BioPortal帮助

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BioPortal提供了对常用生物医学本体的访问，以及使用这些本体的工具。BioPortal允许您

浏览图书馆本体论的
搜索术语跨多个本体
浏览映射在不同本体中的术语之间
收到建议哪些本体与语料库最相关
注释文本使用本体论中的术语
浏览选定的项目使用BioPortal资源的

通过BioPortal网站提供的所有信息也可以通过NCBO Web服务REST API获得。请参阅REST API文档了解更多信息。

浏览选项卡

浏览我们的生物医学本体库并提交您自己的本体。此页面显示有关每个本体的一些摘要信息。每个本体的本体摘要页面上提供了更详细的摘要信息。您可以通过单击本体名称链接访问此页面。

收件人快速查找特定本体，开始在“按文本筛选”字段中键入本体名称或缩写。您还可以通过选择本体所属的特定“类别”（域）或“组”来缩小显示的本体列表。收件人提交本体按“提交新本体”按钮。您必须登录BioPortal才能提交本体。您可以订阅接收RSS更新当系统中的任何本体通过单击订阅链接而发生更改时。您可以从特定本体的摘要页面订阅该本体的更新。要转到摘要页面，请单击本体名称链接。

一些提交者希望控制谁可以浏览其本体中的术语。这些本体被标记为可见性“Private”或“Licensed”。要浏览这些本体中的术语，您必须同时

登录BioPortal
授予对本体的访问权限

对于私有本体，本体提交器直接控制对本体的访问。请联系提交者以获得对私有本体的访问权限。本体的联系信息可在本体摘要页面上找到。对于授权本体，提交者间接控制对本体的访问。当您尝试访问许可的本体时，系统将提示您输入提交者所需的许可信息。输入所需信息后，系统将允许您访问本体。此外，还有“仅摘要”本体这些本体的术语在BioPortal中根本不可用。有关这些本体的更多信息，请联系本体提交者。

收件人以编程方式访问本体，请参阅我们的资源REST API文档（然后查看“媒体类型”下）。

搜索标签

输入文本并跨包含此文本的多个术语查找术语。搜索术语的名称、id、同义词、属性以查找与输入文本的匹配，并显示每个本体中的最佳匹配（仅）。

收件人在任何本体中查找术语在搜索框中输入术语的名称，然后单击搜索按钮。系统在术语名称、同义词、术语ID和属性值中查找匹配项。您可以通过在输出表中选择一个筛选器链接，按本体或匹配类型筛选返回值。如果你想仅在本体子集中搜索您可以在“本体”框中指定所需的本体。（请注意，搜索一个子集并不比搜索所有本体快。）只需键入本体名称或缩写词即可选择所需的本体。您还可以使用“从列表中选择”链接从所有本体列表中选择一组本体。

注意，出于性能原因，只返回前100个匹配项（即匹配的本体）。如果在“本体”框中指定了一个或多个本体，则返回所有匹配项。

收件人以编程方式搜索查看我们的搜索REST API文档.

映射选项卡

映射是不同本体中两个或多个术语之间的关联。这种关联通常（但并不总是）表示术语之间的相似程度。映射的作者定义了特定映射的语义。映射通常是双向的，但这不是必需的。映射作者定义了方向性（有关详细信息，请参阅我们的映射文档).

收件人浏览映射对于本体，从下拉列表中选择本体。然后，您将看到一个表，其中显示了所有本体，在该本体和您选择的本体之间至少存在一个映射。从该表中选择一个本体以浏览两个本体之间的映射。

收件人以编程方式访问映射，请参阅我们的映射REST API文档.

“注释器”选项卡

收件人为文本生成注释，只需在框中输入文本并按提交按钮。系统通过在文本和本体术语名称、同义词和id之间进行精确的字符串比较（“直接”匹配），将文本中的单词与本体中的术语进行匹配。

除了直接匹配外，用户还可以展开匹配项集通过包括来自映射项和层次扩展的匹配项。对于大多数本体（OWL和UMLS RRF），系统在超类（“is-a”）关系上执行层次扩展。对于海外建筑运营管理局本体论，层次扩展还包括部分关系。您可以使用“级别数”字段控制层次结构上的级别数，系统将返回给定匹配项的级别数。

收件人以编程方式生成注释请参阅REST API文档.

