伯克赫斯

生物物理学教授
应用物理系
瑞典皇家理工学院

电子邮件： berk.hess@scilifelab.se

传记

伯克于2002年毕业于荷兰格罗宁根大学，在赫尔曼·贝伦德森的指导下攻读博士学位。在德国美因茨Max-Planck聚合物研究所获得博士后学位后，他于2009年进入斯德哥尔摩大学。自2011年起，他受雇于KTH。

他研究的中心主题是了解分子尺度的相互作用如何影响更大尺度的事件，包括蛋白质等大分子以及润湿。他的研究很大一部分集中于通过改进通用并行分子动力学方法以及加速构象转变采样来加速采样的方法。所有方法都可以通过GROMACS分子模拟软件包免费获得，伯克自20多年来一直是该软件包的主要开发人员。

项目：

• 润湿动力学
• GROMACS开发

出版物

• 多维自由能景观最优采样的黎曼度量方法
  V.Lindahl、J.Lidmar和B.Hess
  物理学。E版，98，023312（2018）
• 动态润湿中接触线摩擦的分子起源
  P.Johansson和B.Hess
  物理学。流体版本，3074201（2018）
• 水通道蛋白TIP2的渗透性和氨选择性；1：结构与功能的链接
  V.Lindahl、P.Gourdon、M.Andersson和B.Hess
  科学报告，82995（2018）
• DNA双螺旋中典型碱基对开放的序列依赖性
  V.Lindahl、A.Villa和B.Hess
  PLOS计算生物学，13（4），e1005463（2017）
• GROMACS便携式高性能CPU SIMD层
  M.Abraham、S.Pall、R.Schulz、T.Murtola、B.Hess和E.Lindahl
  ACM EASC2016会议记录，已接受（2016年）
• 直接空间校正实现快速准确的Lorentz-Berthelot组合规则Lennard-Jones格求和
  C.L.Wennberg、T.Murtola、S.Pall、M.J.Abraham、B.Hess和E.Lindahl
  化学杂志。理论计算。，9, 5737-5746 (2015)
• 润湿动力学中的水基物理化学
  P.Johansson、A.Carlson和B.Hess
  流体力学杂志。，781, 696-711 (2015)
• GROMACS：通过从笔记本电脑到超级计算机的多级并行进行高性能分子模拟
  M.J.Abraham、T Murtola、R.Schulz、S.Pall、J.C.Smith、B.Hess和E.Lindahl
  SoftwareX，119-25（2015）
• 解决考试中的软件挑战一章（计算机科学讲义），施普林格国际出版社，3-27（2015）
  S.Pall、M.J.Abraham、C.Kutzner、B.Hess和E.Lindahl
  用GROMACS解决分子动力学模拟中Exascale软件的挑战
  \hlink（hlink）{http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-15976-8_1
• 探索自由能源景观的加速权重直方图方法
  V.Lindahl、J.Lidmar和B.Hess
  化学杂志。物理学。141044110（2014）
• 双层模拟中的Lennard-Jones晶格求和对表面张力和脂质性质有关键影响
  C.Wennberg、T.Murtola、B.Hess和E.Lindahl
  化学杂志。理论计算。，9, 3527-3537 (2013)
• SIMD体系结构上计算配对交互的灵活算法
  S.Pall和B.Hess
  计算。物理学。社区。，184, 2641–2650 (2013)
• 通过空间解析的三维局部压力场和表面张力探索模拟膜内的微观材料特性
  P.M.Kasson、B.Hess和E.Lindahl
  化学。物理学。唇形。，169, 106-112 (2013)
• GROMACS 4.5：一个高通量、高度并行的开放源代码分子模拟工具包
  S.Pronk、S.Pall、R.Schulz、P.Larsson、P.Bjelkmar、R.Apostolov、M.R.Shirts、J.C.Smith、P.M.Kasson、D.van der Spoel、B.Hess和E.Lindahl
