PLSDA批次
PLSDA批次
生物导体版本：发布（3.19）
基于潜在结构投影判别分析的微生物组数据下游分析之前校正批处理效应的新框架。主要方法命名为“PLSDA-batch”。它首先用潜在成分估计治疗和批次变化，然后从数据中减去批次相关成分，同时保留感兴趣的生物变化。PLSDA-batch非常适合微生物组数据，因为它是非参数的、多变量的，并且允许排序和数据可视化。PLSDA-batch结合中心对数比率变换来处理不均匀的库大小和组成结构，解决了现有校正方法迄今为止忽略的微生物组数据的所有特征。对于小样本研究中常见的1/不平衡批次x处理设计，以及2/在处理组之间选择有区别的变量，提出了另外两种变体，以避免分类问题中的过度拟合。这两种变体扩大了PLSDA批次对不同数据设置的适用范围。
作者：Yiwen（Eva）Wang[aut，cre]（伊娃）
，Kim-Anh Le Cao[aut]
维护人员：Yiwen（Eva）Wang在gmail.com>上的anjiwangyiwen
引文（从R中输入引文（“PLSDAbatch”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“PLSDAbatch”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“PLSDAbatch”）
细节
| 生物视图 |
BatchEffect（批次效果）,分类,尺寸缩减,微生物组,标准化,主要组件,软件,统计方法,可视化 |
| 版本 |
1.0.0 |
| 在生物导体中 |
生物活性碳3.19（R-4.4）（<6个月） |
| 许可证 |
GPL-3型 |
| 取决于 |
R（>=4.3.0） |
| 进口 |
mixOmics公司、scales、Rdpack、ggplot2、gridExtra、ggpubr、lmerTest、performance、grid、stats、pheatmap、vegan、，博科生物,仿生风格,树总结实验 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/EvaYiwenWang/PLSDAbatch网站 |
| 错误报告 |
https://github.com/EvaYiwenWang/PLSDAbatch/issues网站/ |
查看更多
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knitr、rmarkdown、testhat、獾 |
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程序包档案
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