原子模拟环境 ¶
>>> #示例:氢分子的结构优化
>>> 从 ase公司 进口 原子
>>> 从 ase.优化 进口 BFGS公司
>>> 从 ase.计算器.nwchem 进口 NWChem公司
>>> 从 作为输入输出 进口 写
>>> 氢气 = 原子 ( “H2” ,
... 位置 = [[ 0 , 0 , 0 ],
... [ 0 , 0 , 0.7 ]])
>>> 氢气 . 计算 = NWChem公司 ( xc公司 = “PBE” )
>>> 选择 = BFGS公司 ( 氢气 )
>>> 选择 . 运行 ( fmax(最大值) = 0.02 )
BFGS:0 19:10:49-31.435229 2.2691
BFGS:1 19:10:50-31.490773 0.3740
BFGS:2 19:10:50-31.492791 0.0630比索
BFGS:3 19:10:51-31.492848 0.0023
>>> 写 ( “H2.xyz” , 氢气 )
>>> 氢气 . 获取势能 ()
-31.492847800329216
支持 计算器
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新闻 ¶
ASE版本3.22.1 发布(2021年12月1日)。 ASE版本3.22.0 发布(2021年6月24日)。 ASE版本3.21.1 发布(2021年1月24日)。 ASE版本3.21.0 发布(2021年1月18日)。 ASE版本3.20.0 发布(2020年8月8日)。 ASE版本3.19.2 发布(2020年7月22日)。 ASE版本3.19.1 发布(2020年4月4日)。 ASE版本3.19.0 发布(2019年12月16日)。 ASE版本3.18.2 发布(2019年12月15日)。 弗斯特 ASE研讨会 在瑞典哥德堡查尔默斯科技大学举行, 2019年11月19日至22日(2019年12月15日)。 ASE版本3.18.1 发布(2019年9月20日)。 ASE版本3.18.0 发布(2019年7月19日)。 ASE版本3.17.0 发布(2018年11月12日)。 ASE版本3.16.2 发布(2018年6月5日)。 ASE版本3.16.0 发布(2018年3月21日)。 ASE版本3.15.0 发布(2017年9月28日)。 Bugfix版本: ASE版本3.14.1 (2017年6月28日)。 ASE版本3.14.0 发布(2017年6月20日)。 参考文件 在里面 《物理学杂志》。 康登斯。 物质: 原子模拟环境|用于处理的Python库 原子 (2017年6月7日)。 ASE版本3.13.0 发布(2017年2月7日)。 心理健康指数 本月科学亮点 : 原子模拟环境|用于处理的Python库 原子 (2017年1月20日)。 ASE版本3.12.0 发布(2016年10月24日)。 ASE版本3.11.0 发布(2016年5月10日)。 ASE版本3.10.0 发布(2016年3月17日)。 网页现在使用 阅读文件狮身人面像主题 (2016年2月20日)。 源代码现在已打开 https://gitlab.com/ase/ase (2015年9月18日)。 ASE版本3.9.1 发布(2015年7月21日)。 ASE版本3.9.0 发布(2015年5月28日)。 ASE版本3.8.0 发布(2013年10月22日)。 ASE版本3.7.0 发布(2013年5月13日)。 ASE版本3.6.0 发布(2012年2月24日)。 Bugfix版本: ASE版本3.5.1 (2011年5月24日)。 ASE版本3.5.0 发布(2011年4月13日)。 ASE版本3.4.1 发布(2010年8月11日)。 ASE版本3.4 发布(2010年4月23日)。 ASE版本3.3 发布(2010年1月11日)。 ASE版本3.2 发布(2009年9月4日)。 ASE已达到修订版1000(2009年7月16日)。 ASE 3.1.0版 发布(2009年3月27日)。 ASE版本3.0.0 发布(2008年11月13日)。 尽快 版本3.0.2发布(2008年10月15日)。 发布了一个实验性的abinit接口(2008年6月9日)。 4月24日星期四将是ASE文档日。 十个人来自 CAMd/Cinf将从9点到16点进行“文档打印”。 (2008年4月17日) 新ASE-3.0 狮身人面像 页面现在正在运行! (2008年4月2日) 新ASE-3.0的测试版将用于 电子结构课程 CAMd公司 (2008年1月10日)
目录 ¶