  生物信息学，29845（2013）
• 电压传感器域突变改变精氨酸门控电荷转换的自由能垒
  C.S.Schwaiger、S.I.Brojesson、B.Hess、B.Wallner、F.Elinder和E.Lindahl
  PLOS ONE，7，e45880（2012）
• SHAKE并行化
  R.Elber、A.P.Ruymgaart和B.Hess
  欧洲物理学。J.规格顶部。200211（2011年）
• 电解质水溶液中与生物相关阴离子的离子配对
  P.Ganguly、P.Schravendijk、B.Hess和N.F.A.van der Vegt
  《物理学杂志》。化学。B 115 3734（2011）
• GROMACS–前进的道路
  B.Hess和D.van der Spoel
  公司。摩尔。科学。1, 211 (2011)
• 3（10）-螺旋构象促进电压传感器S4段向下降状态的过渡
  C.S.Schwaiger、P.Bjelkmar、B.Hess和E.Lindahl
  《生物物理学杂志》1001446（2011）
• 分子动力学模拟的算法改进
  P.Larsson、B.Hess和E.Lindahl
  公司。摩尔。科学。1, 93 (2011)
• 两亲性肽在气-水界面上吸附的驱动力
  O.Engin、A.Villa、M.Sayar和B.Hess
  《物理学杂志》。化学。B 114、11093（2010）
• 聚碳酸酯玻璃中的链式包装
  D.Steuber、T.Y.Yu、B.Hess、K.Kremer、R.D.O'Connor和J.Schaefer
  化学杂志。物理学。132, 104901 (2010)
• GROMACS中CHARMM力场的实现：从校正图、虚拟相互作用位点和水模型分析蛋白质稳定性效应
  P.Bjelkmar、P.Larsson、M.A.Cuendet、B.Hess和E.Lindahl
  化学杂志。理论计算。6, 459 (2010)
• 蛋白质表面电荷的阳离子特异性结合
  B.Hess和N.A.F.van der Vegt
  程序。国家。阿卡德。科学。美国106、13296（2009）
• Ln（III）-水离子的动力学和结构：基于从头算的柔性和极化模型势的比较分子动力学研究
  A.Villa、B.Hess和H.Saint-Martin
  《物理学杂志》。化学。B 113、7270（2009年）
• 水与N，N'-1,2-乙二醇双（6-羟基己酰胺）晶体的相互作用：模拟研究
  B.Hess、J.A.W.Harings、S.Rastogi和N.F.A.van der Vegt
  《物理学杂志》。化学。B 113、627（2009）
• 宽温度范围内熔融双酚-A-聚碳酸酯中苯酚化学势的预测模型
  B.Hess和N.F.A.van der Vegt
  大分子41，7281（2008）
• 水合肽和水在金属表面的竞争吸附：从电子性质到构象性质
  L.M.Ghiringhelli、B.Hess、N.F.A.van der Vegt和L.Delle现场
  雅克13013460（2008）
• 添加剂在聚合物微结构中的溶解度建模：基于软腔参考态的单步微扰法
  T.Ozal、C.Peter、B.Hess和N.van der Vegt
  大分子41，5055（2008）
• GROMACS 4：高效、负载平衡和可扩展的分子模拟算法
  B.Hess、C.Kutzner、D.van der Spoel和E.Lindahl
  化学杂志。理论计算。4, 435 (2008)
• 快速生长热力学积分：计算聚合物微观结构中附加分子的过剩化学势
  B.Hess、C.Peter、T.Ozal和N.van der Vegt
  Marcomolecles 41、2283（2008）
• P-LINCS：用于分子模拟的并行线性约束求解器
  B.赫斯
  化学杂志。理论计算。4116（2008年）
• 碱、土碱和烷基卤化铵水溶液的溶剂平均电位
  B.赫斯和N.范德维格特
  化学杂志。物理学。127, 234508 (2007)
• 疏水改性聚对苯撑磺酸盐束稳定性的分子动力学模拟观察
  B.Hess、M Sayar和C.Holm
