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彗星

coMET:区域表观基因组全关联扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化


生物导体版本:释放(3.18)

EWAS的可视化产生一个基因组区域。除了表型相关P值外,coMET还生成了共甲基化模式图,并提供了一系列注释轨迹。它可以作为lon:g用于其他全基因组关联扫描,因为数据可以转换到基因组水平并用于任何物种。

作者:蒂芬·C·马丁[aut,cre],托马斯·哈迪曼[aut],伊迪尔·耶特[aut],蔡佩琴[aut',乔达纳·T·贝尔[aut]

维护人员:蒂芬·马丁(Tiphaine Martin)

引文(从R中输入引文(“coMET”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“coMET”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“coMET”)
coMET用户指南 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 ChIPSeq公司DNA甲基化脱氧核糖核酸序列差异甲基化Exome序列功能基因组学遗传学基因组广泛协会甲基Seq甲基化阵列微阵列Motif注释RNA序列RiboSeq系列排序软件可视化
版本 1.34.0
生物C 3.1(R-3.2)(9年)
许可证 GPL(>=2)
取决于 R(>=4.1.0),网格,utils,生物反应器Gviz公司,心理
进口 hash、grDevices、gridExtra、,无线电跟踪器I范围S4载体基因组范围,统计,相关图
系统要求
统一资源定位地址 http://epien.kcl.ac.uk/comet
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 商品_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 coMET_1.34.0.zip(拉链)(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 一氧化碳_1.34.0.tgz
macOS二进制(arm64) 一氧化碳_1.34.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coMET
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/coMET
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/coMET/
包短Url https://bioconductor.org/packages/coMET/
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