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SABER公司

swMATH ID: 33848
软件作者: 华堂、马克·科拉姆、王培、朱晓峰、尼尔·里奇
描述: SABER是一个适用于基因组规模数据的程序,该程序使用“Markov-hidden-Markov模型”来估计本地祖先(Tang H,Coram M,Wang P,Zhu X,Risch NJ。(2006)重建住院个体的遗传祖先块。美国人类遗传学杂志。79:1-12.). 这种当地血统被称为“祖先街区”。像HAPMIX一样,它模拟了祖先的LD;然而,它并没有模拟单倍型结构。输入文件是典型的,包括来自祖先和混合个体的基因型数据、混合个体的全球祖先估计值以及SNP的物理地图位置。除了提供本地化的祖先(带有图形输出)之外,SABER还可以用于估计混合后的时间。
在被接纳个体中重建遗传祖先块
主页: http://med.stanford.edu/tanglab/software/saber.html
相关软件: ;HapMix公司;ADMIXMAP公司;结构;弗拉佩;外加剂;ipPCA公司;祖先地图;MALDsoft公司;艾根斯特拉;PLINK公司;GemTools(宝石工具);MSMS(座椅位置记忆系统)
引用于: 3文件

按年份列出的引文