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HIPPIE公司

swMATH ID: 29288
软件作者: Schaefer MH、Fontaine JF、Vinayagam A、Porras P、Wanker EE、Andrade Navarro MA。
描述: HIPPIE:将蛋白质相互作用网络与基于实验的质量分数相结合。蛋白质功能通常由蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)调节,因此定义蛋白质的伴侣有助于了解其活性。PPI可以通过不同的实验方法进行检测,并收集在多个专家管理的数据库中。这些数据库供有兴趣研究特定蛋白质详细信息的研究人员使用。在许多分析中,相互作用特征的可靠性变得很重要,可能需要选择不同置信水平的PPI集。为此,我们生成了HIPPIE(人类综合蛋白质-蛋白质相互作用参考),这是一个具有标准化评分方案的人类PPI数据集,集成了多个实验PPI数据集中。HIPPIE的评分方案已经由人类专家和计算机算法进行了优化,以反映给定PPI的证据数量和质量,我们表明这些分数与实验表征的质量相关。HIPPIE网络工具(位于http://cbdm.mdc-berlin.de/tools/hippie)通过在特定置信水平上围绕感兴趣的蛋白质生成子网络,研究人员可以对可能真实的PPI集进行网络分析。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3279424/
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