4 A 155 GLU ASN GLY TRP THR PRO GLY GLU ASP SER TYR ARG GLU序列5 A 155 TRP ILE GLN VAL ASP LEU GLY LEU LEU ARG PHE VAL THR序列6 A 155 ALA VAL GLY THR GLN GLY ALA ILE SER LYS GLU THR LYS序列7 A 155 LYS轮胎胎谷LYS THR TYR LYS ILE ASP VAL SER序列8 A 155 SER ASN GLY GLU ASP TRP ILE THR ILE LYS GLU GLY ASN序列9 A 155 LYS PRO VAL LEU PHE GLN GLY ASN THR ASN PRO THR ASP序列10 A 155 VAL VAL ALA VAL PHE PRO LYS PRO LEU ILE THR ARG序列11 A 155 PHE VAL ARG ILE LYS PRO ALA THR TRP GLU THR GLY ILE序列12 A 155 SER MET ARG PHE GLU VAL TYR GLY CYS LYS ILE THR公式2 HOH*201（H2 O）螺旋1 1 HIS A 15 ASP A 17 5 3螺旋2 2 SER A 26 ARG A 35 5 10表1 A12 GLU A 5 ALA A 6 0表2 A12 ARG A 146 CYS A 152-1 O GLY A 151 N GLU A 5表3 A12 ILE A 54 GLN A 70-1 N PHE A 63 O CYS A 152表4 A12 ILE A 19 ALA A 21-1 O THR A 20 N GLN A 55表5 A12 ILE A 54 GLN A 70-1 N GLN A 55 O THR A 20表6 A12 VAL A 119 GLU A 140-1 N VAL A 118 O THR A 69表7 A12 LYS A 80 SER A 91-1 O TYR A 82 N GLU A 140表8 A12 ALA 72 ILE A 73-1 O ALA 72 N TYR A 81表9 A12 LYS A 80 SER A 91-1 N TYR A 81 O ALA 72表10 A12 PHE A 109 GLN A 110-1 N PHE A 108 O TYR A 86表11 A12 LYS A 80 sera 91-1 O TYR A 86 N PHE A 109表12 A12 TRP A 97 THR A 99-1 O ILE A 98 N VAL A 90表1 B 2 LYS A 101 GLU A 102 0表2 B 2 LYS A 105 PRO A 106-1 N LYS A105 O GLU A 102SSBOND 1 CYS A 3 CYS B 152 1555 1555 2.06担保晶体1 62.827 62.827 88.375 90.00 90.00 90.00P 41 21 2 8原始X1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX3 0.000000 0.000000 1.0000000.00000比例尺1 0.015917 0.000000 0.000000 0.00000比例尺2 0.000000 0.015917 0.000000 0.00000比例尺3 0.000000 0.000000 0.011315 0.00000