星号 swMATH ID: 28773 软件作者： Zorita，E.，Cusco，P.，Filion，G.J。 描述： 星码：基于全对搜索的序列聚类。动机：测序技术不断增长的吞吐量为计算生物学提供了新的应用和挑战。在其中许多应用程序中，需要更正排序错误。当测序读取未知参考（如随机DNA条形码）时，这一点尤为重要。在这种情况下，可以通过对所有条形码进行成对比较来进行错误纠正，这是一个计算复杂的问题。结果：在这里，我们解决了这一挑战，并描述了一种精确的算法来确定哪些序列对位于给定的Levenstein距离内。为了纠错或减少冗余，匹配对被合并成相似序列的簇。星码的效率归功于poucet搜索，这是Needleman–Wunsch算法在trie节点上的一种新实现。在匹配随机条形码的任务中，星码在速度和精度上都优于序列聚类算法。可用性和实现：C源代码位于http://github.com/gui11aume/starcode。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4765884/ 源代码： https://github.com/gui11aume/starcode 相关软件： BWA公司;比较;商业;PBSIM卡;GATB公司;蝴蝶结2;d2_群集;彩虹;幻灯片排序;马什;紧身胸衣;石斑鱼;科根（Cogent）;LSC公司;最小值2;副帆;SimLoRD公司;易集群2;MMseqs2系列;DNACLUST公司 引用于： 2文件 全部的 前5名7位作者引用 1 露西·比特纳 1 洛丽塔·勒康普特 1 安托万·利马塞特 1 卡米尔·马切特 1 保罗·梅德韦杰夫 1 皮埃尔·佩特隆戈 1 克里斯托弗·萨林 连载1篇 1 离散应用数学 在2个字段中引用 2 计算机科学（68至XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文