有关注解器工作的更多信息，请访问Shah等人BMC生物信息学。2009年9月17日；10补充9:S14

“项目”选项卡

此页面显示了使用BioPortal技术的选定项目。收件人添加您的项目点击“创建新项目”按钮。您必须登录到BioPortal才能创建新项目。

常见任务

提交本体

如果您尚未在BioPortal网站注册帐户，则需要先注册：

http://bioportal.bioontology.org/accounts/new

拥有帐户并登录后，导航至浏览页面：

http://bioportal.bioontology.org/本体

…并单击“提交新本体”按钮。

在结果表单中，您将被要求填写有关您的本体的一些元数据，例如名称、首字母缩写词等。如果您不希望公众看到您的本体，可以将其指定为私有，然后指出哪些帐户应该有权访问它。

填写完表单后，单击“创建本体”按钮。这将为您的本体创建本体总结页面。请注意，到目前为止，您只是在笼统地描述本体，而不是提交特定的文件。

最后，在摘要页面上，您可以单击“添加提交”链接。这个新的提交表单可以指定您的本体文件，以及此更新的描述、版本号等。

一旦创建了本体提交，通常可以立即访问其基本信息，如果没有太多的类，也可以访问其类。更详细的索引是异步进行的，通常安排在晚上。所有这些都应该在第二天完成（太平洋时间）；如果没有，请向支持列表发送电子邮件。

更新现有本体提交

如果您的本体已经在BioPortal中，并且您有一个新版本，那么如果您以本体管理员的身份登录，可以通过以下两种方式之一进行更新。

如果原始提交设置为从源URL自动更新，则可以使用“提交”编辑图标（“摘要”页面上“提交”标题右侧的铅笔图标）了解源URL。BioPortal每晚检查此URL上的内容，如果内容以任何方式发生更改（由校验和确定），则重新提交内容。如果更新的提交没有解析，则应通过电子邮件通知本体管理员。

如果原始提交未设置为自动更新，或者如果要立即更新本体，则可以直接从计算机上传本体。这将立即开始上传过程，并安排稍后解析本体。（成功提交后，如果您希望启用自动更新过程，请不要忘记重新输入URL和设置。）通常本体分析在几分钟到一个小时内完成，大型本体除外；本体索引和自动映射在一夜之间发生（太平洋时间）。

要开始此过程，请单击“摘要”页面上“提交”标题右侧的加号。这使您有机会更新提交的元数据，并更改上传到BioPortal的方式（从本地文件手动或从URL自动）。

更新提交的元数据

如果您只想更改本体最新提交的元数据，请使用Summary页面上Submissions标题右侧的Submissionsedit（铅笔）图标。虽然UI暗示将下载新的本体，但如果不更改下载设置，则不会发生这种情况；只保存元数据更改。

更新本体设置

要更改本体的设置，包括名称、管理员、查看限制、类别以及本体是否是另一个本体的视图，请单击本体名称最右侧的编辑（铅笔）图标（位于页面顶部）。

请注意，您不能更改本体缩写词，因为BioPortal将其用作本体的主键和标识符。如果您希望您的本体具有另一个缩写词，则需要使用新的缩写词将其作为新的本体重新提交，然后要求我们删除或弃用以前的本体。

查看和编辑映射

要查看本体的所有映射，请从浏览页面选择本体，然后从下拉列表中选择“映射”。

要查看特定术语的注释，请导航到本体和术语（使用“浏览”选项卡并从下拉列表中选择术语项），然后选择右侧面板中的“映射”选项卡。

查看和编辑注释

要查看某个本体的所有注释，请从浏览页面选择该本体，然后从下拉列表中选择“注释”。

要查看特定术语的注释，请导航到本体和术语（使用“浏览”选项卡并从下拉列表中选择术语项），然后选择右侧面板中的“注释”选项卡。

查看和编辑评论

从浏览选项卡中选择本体名称，导航到本体摘要页面。按页面顶部附近的“创建审阅”按钮创建审阅。

可视化概念和映射

使用BioPortal用户界面，您可以可视化本体概念及其与其他本体的映射.

