会厌HMM

基于表观基因组R的隐马尔可夫模型分析

生物导体版本：释放（3.19）

epigraHMM提供了一套基于隐马尔可夫模型的表观基因组数据分析工具。它包含两个独立的峰值调用者，一个用于生物或技术复制的一致峰值，另一个用于多复制多条件实验的差异峰值。在差分峰值调用中，epigraHMM提供了与各种条件下读取富集的每个可能组合模式相关的窗口特定后验概率。

作者：佩德罗·巴多尼[aut，cre]

维护人员：佩德罗·巴尔多尼（Pedro Baldoni）

引文（从R中输入引文（“epigraHMM”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“epigraHMM”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“epigraHMM”）

生物视图	ATAC当量,ChIPSeq公司,DNA序列,表观遗传学,HiddenMarkov模型,软件
版本	1.12.0
在生物导体中	生物化学3.13（R-4.1）（3年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=3.5.0）
进口	Rcpp、magrittr、数据表、，总结性实验、方法、，基因组信息Db,基因组范围,rtracklayer公司,I范围,Rsamtools软件,竹信号,计算机辅助焊接,S4载体,利马，统计，Rhdf5库,rhdf5基因，矩阵，MASS，比例尺，ggpubr，ggplot2，灰色列表ChIP、pheatmap、gr设备
系统要求	GNU品牌
统一资源定位地址

建议	测试，knitr，rmarkdown，仿生风格,BS基因组。褐家鼠。UCSC.rn4号机组,gcapc公司,chromstaR数据
链接到	Rcpp、RcppArmadillo、，Rhdf5库
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	铭文HMM_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	epigraHMM_1.12.0.zip
macOS二进制（x86_64）	铭文HMM_1.12.0.tgz
macOS二进制（arm64）	铭文HMM_1.12.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epigraHMM网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/epiraHMM
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/epiraHMM网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/epigraHMM网站/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源代码包	源存档