生物电解

生物椭圆:加速多细胞生物系统模型的计算机模拟。动机:生物系统的行为往往是大量细胞与其生物和非生物环境之间复杂相互作用的结果。计算生物学家试图通过数学建模和计算机模拟来理解、预测和操纵生物系统的行为。基于离散agent的建模(结合高分辨率网格对细胞外环境进行建模)是构建生物系统模型的常用方法。然而,这种方法的计算复杂性迫使计算生物学家求助于较粗分辨率的方法来模拟大型生物系统。高性能并行计算机有潜力解决计算挑战,但为并行计算机编写高效的软件是困难和耗时的。结果:我们开发了一个高性能的软件框架Biocellion,用并行计算机来解决这一计算难题。为了支持广泛的多细胞生物系统模型,Biocellion要求用户通过填充预定义模型例程的函数体来提供其模型细节。使用生物网格,没有并行计算专业知识的建模人员可以有效地利用并行计算机,而不是从头开始编写顺序程序。我们模拟细胞分类,微生物模式和土壤团聚体中的细菌系统作为案例研究。可用性和实现:Biocellion运行在x86兼容的64位Linux操作系统上,可免费用于学术用途。访问http://biocellion.com更多信息。