蒂米尔根

时间敏感性microRNA-mRNA集成、分析和网络生成工具

生物导体版本：释放（3.18）

TimiRGeN（Time Incorporated miR-mRNA Generation of Networks）是一种新的R软件包，用于分析和整合时间进程miRNA-mRNA差异表达数据。此工具可以在R中生成小网络，或将结果导出到细胞景观或路径，以便进行更详细的网络构建和假设生成。该工具是为希望深入研究时间序列多组分数据集的研究人员创建的。TimiRGeN在数据缩减方面比许多其他工具走得更远。在这里，数千种潜在的miRNA-mRNA相互作用中有数百种可能会在一段时间内被削减为少数影响信号通路的高置信度miRNA-m RNA相互作用。

作者：克鲁提克·帕特尔

维护人员：克鲁蒂克·帕特尔（Krutik Patel）<Krutik.Patel at newcastle.ac.uk>

引文（从R中输入引文（“TimiRGeN”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“TimiRGeN”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“TimiRGeN”）

蒂米尔根	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	聚类,网络,路径,软件,时间课程,可视化,微小RNA
版本	1.11.0
在生物导体中	生物柴油3.12（R-4.0）（3.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=4.1），Mfuzz公司,多重分析实验
进口	生物反应器,clusterProfiler（群集探查器），dplyr（>=0.8.4），FreqProf，gtools（>=3.8.1），gplots，ggdendro，gghighlight，ggplot2，graphics，grDevices，igraph（>=1.2.4.2），RCy3号机组，readxl，重塑2，rWikiPathways（维基路径），刻度，统计，tidyr（>=1.0.2），字符串（>=1.4.0）
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/Krutik6/TimiRGeN/
错误报告	https://github.com/Krutik6/TimiRGeN/issues网站

建议	生物经理，kableExtra，knitr（>=1.27），组织Hs.eg.db,组织管理例会.db、测试、降级
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我	更新对象
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在您的R会话中使用此软件包的说明。

源程序包	蒂米RGeN_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	TimiRGeN_1.11.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	蒂米RGeN_1.11.0.tgz
macOS二进制（arm64）	时间GeN_1.11.0tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TimiRGeN
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/TimiRGeN
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TimiRGeN/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/TimiRGeN/
软件包下载报告	下载统计信息