HIPPIE公司 swMATH ID: 29288 软件作者: Schaefer MH、Fontaine JF、Vinayagam A、Porras P、Wanker EE、Andrade Navarro MA。 描述: HIPPIE:将蛋白质相互作用网络与基于实验的质量分数相结合。蛋白质功能通常由蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)调节,因此定义蛋白质的伴侣有助于了解其活性。PPI可以通过不同的实验方法进行检测,并收集在多个专家管理的数据库中。这些数据库供有兴趣研究特定蛋白质详细信息的研究人员使用。在许多分析中,相互作用特征的可靠性变得很重要,可能需要选择不同置信水平的PPI集。为此,我们生成了HIPPIE(人类综合蛋白质-蛋白质相互作用参考),这是一个具有标准化评分方案的人类PPI数据集,集成了多个实验PPI数据集中。HIPPIE的评分方案已经由人类专家和计算机算法进行了优化,以反映给定PPI的证据数量和质量,我们表明这些分数与实验表征的质量相关。HIPPIE网络工具(位于http://cbdm.mdc-berlin.de/tools/hippie)通过在特定置信水平上围绕感兴趣的蛋白质生成子网络,研究人员可以对可能真实的PPI集进行网络分析。 主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3279424/ 相关软件: 字符串;miRTarBase(miRTarBase);戴维;算法862;DeepWalk公司;图形VAE;木兰;graph2vec(图形2vec);HCP公司;CNN-RNN公司;节点2vec;亚当;MEKA公司;ML-KNN公司;联邦军事革命;阿菲;动态记录仪;gplots(gplots);黑人;矩阵数据库 引用于: 5文件 全部的 前5名15位作者引用 1 格雷戈里奥·阿兰尼斯·洛巴托 1 米格尔·A·安德拉德·纳瓦罗。 1 阿尔贝托·桑托斯·德尔加多 1 做,Kien 1 玛丽亚·吉亚罗 1 克里斯蒂娜·伊瓦涅斯 1 巴勃罗·迈尔 1 阮,瘦 1 冈萨洛·巴贾雷斯 1 Tran、Truyen 1 阿方索·巴伦西亚 1 斯维萨·文卡泰什 1 路易丝·冯·斯特肖 1 王定杰 1 邹秀芬 引用于5个系列 1 机器学习 1 应用数学建模 1 数据挖掘与知识发现 1 理论生物学杂志 1 分子生物学方法 在5个字段中引用 3 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 线性代数和多线性代数;矩阵理论(15-XX) 1 统计学(62-XX) 1 计算机科学(68至XX) 1 运筹学、数学规划(90-XX) 按年份列出的引文