GSVA公司
微阵列和RNA-Seq数据的基因集变异分析
生物导体版本：释放（3.19）
基因集变异分析（GSVA）是一种非参数、无监督的方法，用于通过表达数据集的样本估计基因集富集的变异。GSVA在坐标系中执行更改，将数据从逐基因样本矩阵转换为逐基因样本基质，从而允许评估每个样本的路径富集。这种新的GSVA富集分数矩阵有助于以路径为中心的方式应用标准分析方法，如功能富集、生存分析、聚类、CNV通路分析或跨组织通路分析。
作者：罗伯特·卡斯特洛〔aut，cre〕、贾斯汀·金尼〔aut〕、阿列克谢·谢尔古希切夫〔ctb〕、巴勃罗·塞巴斯蒂安·罗德里格斯〔ctb〕、阿克塞尔·克伦克〔ctb〕
维护人员：罗伯特·卡斯特洛<Robert.Castelo at upf.edu>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“GSVA”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“GSVA”）
细节
| 生物视图 |
功能基因组学,GeneSet扩展,微阵列,路径,RNA序列,软件 |
| 版本 |
1.52.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 2.8（R-2.13）（13年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=3.5.0） |
| 进口 |
方法、统计、实用程序、图形、，S4载体,I范围,博科生物,总结性实验,GSEA基地，矩阵（>=1.5-0），并行，生物并行,单细胞实验,空间实验,稀疏矩阵统计,DelayedArray（延迟阵列）,延迟矩阵统计,HDF5阵列,BiocSingular公司 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/rcastelo/GSVA |
| 错误报告 |
https://github.com/rcastelo/GSVA/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
生物遗传学、RUnit、，仿生风格、knitr、rmarkdown、，利马、R Color Brewer、，组织健康状况数据库,基因过滤器,边缘R,GSVA数据，shinny，shinnydashboard，ggplot2，data.table，plotly，future，promises，shinnbusy，shinyjs |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
|
| 导入我 |
同意OV,EGSEA公司,逃跑,八度音阶,奥帕尔,sc功能,有意义的人,单细胞TK,TBSignatureProfiler（签名档案器）,TNBC。CMS公司 |
| 建议我 |
解耦器R,MCbiclust公司,麻雀,海绵 |
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
