ZFIN数据库信息

斑马鱼信息网

背景以下为:

1994年冷泉港斑马鱼遗传和发育会议任命了一群斑马鱼研究人员,以建立斑马鱼作为模式生物的在线信息数据库。

由此产生的数据库,斑马鱼信息网(ZFIN公司)(https://zfin公司.org/),是这个斑马鱼遗传和基因组数据数据库(达尼奥·雷里奥)作为模式生物。ZFIN公司提供了一系列专业策划、组织和交叉引用的斑马鱼遗传和基因组数据,包括基因、等位基因、转基因系、基因表达、基因功能、表型、矫形学、人类疾病模型、命名法和试剂。

2016年,ZFIN与其他五个模型生物数据库联合(蜗杆底座,FlyBase飞基,小鼠基因组数据库,大鼠基因组数据库,酵母基因组数据库)和基因本体协会形成基因组资源联盟(联盟)。该联盟的主要任务是开发和维护可持续的基因组信息资源,以便利使用各种模式生物,了解人类生物学、健康和疾病的遗传和基因组基础。这一理解对于推进基因组生物学研究和将人类基因组数据转化为临床实用性至关重要。


目标以下为:

ZFIN的长期目标是:a)成为斑马鱼实验室使用的社区数据库资源,b)开发和支持斑马鱼遗传、基因组和发育综合信息,c)维护斑马鱼研究信息的最终参考数据集,d)将这些信息广泛地与其他模式生物和人类数据库中的相应数据联系起来,e)促进斑马鱼作为人类生物学模型的使用,f)满足研究界的需求。

锆石斑马鱼国际资源中心(Zebrafish International Resource Center)是国家卫生研究院资助的一个独立设施,提供各种斑马鱼线、探针和健康服务。ZFIN与ZIRC密切合作,将我们的遗传数据与可用的探针和鱼线联系起来。


引用ZFIN:

我们建议采用以下格式在出版物中引用ZFIN:

1.对于数据库的一般参考:

Bradford,Y.M.,Van Slyke,C.E.,Ruzicka,L.,Singer,A.,Eagle,A.,Fashena,D.,Howe,D.G.,Frazer,K.,Martin,R.,Paddock,H.,Pich,C.,Ramachandran,S.,Westerfield,M.(2022)斑马鱼信息网络,Danio rerio研究的知识库。遗传学。220(4).

PMID:35166825 预防性维修识别码: 项目管理委员会8982015内政部: 10.1093/genetics/iyac016


2.引用ZFIN中的特定条目:

本文的[类型]数据取自俄勒冈州尤金大学斑马鱼信息网络(ZFIN),OR 97403-5274;网址:http://zfin.org/; [您检索引用数据的日期]。


数据管理工作流

ZFIN的管理工作流程已记录在案在这里


版本控制信息

记录ZFIN版本信息在这里


研究人员:

蒙特·韦斯特菲尔德,P.I。;伊冯·布拉德福德项目经理;以及其他ZFIN数据库团队


咨询委员会:

肖恩·伯吉斯(Shawn Burgess)——NIH

Elisabeth Busch Nentwich–伦敦玛丽女王大学

Mike Cherry–斯坦福大学

Jeff De Pons——威斯康星州医学院

安娜·胡特洛彻(Anna Hutenlocher)——威斯康星大学麦迪逊分校

Kristen Kwan–犹他大学

亚当·米勒(Adam Miller)——俄勒冈州大学

Sierra Moxon–劳伦斯伯克利国家实验室

Robyn Tanguay–俄勒冈州州立大学

Ajay Pillai-NIH NHGRI项目官员


出版物:

Bradford,Y.M.、Van Slyke,C.E.、Ruzicka,L.、Singer,A.、Eagle,A.、Fashena,D.、Howe,D.G.、Frazer,K.、Martin,R.、Paddock,H.、Pich,C.、Ramachandran,S.、Westerfield,M.(2022)斑马鱼信息网络,Danio rerio研究的知识库。遗传学。220(4):.

Ruzicka,L.,Howe,D.G.,Ramachandran,S.,Toro,S.、Van Slyke,C.E.、Bradford,Y.M.、Eagle,A.、Fashena,D.、Frazer,K.、Kalita,P.、Mani,P.,Martin,R.、Moxon,S.T.、Paddock,H.、Pich,C.、Schaper,K.,Shao,X.、Singer,A.、Westerfield,M.(2018)斑马鱼信息网络:对非编码基因的新支持,更丰富的基因本体注释和基因组资源联盟。核酸研究。47(D1):D867-D873

Howe,D.G.,Blake,J.A.,Bradford,Y.M.,Bult,C.J.,Calvi,B.R.,Engel,S.R.,Kadin,J.A.、Kaufman,T.C.,Kishore,R.,Laulederkind,S.J.F.,Lewis,S.E.,Moxon,S.A.T.,Richardson,J.E.,Smith,C.(2018)支持转化医学的模型生物数据进化。实验动物。47(10):277-289

Howe,D.G.(2018)一种识别、监测和管理不完整管理数据集的统计方法。BMC生物信息学。19:110

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Bradford,Y.M.、Toro,S.、Ramachandran,S.,Ruzicka,L.、Howe,D.G.、Eagle,A.、Kalita,P.、Martin,R.、Taylor Moxon,S.A.、Schaper,K.、Westerfield,M.(2017)《斑马鱼人类疾病模型:在ZFIN了解人类疾病》。ILAR期刊。58:4-16

Howe,D.G.、Bradford,Y.M.、Eagle,A.、Fashena,D.、Frazer,K.、Kalita,P.、Mani,P.,Martin,R.、Moxon,S.T.、Paddock,H.、Pich,C.、Ramachandran,S.、Ruzicka,L.、Schaper,K.,Shao,X.、Singer,A.、Toro,S.,Van Slyke,C.、Westerfield,M.(2017)斑马鱼模型生物数据库:人类疾病模型的新支持,突变细节,基因表达表型和搜索。核酸研究。45(D1):D758-D768

Howe,D.G.、Bradford,Y.M.、Eagle,A.、Fashena,D.、Frazer,K.、Kalita,P.、Mani,P.,Martin,R.、Moxon,S.T.、Paddock,H.、Pich,C.、Ramachandran,S.、Ruzicka,L.、Schaper,K.,Shao,X.、Singer,A.、Toro,S.,Van Slyke,C.、Westerfield,M.(2016)向ZFIN提交数据的科学家指南。细胞生物学方法。135:451-81

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Howe,D.G.,Bradford,Y.M.,Conlin,T.,Eagle,A.E.,Fashena,D.,Frazer,K.,Knight,J.,Mani,P.,Martin,R.,Moxon,S.A.,Paddock,H.,Pich,C.,Ramachandran,S.,Ruef,B.J.,Ruzicka,L.,Schaper,K,斑马鱼模型生物数据库:增加对突变体和转基因的支持。核酸研究。41(D1):D854-860

Bradford,Y.、Conlin,T.、Dunn,N.、Fashena,D.、Frazer,K.、Howe,D.G.、Knight,J.、Mani,P.、Martin,R.、Moxon,S.A.、Paddock,H.、Pich,C.、Ramachandran,S.、Ruef,B.J.、Ruzicka,L.、Bauer Schaper,H.,Schapper,K.,Shao,X.、Singer,A.、Sprague,J.,Sprunger,B.、Van Slyke,C.和Westerfield,M.(2011)。ZFIN:斑马鱼模型生物数据库的增强和更新。核酸研究39(增刊1):D822-D829.

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