×

彩虹

swMATH ID: 28787
软件作者: Chong,Z.,Ruan,J.,Wu,C.I。
描述: Rainbow:一个集成工具,用于高效集群和组装RAD-seq读取。限制区相关DNA测序(RAD-seq)方法的创新充分利用了下一代测序技术。通过将成对的短读聚集到具有自己独特标记的组中,RAD-seq汇编问题被划分为多个子问题。快速准确地聚类和组装数以百万计的带有测序错误、不同程度杂合性和重复序列的RAD-seq读取是一个具有挑战性的问题。结果:Rainbow的开发旨在为RAD-seq生成的短读取的集群和组装提供一种超快速、内存高效的解决方案。首先,彩虹簇使用间隔种子方法进行读取。然后,彩虹实施了一种杂合子类召唤策略,以自上而下的方式将潜在群体划分为单倍型。沿着引导树,它以自下而上的方式迭代合并兄弟树叶(如果它们足够相似)。这里,通过比较RAD段的第二次读取来定义相似性。这种方法试图在区分重复序列的同时折叠杂合子。最后,Rainbow使用贪婪算法将合并后的读数局部组装成重叠群。Rainbow不仅输出最优的装配结果,而且输出次优的装配结果。基于模拟和真实的孔雀鱼RAD-seq数据,我们表明Rainbow在处理RAD-seq数据方面比其他工具更有能力。可用性:Rainbow的C源代码可在以下网站免费获得:http://sourceforge.net/projects/bio-rainbow/files/
主页: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/28/21/2732/233132
源代码:  https://github.com/ChongLab/rainbow
相关软件: d2_群集;幻灯片排序;马什;紧身胸衣;石斑鱼;科根(Cogent);LSC公司;最小值2;遮阳伞;SimLoRD公司;易集群2;星号;MMseqs2系列;DNACLUST公司;MeShClust公司;是ONclust;github;Cd命中
引用于: 1文件

0连载引用

按年份列出的引文