生物细胞 swMATH编号： 38800 软件作者： Kang，S.、Kahan，S.，McDermott，J.、Flann，N.、Shmulevich，I。 描述： 生物细胞：加速多细胞生物系统模型的计算机模拟。动机：生物系统行为通常是大量细胞及其生物和非生物环境之间复杂相互作用的结果。计算生物学家试图通过数学建模和计算机模拟来理解、预测和操纵生物系统的行为。基于离散代理的建模（结合高分辨率网格对细胞外环境进行建模）是构建生物系统模型的常用方法。然而，这种方法的计算复杂性迫使计算生物学家采用更粗分辨率的方法来模拟大型生物系统。高性能并行计算机有潜力应对计算挑战，但为并行计算机编写高效的软件既困难又耗时。结果：我们开发了Biocellion，一个高性能的软件框架，用并行计算机解决了这一计算挑战。为了支持广泛的多细胞生物系统模型，Biocellion要求用户通过填充预定义模型例程的功能体来提供其模型细节。使用Biocellion，没有并行计算专业知识的建模师可以用比从头开始编写顺序程序更少的工作量高效地开发并行计算机。作为案例研究，我们模拟了土壤团聚体中的细胞分类、微生物模式和细菌系统。可用性和实现：Biocellion运行在64位Linux操作系统的x86兼容系统上，可免费用于学术用途。访问网址：http://biocellion.com了解更多信息。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4609016/ 相关软件： 物理细胞;贞洁;CellSys公司;莫菲斯;微血管Chaster;胚胎制造者;CompuCell3D;虚拟叶;CellML手机;生物FVM-X;帕斯卡L_TDMA;生物FVM;炒作;英特尔TBB;佐尔坦;全局阵列;琼博;PETSc公司;SPRNG公司;Matlab公司 引用于： 3文件 全部的 前5名10位作者引用 1 Bouchnita，阿纳斯 1 阿德里安·库利埃 1 安德烈亚斯·海兰德 1 Lötstedt，Per公司 1 索尼娅·马蒂亚斯 1 阿尔诺蒙塔古德 1 米盖尔·蓬塞·德莱昂 1 高拉夫Saxena 1 阿方索·巴伦西亚 1 戴维·文森特·多尔卡 2篇连载文章中引用 1 数学生物学杂志 1 数学生物学通报 在3个字段中引用 3 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 偏微分方程（35-XX） 1 数值分析（65-XX） 按年份列出的引文