信号-3L swMATH ID: 26857 软件作者： Shen，H.B。；周，K.C。 描述： 信号-3L：预测信号肽的三层方法。信号肽作为一个“地址标签”，将新生蛋白导向其适当的细胞和细胞外位置，已成为寻找新药物或重新编程细胞进行基因治疗的重要工具。然而，要有效、及时地使用这种工具，首要的是开发一种自动化方法，用于快速、准确地识别给定新生蛋白质的信号肽。随着后基因组时代产生的新蛋白质序列的大量涌现，这一挑战变得更加紧迫和关键。在本文中，我们开发了一种新的方法，分别预测人类、植物、动物、真核生物、革兰氏阳性和革兰氏阴性蛋白序列中的信号肽序列及其切割位点。新的预测器被称为Signal-3L，它由三个预测引擎组成，分别用于以下三个逐渐加深的层：（1）通过融合多个单独的OET-KNN（优化证据理论K最近邻）形成的集成分类器，将查询蛋白识别为分泌性或非分泌性分类器在PseAA（伪氨基酸）组成空间的不同维度上操作；（2） 通过亚组偶联判别算法为查询分泌蛋白的可能信号肽裂解位点选择一组候选；（3） 通过投票系统融合上述每个候选基因的全局序列比对结果来确定最终的切割位点。Signal-3L的特点是预测成功率高，计算时间短，因此对于大规模数据集的分析特别有用。Signal-3L作为网络服务器免费提供，网址为http://chou.med.harvard.edu/bioinf/Signal-3L/或http://202.120.37.186/bioinf/Signal-3L其中，为了进一步支持相关领域的需求，Swiss-Prot数据库中没有信号肽注释或注释了不确定术语但被信号-3L分类为分泌蛋白的所有蛋白质条目的信号肽都在可下载文件中提供。该大规模文件用Microsoft Excel编制，名为“Tab-Signal-3L.xls”，将每年更新一次，以包含新的蛋白质条目，并反映Signal-3 L的持续发展。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17880924 相关软件： 信号-CF；位置传感器；Memtype-2L型；EzyPred公司；ProtIdent公司；欧盟-mPLoc；GPCR-CA公司；欧洲公共图书馆；HIV清除；菲比乌斯；Hum PLoc公司；GPCR-GIA公司；哼-mPLoc；AA索引；爆炸；PSI-爆炸；帕杰克；伦敦银行支持向量机；SPEPlip公司；iHyd-PseCp公司 引用于： 15文件 全部的 前5名55位作者引用 2 Dimitrios N.乔治奥。 2 郭延之 2 狄奥多罗斯·E·卡拉卡西迪斯。 2 李梦龙 2 尼托·罗格（Nieto Roig）、胡安·何塞（Juan Jose） 2 安吉拉·托雷斯 2 于乐政 1 阿南德，阿什什 1 安，伏。 1 圣克，帕纳 1 周国琛 1 邓乃阳 1 玛丽亚姆·埃斯马埃利 1 Zakharia M.Frenkel。 1 Zeev M.Frenkel。 1 阿夫萨尼·霍塞尼 1 索马耶·霍塞尼 1 瓦卡尔侯赛因 1 Kensuke Igarashi 1 米纳州贾汉德德 1 萨马德·贾汉德德 1 京、凌 1 谢尔·阿夫扎尔·汗 1 亚瑟·达尼亚尔·汗 1 川原俊彦 1 李公兵 1 李益洲 1 刘欣 1 罗杰斯 1 阿斯兰·马萨希 1 米莉·迪斯法尼，命运女神 1 哈桑·穆罕默德 1 萨珊·莫森扎德 1 彭振林 1 秦文丽 1 努曼·拉苏尔 1 邵晓建 1 萨吉·斯尼尔 1 Nagaratnam Ponnuthurai Suganthan 1 田英杰 1 爱德华·特里夫诺夫。 1 王德胜 1 王勇 1 吴凌云 1 肖荣全 1 熊文佳 1 杨建毅 1 杨，李 1 杨连平 1 俞祖国 1 曾玉红 1 张瑞杰 1 张向德 1 赵亚普 1 朱和贵 连载1篇 15 理论生物学杂志 全部的 前5名在6个字段中引用 15 生物学和其他自然科学（92-XX） 7 统计学（62-XX） 6 计算机科学（68至XX） 1 数学逻辑和基础（03-XX） 1 组合数学（05-XX） 1 博弈论、经济学、金融和其他社会和行为科学（91-XX） 按年份列出的引文