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pLoc_bal-mGpos位置

swMATH ID: 27673
软件作者: Xiao,X。;Cheng,X。;陈,G。;毛泽东,Q。;周,K.-C。
描述: pLoc_bal-mGpos:通过准平衡训练数据集和PseAAC预测革兰氏阳性细菌蛋白质的亚细胞定位。蛋白质亚细胞定位的知识对基础研究和药物开发都至关重要。随着后基因组时代蛋白质序列的大量涌现,人们迫切需要开发计算工具,以便仅基于序列信息及时有效地识别其亚细胞定位。最近,开发了一种称为“pLoc-mGpos”的预测因子,用于识别革兰氏阳性细菌蛋白质的亚细胞定位。对于相同的目的,它的性能远远优于其他预测因子,尤其是在处理多标记系统时,其中一些称为“多重蛋白质”的蛋白质可能同时出现在两个或多个亚细胞位置。虽然它确实是一个非常强大的预测因子,但肯定需要更多的努力来进一步改进。这是因为pLoc-mGpos是由一个极为倾斜的数据集训练的,其中一些子集(亚细胞位置)的大小是其他子集的11倍以上。因此,它无法避免这样一个不均匀的训练数据集所导致的偏差后果。为了减轻这种偏差后果,我们通过准平衡训练数据集,开发了一种新的减少偏差的预测器pLoc_bal-mGpos。在完全相同的实验确认数据集上进行的严格的目标折刀试验表明,在识别革兰氏阳性细菌蛋白质的亚细胞定位方面,所提出的新预测因子明显优于现有的最先进预测因子pLoc-mGpos。为了最大限度地方便大多数实验科学家,已经在http://www.jci-bioinfo.cn/pLoc_bal-mGpos/用户无需经过详细的数学计算即可轻松获得所需的结果。
主页: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S088875431830260X
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