RCSL公司

单细胞RNA测序数据的秩约束相似学习

生物导体版本：释放（3.18）

一种新的聚类算法和工具包RCSL（秩约束相似性学习），用于使用复杂组织的scRNA-seq数据准确识别各种细胞类型。RCSL考虑了细胞之间的局部相似性和全局相似性，以区分同一类型细胞之间的细微差异以及不同类型细胞之间较大的差异。RCSL使用细胞表达向量与其他细胞表达向量的Spearman秩相关来衡量其全局相似性，并自适应地学习细胞的邻域表示作为其局部相似性。一个细胞与其他细胞的整体相似性是其全局相似性和局部相似性的线性组合。

作者：梅庆林[cre，aut]，李国军[fnd]，苏正昌[fnd]

维护人员：梅庆林<meiqinglinkf at 163.com>

引文（从R中输入引文（“RCSL”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“RCSL”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“RCSL”）

RCSL包手册	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式

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细节

生物视图	群集,尺寸缩减,RNA序列,排序,单个单元格,软件,可视化
版本	1.10.1
在生物导体中	生物化学3.13（R-4.1）（3年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.1）
进口	RcppAnnoy、igraph、NbClust、Rtsne、ggplot2（>=3.4.0）、methods、pracma、umap、grDevices、graphics、stats、Rcpp（>=0.11.0）、，矩阵泛型,单细胞实验
系统要求
网址	https://github.com/QinglinMei/RCSL

建议	测试一下，knitr，仿生风格、rmarkdown、mclust、tidyverse、tinytex
链接到
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生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	RCSL_1.10.1.tar.gz号
Windows二进制	RCSL_1.10.1.zip型
macOS二进制（x86_64）	RCSL_1.10.1.tgz型
macOS二进制（arm64）	RCSL_1.10.1.tgz型
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCSL
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/RCSL
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RCSL/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/RCSL/
软件包下载报告	下载统计信息