国际BLP swMATH ID: 37438 软件作者: 张丹;陈华东;哈桑·祖勒菲卡尔;袁世石;黄勤来;张兆岳;邓克军 描述: iBLP:一种基于XGBoost的预测因子,用于识别生物发光蛋白。生物发光蛋白(BLP)是一类广泛分布于许多生物体内的蛋白质,具有多种发光机制,包括发光生物体的生物发光和化学发光。生物发光已被广泛用于细胞过程的各种分析研究方法,如基因表达分析、药物发现、细胞成像和毒性测定。然而,生物发光蛋白的鉴定具有挑战性,因为它们之间的序列相似性很差。在本文中,我们简要回顾了BLP计算识别的发展,并随后提出了一种新的预测框架,用于识别BLP,该框架基于极限梯度增强算法(XGBoost)并使用序列衍生特征。为了训练模型,我们收集了细菌、真核生物和古菌的BLP数据。然后,为了获得更有效的预测模型,我们检查了不同特征提取方法及其组合以及分类算法的性能。最后,基于最优模型,构造了一种新的预测因子iBLP来识别BLP。在训练和独立数据集上的实验证明了iBLP的鲁棒性。与其他已发表的方法的比较进一步表明,该方法功能强大,能够为BLP识别提供良好的性能。BLP识别的Web服务器和软件包可在url上免费获得{http://lin-group.cn/server/iBLP}. 主页: http://lin-group.cn/server/iBLP/ 相关软件: 折叠Rec-C2C;iFeature(i功能);综合布线;UniProt公司;BioSeq分析;国际MRM;i4mC鼠标;XG-PseU公司;DNA4mC-LIP公司;4mC红色;靶向抗Angio;DeepTorrent深激流;ACP红色;型号_4mc;github;深度4mC;iDNA-MS公司;PSAC公司;iTerm-PseKNC;RAAC手册 引用于: 2文件 全部的 前5名11位作者引用 1 曹仁智 1 丁慧 1 郭玉新 1 法尔瓦·哈桑 1 基尔·希佩 1 卡桑德拉·亨特 1 汗、里达·萨瓦尔 1 宋晓明 1 朱文 1 邹全(音) 1 哈桑·祖勒菲卡尔 连载1篇 2 数学生物科学与工程 在3个字段中引用 2 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 统计学(62-XX) 1 计算机科学(68至XX) 按年份列出的引文