解剖图谱和资源

地图集和解剖学资源

发展地图集-Prim-5(24小时)、Long-Pec(48小时)、Protruding mouth(72小时)和Day 5(120小时)阶段的图解图谱。

发展分期系列-胚胎和幼虫阶段的描述以及分期标准。

发展中的电影

Go Fish海报-由genesis制作的斑马鱼发育阶段海报遗传学与发育杂志

场外资源

Z脑图谱-Z-Brain是一个3D参考地图集,包含标准坐标空间内的神经解剖学标签和区域定义。

斑马鱼虚拟地图集斑马鱼解剖项目 -斑马鱼图集包含斑马鱼的二维和三维解剖参考幻灯片,以支持全球的研究和教育。野生型斑马鱼的连续组织学图像用于3D重建。宾夕法尼亚州立大学Cheng实验室。

大脑浏览器-一种用于6 dpf斑马鱼幼体转基因报告模式三维可视化的工具-伯吉斯实验室。

斑马鱼胚胎后发育的正常表:活鱼的外部可见解剖分期-Parichy、Elizondo、Mills、Gordon、Engeszer

数字胚胎-整个野生型和突变斑马鱼胚胎在发育的前24小时内的核位置和运动。来自EMBL海德堡的数字、电影和数据集。

鱼网是斑马鱼从早期胚胎到成年发育的三维数据库。斑马鱼发育的模型可以被虚拟地分割,可以被视为3D渲染,也可以下载。

血管解剖网站NIH温斯坦实验室

斑马鱼组织学和组织病理学图谱V2.01一组图像解释了斑马鱼的组织学和毒理学病理学,重点是内分泌紊乱。Leo van der Ven和Piet Wester荷兰国家公共卫生与环境研究所。

斑马鱼早期大脑发育的硬拷贝图谱-米勒和伍利曼2005

成人神经系统硬拷贝图谱-Wullimann、Rupp和Reichert

地点:检索和比较不同物种的基因表达模式,特别是斑马鱼。

The ZFIQ公司(斑马鱼图像量化器)软件工具包提供了一套图像分析工具,用于斑马鱼成像数据的定量、可再现和准确解释。

斑马鱼脑-有关斑马鱼大脑发育的神经解剖学信息。完整大脑的高分辨率共焦成像,其中神经解剖学结构由转基因和抗体的组合标记。


斑马鱼解剖学本体论

下载解剖学本体英寸海外建筑运营管理局格式

寻找解剖学本体

在GitHub请求解剖学术语或发送电子邮件给我们:策展人@zfin.org

解剖本体是一个结构列表,按层次结构组织成一个本体,并对每个结构进行描述。斑马鱼解剖本体的当前版本由研究人员联合会每个人都是一组特定解剖结构的专家。来自当前文献的其他解剖信息由ZFIN管理小组提供。为斑马鱼开发一个完整而统一的解剖本体对斑马鱼科学的成功至关重要。解剖本体论对于以下方面是必要的:

*有效的数据传播和信息学。解剖结构的参考是所有表型描述的中心。例如,原位表达模式是根据观察到的表达结构来描述的;突变是根据受影响的解剖结构来描述的。通过这种方式,解剖结构是表达基因型符合突变表型的共同基础,从而对基因功能产生了强有力的见解。为了支持这种关联,尤其是在自动化或计算机辅助方式中,需要一个简明且一致的解剖本体论。

*参考框架。通过定义存在的解剖结构,本体为各种参考资源建立了一个框架,包括一个简明的分期序列(即,由结构的发展而非时间定义)、一个按解剖结构和发育年龄索引的参考图像图谱,带注释的三维重建和延时电影。

*互操作性。稳定、简明的解剖图谱是利用其他物种所做工作的关键,特别是通过斑马鱼数据(存储在ZFIN中)和其他物种数据库(例如MGI、Flybase)中存储的数据之间的半自动化映射。给定两个物种的字典,可以建立类似结构之间的映射关系(例如鱼的鳍=蝇的腿);基于影响斑马鱼鳍的突变进行的搜索可以产生果蝇腿中表达的基因。

组织会议

1999年5月10日至11日第一次组织会议摘要

第二次组织会议摘要——1999年12月10日