在第二个版本（2001年至2009年开发）中，系统还处理矩阵和向量，允许用户定义新的不变量，而无需再次编译软件。从2011年开始开发的第三个版本被认为更易于最终用户使用，但允许矩阵和向量操作以允许自定义不变量定义。整个代码都被重写了，软件的结构也是全新的。优化参数设置现在完全自动化，以简化用户的任务。与以前的版本相比，AGX现在有一些预定义的约束，这避免了以前版本的一些最常见的误用。事实上，在AGX-1或AGX-2中，通过5到10个约束条件来限制需要达到的最大程度，以便在实践中有效。这些特殊的约束也需要以一种特殊的方式构建，即假设用户是组合优化方面的专家。现在只需单击一个专用按钮即可实现图形的最大度数或直径边界。
AGX-III 2015年电流
界面和优化器完全从头开始重建，使软件更易于使用，也更直观。在这些改进中，最重要的当然是对基于顶点的优化的本地支持。此功能涉及一个本地多目标优化模块，该模块还使用一些机器学习技术来帮助优化器。例如，我现在对于正则图运行AGX更容易了。使用预定约束可以选择在一般情况下无法使用的适当优化例程。例如，在搜索某些正则图时，AGX-III首先搜索正则图的示例（所选阶数），然后仅使用保留此属性的转换。新的处理方式不仅避免了通过尝试应用一些无济于事的转换来浪费时间，而且还允许使用在一般情况下无法考虑的更复杂的转换。AGX-III中特殊情况下考虑的一些变换涉及5个顶点，这通常是不可能的。在这些改进中，AGX-III旨在处理两个目标，要么是为了找到帕累托最优解决方案，要么是通过设置一个主要标准，然后再设置一个标准，以便在出现平局时使用。使用次要标准有助于优化可能值很少的函数（例如，直径很难处理，因为必须经常显著更改图形才能看到其直径减小）。在以前的AGX版本中，用户必须将次要标准乘以一个非常小的系数，才能在主要标准中包含次要标准，从而实现了这个技巧。约束现在由词典顺序管理。在以前的版本中，它们只是通过一些惩罚系数的平均值被视为主要目标。在多重约束的情况下，可能会出现一些数值问题。现在已经不是这样了。所有这些更改都涉及不同的实现，并且使用新的实现可以实现多目标优化，这在以前根本不可能实现。在多目标模式下，改进标准基于一个解对另一个解的支配。为了提高多目标优化的质量，AGX并不像以前的版本那样存储当前的解决方案，而是存储一组可以视为当前帕累托边界的解决方案。