关于 安装 入门 教程 模块 Atoms对象 使用Atoms对象的数组方法 单元单元和边界条件 特殊属性 添加计算器 列表方法 其他方法 所有方法列表 原子 原子.append() 原子calc 原子电池 原子中心() 原子约束 Atoms.copy() Atoms.edit() 原子.euler_rotate() Atoms.extend() 原子.fromdict() 原子.get_all_distances() 原子.get_angle() 原子.get_angles() 原子.get_angular_momentum() 原子.get_array() 原子.get_atomic_numbers() 原子.get_calculator() 原子.get_cell() 原子.get_cell_lengths_and_angles() 原子.get_celldisp() 原子.get_center_of_mass() 原子.get_charges() 原子.get_chemical_formula() 原子.get_chemical_symbols() 原子.get_dihedral() 原子.get_dihedrals() 原子.get_dipole_moment() 原子.get_distance() 原子.get_distances() 原子.get_forces() 原子.get_global_number_of_Atoms() 原子.get_initial_charges() 原子.get_initial_magnetic_moments() 原子.get_kinetic_energy() 原子.get_magnetic_moment() 原子.get_magnetic_moments() 原子.get_masses() 原子.get_moneta() 原子.get_ments_of_inertia() 原子.get_number_of_Atoms() 原子.get_pbc() 原子.get_positions() 原子.get_potential_energies() 原子.get_potential_energy() 原子.get_properties() 原子.get_reciprocal_cell() 原子.get_scaled_positions() 原子.get_stress() 原子.get_stresses() 原子.get_tags() 原子.get_temperature() 原子.get_total_energy() 原子.get_velocities() 原子.get_volume() 原子.has() 原子.new_array() 原子数_晶格矢量 原子数 原子.pbc 原子.pop() 原子.位置 原子响() 原子.repeat() 原子旋转() 原子.旋转_二面体() 原子.set_angle() 原子.set_array() 原子.set_atomic_numbers() 原子.set_calculator() 原子.set_cell() 原子.set_celldisp() 原子.set_center_of_mass() 原子.set_chemical_symbols() Atoms.set_constraint() 原子.set_dihedral() 原子.set_distance() 原子.set_initial_charges() 原子.设置_初始_磁性_力矩() 原子.set_masses() 原子.set_moneta() 原子.set_pbc() Atoms.set_positions() 原子.set_scaled_positions() 原子.set_tags() Atoms.set_velocities() 原子.符号 原子.todic() 原子.translate() Atoms.wrap() Atoms.write()
Cell对象 单位 文件输入和输出 建筑用品 状态方程 化学配方类型 化学符号 收藏 数据模块 结构优化 分子动力学 约束条件 过滤器 使用spacegroup子包 正在生成邻居列表 几何图形工具 单元格 单元格角度() 单元格区域() 单元格区域() 单元格.ascell() 小区带宽() 单元格cartesian_位置() 单元格.cellpar() 单元格完成() 单元格复制() 单元格.fromcellpar() 单元格.get_bravis_lattice() Cell.硬度 单元格长度() 单元格掩码() 单元格.minkowski_reduce() 单元格.new() 单元格niggli_reduce() 单元格.normal() 单元格.法线() 斜方晶胞 单元格.permute_axes() 电池组 细胞往复() 单元格.scaled_positions() 单元格.standard_form() 单元格未完成() 细胞体积