使用BioPortal API编程

有关如何使用BioPortal REST API访问信息的文档，请访问：

http://data.bioontology.org/documentation网站

获取API密钥

使用BioPortal REST API需要API密钥。

要检索API密钥，请登录您的帐户BioPortal网站。如果你没有帐户，你需要创建一个.

您的API密钥将以纯文本形式列在您的帐户页面上。

词汇表

班: 本体论领域中的一个概念。在BioPortal中，class是术语或概念的同义词。术语是首选的BioPortal标签。
概念: （来自SKOS文档）概念是一种想法或概念；思维单位。
翠: “概念唯一标识符”的缩写。UMLS为其本体中的所有术语分配的这些值。CUI代表“UMLS概念”。一个本体术语可以分配给多个CUI。将术语分配给CUI旨在允许在不同本体中的术语之间创建映射。
已弃用术语: 在一些本体中，是“过时术语”的同义词。
组: 通常与一些外部团体或组织关联的本体集合。
过时的术语: 本体论作者标记为“过时”的术语，建议人们不要使用。这些术语通常留在本体中（而不是完全删除它们），以便依赖它们的现有系统能够继续运行。
映射: 断言不同本体中两个术语之间的关系。确切关系的性质留给绘图作者。术语之间最常见的映射关系是“与”。
喜欢的名字: 本体作者建议在引用术语时使用的术语的人类可读标签。替代、非引用的名称是同义词。
财产: 两个实体之间的命名关联。例如“定义”（一个术语和一些文本之间的关系）和“部分”（两个术语之间的联系）。
资源: 已使用BioPortal中的本体索引的生物医学资源（出版物、数据库）。
片: BioPortal的备用入口点，配置为显示和使用可用本体的子集。切片通过http://<slice-name>.bioportal.biontology.org形式的URL访问。目前，终端用户无法创建或配置切片。但是，您可以向发送请求support@biontology.org并请求为您创建一个新的切片。
同义词: 术语的替代名称。每个术语都有一个“首选”名称，可以有任意数量的同义词。
学期: 本体论领域中的概念。在BioPortal中，术语是类或概念的同义词。术语是首选标签。
术语映射: 给定术语到其他本体术语的映射集。
定期资源: 包含给定术语注释的资源集。

BioPortal常见问题（FAQ）

许多具体问题在我们的BioPortal系统常见问题解答.

如何引用NCBO和BioPortal

NCBO公司

Musen MA、Noy NF、Shah NH、Whetzel PL、Chute CG、Story MA、Smith B；NCBO团队。国家生物医学本体中心。J Am Med Inform Assoc.2012年3月至4月；19(2):190-5. Epub 2011年11月10日。

NCBO本体推荐器

Martínez-Romero，M.、Jonquet，C.、O'Connor，M.J.、Graybeal，J.、Pazos，A.、Musen，M.A.（2017）。NCBO本体推荐器2.0：一种增强的生物医学本体推荐方法。生物医学语义学杂志，8（21），1-22(https://jbiomedsem.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13326-017-0128-y).

生物门户

Whetzel PL、Noy NF、Shah NH、Alexander PR、Nyulas C、Tudorache T、Musen MA。生物门户：通过国家生物医学本体中心的新Web服务增强功能，以在软件应用程序中访问和使用本体。核酸研究，2011年7月；39（Web服务器问题）：W541-5。Epub 2011年6月14日。

SPARQL端点

Salvadores M、Horridge M、Alexander PR、Fergerson RW、Musen MA和Noy NF。使用SPARQL查询BioPortal本体论和元数据。国际语义网络会议。美国波士顿，LNCS 7650，第180195页，2012年。