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MSstatsLiP公司

基于鸟枪质谱的蛋白质组学实验中的LiP显著性分析


生物导体版本:释放(3.18)

用于LiP肽和蛋白质显著性分析的工具。提供总结、估计LiP肽丰度和检测不同条件变化的功能。利用MSstats系列软件包的功能。

作者:德文·科勒[aut,cre],Tsung-Heng Tsai[aut],Ting Huang[aut],Mateusz Staniak[aut',Meena Choi[aut%],Valentina Cappeletti[aut]Liliana Malinovska[aut%],Olga Vitek[aut%'

维护人员:德文·科勒(Devon Kohler)<Kohler.d at东北部.edu>

引文(从R中输入引文(“MSstatsLiP”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“MSstatsLiP”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“MSstatsLiP”)
MSstatsLiP蛋白质水解工作流 HTML格式 R脚本
MSstatsLiP工作流:示例工作流和MSstatsLiP包分析 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式

详细信息

生物视图 差异表达式,免疫肿瘤学,质谱学,规范化,一个频道,蛋白质组学,质量控制,软件,双通道
版本 1.8.2
在生物导体中 生物柴油3.14(R-4.1)(2.5年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.1)
进口 dplyr、gridExtra、stringr、ggplot2、grDevices、,MS统计,MS统计转换,数据表,生物串,MS统计PTM、Rcpp、checkmate、factoextra、ggpubr、purr、tibble、tidyr、tidyverse、scales、stats
系统要求
统一资源定位地址
错误报告 https://github.com/Vitek-Lab/MSstatsLiP/issues网站
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建议 仿生风格、knitr、rmarkdown、covr、tinytest、gghighlight
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 MS统计LiP_1.8.2.tar.gz
Windows二进制 MS状态LiP_1.8.2.zip
macOS二进制(x86_64) MS统计LiP_1.8.2.tgz
macOS二进制(arm64) MS统计LiP_1.8.2.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsLiP
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSstatsLiP
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/MSstatsLiP网址/
程序包短Url https://bioconductor.org/packages/MSstatsLiP/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档