单元格_单元格par() 单元格par_to_cell() complete_cell() 条件绑定() 距离() find_mic() 获取角度() 获取角度派生() 获取dihedrals() 获取双数据源() 获取距离() 获取距离派生() 获取重复原子() 获取层(_layers) is_minkowski_reduced() 正义(_O) minkowski_reduce() 正交() permute_axes() 包装位置() 分析工具 分析 分析.相邻矩阵 分析所有角度(_A) 分析.all_bonds 分析.all_dihedrals Analysis.clear_cache() 分析.distance_matrix 分析.get_angle_value() 分析.get_angles() 分析.get_bond_value() 分析.get_bonds() 分析.get_dihedral_value() 分析.get_dihedrals() 分析.get_rdf() 分析.get_values() 分析图像 Analysis.nImages分析图 分析.nl 分析.unique_angles 分析.unique_bonds 分析.unique_dihedrals
原子数据库 最小能量路径 遗传算法 ASE的GUI Bravais格子 BravaisLattice公司 BravaisLattice.bandpath() BravaisLattice.cellpar() BravaisLattice.常规() BravaisLattice.description() BravaisLattice.get_special_points() BravaisLattice.get_special_points_array() BravaisLattice.plot_bz() BravaisLattice.special_path(BravaisLattice.special_path) BravaisLattice.special_point_names公司 BravaisLattice.tocell() BravaisLattice.type_description() BravaisLattice.变量 BravaisLattice.vars()
一般晶体结构和表面 纳米粒子和簇 可视化 计算器 支持的计算器 计算器配置 计算器关键字 设置() EAM公司 纯Python EMT计算器 阿比尼特 琥珀色 CASTEP公司 CP2K系统 晶体14 恶魔 deMon纳米 DFTB公司+ D摩尔3 意大利浓咖啡 令人兴奋的 FHI目标 FLEUR公司 GAMESS-美国 高斯 格鲁马克斯 吞咽 谐波计算器 通过插座与计算器通信 Jacapo-Dacapo的ASE python接口 基姆 LAMMPS计算器 莫帕克 NWChem公司 章鱼 ONETEP公司 OpenMX(OpenMX) ORCA公司 插塞式 磅/平方英寸 Q-Chem公司 午睡 涡轮发动机 VASP公司 平方毫米 检查点 混合计算器 日志计算器 DFT-D3型 其他内置计算器 用于测试的东西 ACE-分子
密度泛函理论 布里渊区采样 最大局部Wannier函数 介绍 Wannier类 瓦尼尔 Wannier.distances() Wannier.get_centers() Wannier.get_function() Wannier.get_functional_value() Wannier.get_hamiltonian() Wannier.get_hamiltonian_kpoint() Wannier.get_hopping() Wannier.get_optimal_nwannier() 想要更多.get_pdos() Wannier.get_radii() Wannier.get_spreads() Wannier.initialize() Wannier.localize() Wannier.save() Wannier.translate() Wannier.translate_all_to_cell() 想要翻译() Wannier.write_cube()
状态密度 带隙 STM图像 Bader分析
振动分析 振动模式 振动 例子 旧计算 振动数据 振动数据 振动数据来自_2d() 振动数据.get_dos() 振动数据.get_energies() 振动数据.get_energies_and_modes() 振动数据获取频率() 振动数据.get_hessian() 振动数据.get_hessian_2d() 振动数据.get_mask() 振动数据.get_modes() 振动数据.get_pdos() 振动数据.get_zero_point_energy() 振动数据.indices_from_constraints() 振动数据指示_来自_任务() 振动数据.iter_animated_mode() 振动数据读取() 振动数据.show_as_force() 振动数据表() 振动数据.with_new_masses() 振动数据写入() 振动数据.write_jmol()
红外强度 共振和非共振拉曼光谱 Franck-Condon因子的评估
声子计算 相位图和Pourbaix图 频谱工具 热化学 实用函数和类 并行计算 Atom对象 电子传输 质量管理经理 传统功能
命令行工具 提示和技巧 画廊 发行说明 联系人 ASE生态系统 开发 常见问题 ASE 2019年研讨会