  大分子40，1703（2007）
• 碱金属离子（Li+、Na+、K+）和卤化物离子（F-、Br-、Cl-）离子水合的密度泛函研究
  C.Krekeler、B.Hess和L.Delle现场
  《物理学杂志》。化学。125, 54305 (2006)
• 氨基酸类似物的水合热力学性质：生物分子力场和水模型的系统比较
  B.Hess和N.F.A.van der Vegt
  《物理学杂志》。化学。B 110、17616（2006）
• 原子NaCl（aq）力场的渗透系数
  B.Hess、C.Holm和N.van der Vegt
  化学杂志。物理学。124, 164509 (2006)
• 粗粒模拟的长时间原子聚合物轨迹：双酚A聚碳酸酯
  B.Hess、S.Leon、N.van der Vegt和K.Kremer
  软物质2409（2006）
• 介电常数随浓度变化的离子溶液中多体效应的模拟
  B.Hess、C.Holm和N.van der Vegt
  物理学。修订版Lett。96, 147801 (2006)
• 利用分子动力学模拟进行可复制多肽折叠和结构预测
  M.Seibert、A.Patriksson、B.Hess和D.van der Spoel
  分子生物学杂志。354, 173 (2005)
• GROMACS：快速、灵活、免费
  D.van der Spoel、E.Lindahl、B.Hess、G.Groenhof、A.E.Mark和H.J.C.Berendsen
  J.计算。化学。261701（2005年）
• 裂纹尖端位错形核的分子动力学研究
  B.Hess、B.J.Thijsse和E.van der Giessen
  物理学。版本B 71 054111（2005）
• 柔性约束在液态水和冰Ih等压等温系综蒙特卡罗模拟中的应用
  H.Saint-Martin、B.Hess和H.J.C.Berendsen
  化学杂志。物理学。120, 11133-11143 (2004)
• 光活性黄色蛋白的光活化：为什么光子吸收会触发蛋白质中发色团的顺反异构化
  G.Groenhof、M.Bouxin-Cademartory、B.Hess、S.P.de Visser、H.J.C.Berendsen、M.Olivucci、A.E.Mark和M.A.Robb
  美国化学杂志。Soc.1264228-4233（2004）
• 分子动力学模拟中的方向约束。使用时间和集合平均
  B.Hess和R.M.Scheek
  J.马恩。第164、19-27号决议（2003年）
• 通道模型的评估和分析：甲氧西丁的模拟
  D.P.Tieleman、B.Hess和M.S.P.Sansom。
  生物物理学。J.83，2393-2407（2002）
• 柔性约束：量子自由度的绝热处理，应用于水的柔性极化MCDHO模型。
  B.赫斯、H.圣马丁和H.J.C.贝伦森
  化学杂志。物理学。116, 9602-9610 (2002)
• 蛋白质模拟中采样的收敛性
  B.赫斯
  物理学。修订版E 65，031910（2002）
• 通过分子动力学模拟确定模型液体的剪切粘度
  B.赫斯
  化学杂志。物理学。116, 209-217 (2002)
• GROMACS 3.0：分子模拟和轨迹分析软件包
  E.Lindahl、B.Hess和D.van der Spoel
  J.摩尔模型。7, 306-317 (2001)
• Stokes-Einstein行为在分子水平上有效性的进一步研究
  R.Walser、B.Hess、A.E.Mark和W.F.van Gunsteren
  化学。物理学。莱特。334, 337-342 (2001)
• 蛋白质动力学主成分与随机扩散的相似性
  B.赫斯
  物理学。版本E 62，8438-8448（2000）
• 提高富氢体系大时间尺度分子动力学模拟的效率
  A.K.Feenstra、B.Hess和H.J.C.Berendsen
  J.公司。化学。20, 786-798 (1999)
• LINCS：用于分子模拟的线性约束求解器
  B.Hess、H.Bekker、H.J.C.Berendsen和J.G.E.M.Fraaije
  J.公司。化学。181463-1472（1997年）