金西姆 swMATH ID: 9090 软件作者: Gonzales,A.G。;Naldi,A。;桑切斯,L。;蒂夫里,D。;朝义亚,C 描述: GINsim:用于监管网络定性建模、模拟和分析的软件套件。本文介绍了GINsim,一个专门用于遗传调控网络定性建模、分析和模拟的Java软件套件。形式上,我们的方法依赖于离散的数学和图形理论概念。GINsim包含一个直观的图形编辑器,可以定义和参数化监管图形,以及一个模拟引擎来计算相应的定性动态行为。我们的计算方法通过对果蝇翅膀想象盘背腹侧边界处激活Notch的细胞间调节网络的初步模型分析进行了说明。我们重点研究了五个基因(两个细胞内和细胞间)之间的交叉调控,这五个基因实现了发育中的影像盘的背腹边界。我们的模拟定性地再现了野生型发育途径,以及各种实验扰动的结果,例如功能丧失突变或外源诱导的基因表达。 主页: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S030326705001693 相关软件: BoolNet公司;PyBoolNet网络;漫长的时期;github;CoLoMoTo公司;z3(零3);麦考利2;亚当;蟒蛇;NuSMV公司;AlzPathway公司;Potassco公司;清爽;侵蚀;亚特兰蒂斯;MaBoSS公司;单一;GNA公司;多刀;mCRL2型 引用于: 43文件 全部的 前5名94位作者引用 6 克劳迪娜·朝义亚 6 伊丽莎白·雷米 4 塞缪尔·帕斯特瓦 4 丹尼斯·蒂夫里 三 尼古拉·贝内什 三 卢博什·布里姆 三 马修·麦考利 三 奥雷连·纳尔迪 三 理查德·阿德里安 三 萨夫拉内克,大卫 2 乔治·阿格里斯 2 贝莱德·本哈莫 2 查维斯,马达琳娜 2 Jean-Paul彗星 2 安迪·詹金斯 2 莱因哈德·劳本巴赫(Reinhard C.Laubenbacher)。 2 卢赫·拉富恩特,阿尔贝托 2 佩德罗·蒙泰罗。 2 西尔万·索利曼 2 米尔科·特里巴斯通 2 范甘·特林 2 马克斯·柴科夫斯基 2 安德烈·范丁 2 阿兰·贝利兹·库巴 1 瓦西姆Abou-Jaoudé 1 文森特·阿卡里 1 拉什德·萨马。 1 阿隆娜·本·塔尔 1 贝伦吉耶,D。 1 吉尔斯·伯诺 1 伯纳德·布罗格里亚托 1 克里斯蒂娜·布舒尔 1 阿方索·卡塔 1 菲利波·卡斯蒂格利奥内 1 苏尼尔·乔普拉 1 赫莱内·科拉维扎 1 彼得·克劳福德-卡尔 1 布里·康明斯 1 奥利维尔·达梅隆 1 罗宾·戴维斯 1 德容、希德 1 迪迪埃,吉尔 1 阿德里安·福雷 1 马克西姆·福舍特 1 汤姆·盖迪恩 1 莱蒂蒂亚·吉巴特 1 艾托·穆古鲁扎·冈萨雷斯 1 罗丝·哈默肖克 1 Hiraishi、Kunihiko 1 井上,胜美 1 川山良彦 1 石佐卡吉 1 马塞尔·考夫曼 1 哈里斯,Z。 1 克里斯,阿里尔 1 科瓦利克,乌卡斯 1 阿莱塔·克拉内菲尔德。 1 史蒂夫·昆 1 Lee,Kangbok先生 1 玛丽亚·康塞桑·莱特。 1 林奇,因斯 1 摩根·马根 1 埃米利亚诺·曼奇尼 1 瓦斯科·M·曼奎尼奥。 1 米哈拉·特奥多拉·马塔奇 1 马塔切,瓦伦丁 1 劳拉·梅尼尼 1 京杜克·穆恩 1 马钦·穆查 1 大卫·默鲁加拉 1 沃伊切赫·纳达拉 1 雅克·尼古拉斯 1 Djomangan Adama,瓦塔拉 1 马钦·皮利普祖克(Marcin L.Pilipczuk)。 1 科拉多·波西耶里 1 雷达,克莱门斯 1 里贝罗,托尼 1 Olivier F.鲁克斯。 1 海克·西伯特 1 安妮·西格尔 1 路易斯·索尔多·维埃拉 1 曼纽尔·索尔吉 1 te Velde,安杰·A。 1 洛朗·蒂奇特 1 安东尼奥·托纳姆 1 劳伦特·托尼尔 1 Jeroen F.乌尔曼。 1 佩德罗·瓦雷拉。 1 王云娇 1 梅林·韦里 1 巴特克·威尔钦斯基 1 埃丝特·沃尔夫 1 彼得·维戈奇·维戈奇 1 诺拉·扬 全部的 前5名16篇连载文章中引用 10 理论生物学杂志 6 数学生物学通报 5 理论计算机科学 1 离散应用数学 1 数学生物科学 1 物理D 1 机器学习 1 欧洲运筹学杂志 1 差分方程与应用杂志 1 混乱 1 自然计算 1 SIAM应用动力系统杂志 1 离散算法杂志 1 计算机科学中的逻辑方法 1 应用数学与信息科学 1 自然现象的数学建模 全部的 前5名在15个字段中引用 33 生物学和其他自然科学(92-XX) 11 信息与通信理论、电路(94-XX) 9 计算机科学(68至XX) 5 组合数学(05-XX) 4 数学逻辑和基础(03-XX) 三 动力系统和遍历理论(37至XX) 三 系统论;控制(93至XX) 2 线性代数和多线性代数;矩阵理论(15-XX) 2 运筹学、数学规划(90-XX) 1 阶、格、有序代数结构(06-XX) 1 代数几何(14-XX) 1 拓扑群、李群(22-XX) 1 常微分方程(34-XX) 1 差分和函数方程(39至XX) 1 统计学(62-XX) 按年份列出的引文