表观突变子
DNA甲基化数据的稳健异常值识别
生物导体版本：释放（3.18）
该软件包包括一些统计异常值检测方法，用于检测DNA甲基化数据中的表观突变。该软件包中包括的方法有MANOVA、多元线性模型、隔离森林、稳健马氏距离、分位数和贝塔系数。这些方法将病例样本与疑似疾病与参考组（由健康人组成）进行比较，以确定给定病例样本中的表观突变。它还包含注释和可视化已识别的表突变的功能。
作者：Dolors Pelegri-So[aut，cre]
，胡安·冈萨雷斯，卡洛斯·鲁伊斯·阿雷纳斯[aut]，Carles Hernandez-Ferrer[作者]，Leire Abarrategui[aut]
维护人员：Dolors Pelegri-So<Dolors.Pelegri at isglobal.org>
引文（从R中输入引文（“epimutacions”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“epimutacions”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignets（“差向异构体”）
详细信息
| 生物视图 |
生物学问题,DNA甲基化,规范化,预处理,软件,统计方法 |
| 版本 |
1.6.1 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.15（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.3.0），表观变异数据 |
| 进口 |
米菲,颠簸猎人，等树，robustbase，ggplot2，基因组范围,基因组特征,I范围,总结性实验、统计、矩阵统计、，生物遗传学,S4载体，实用程序，生物反应器,生物并行,基因组信息Db,猿人、咕噜声、颤抖声、，Gviz公司,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,发送数据库。哈皮恩斯。UCSC.hg18.known基因,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg38.已知基因,rtracklayer公司,注释Dbi,批注中心,实验中心，重塑2，网格，集成数据库，网格额外，IlluminaHumanMethylation450k最佳,IlluminaHumanMethylationEPIC清单,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19公司,Illumina人甲基化EPICanno.ilm10b2.hg19，gg排斥 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/isglobal-brge/epimutacions网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/isglobal-brge/epimutacions/issues |
查看更多
| 建议 |
测试，knitr，rmarkdown，仿生风格,a4底座，kableExtra，方法，grDevices |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
