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RSEACH公司

swMATH ID: 23815
软件作者： Klein，R.J。；S.R.埃迪。
描述： RSEARCH：寻找单结构RNA序列的同源物。背景：对于许多RNA分子来说，二级结构而非一级序列是进化上保守的特征。目前还没有发布任何程序可以根据二级结构搜索单个RNA分子的同源序列数据库。结果：我们开发了一个名为RSEARCH的程序，该程序获取具有二级结构的单个RNA序列，并使用局部比对算法搜索同源RNA的数据库。为此，我们为RNA序列开发了一系列碱基对和单核苷酸替换矩阵，称为RIBOSUM矩阵。RSEARCH报告每次命中的统计置信度以及命中的结构对齐。我们展示了几个例子，其中RSEARCH优于主序列搜索程序BLAST和SSEARCH。该程序的主要缺点是速度慢。RSEARCH的C代码可以从我们实验室的网站上免费获得。结论：RSEARCH在寻找结构RNA序列同源物方面优于一级序列程序。
主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14499004
相关软件： 法国皇家医学会；百万倍；ClustalW公司；STRAL公司；T-咖啡；MARNA公司；Sfold公司；fastDNAml（快速DNAml）；Pfold（折叠）；tRNA扫描-SE；RNA对齐；C查找器；MAFFT公司；探针Cons；Regexpcount公司；科福尔加；ddb核糖核酸；PSoL公司；项目II；RNA动力学
引用于： 6文件

标准条款

1出版物描述软件 年份
RSEARCH：寻找单一结构RNA序列的同源物
罗伯特·J·克莱因。；肖恩·埃迪。
2003
全部的 前5名

25位作者引用

1 安徒生、埃贝·斯劳斯
1 罗尔夫·巴科芬
1 维维安·贝洛法托
1 斯蒂芬·伯恩哈特。
1 医学博士贝特顿。
1 波普·纽勒，阿塔纳修斯·F·。
1 克里斯蒂安·达姆加德
1 埃尔南多·德尔·波蒂略。
1 阿兰·米切尔·达勒姆
1 简·戈罗德金
1 贾纳·赫特尔
1 伊沃·霍夫克。
1 穆加·哈拉德卡尔
1 杰姆斯、约根·K·。
1 奈特，罗布
1 曼努埃尔·E·拉德泽（Manuel E.Lladser）。
1 阿丽亚娜·马查多·利马
1 盛田贤介
1 范达纳本·帕特尔
1 靖国坂原
1 佐藤、肯戈
1 彼得·斯塔德勒（Peter F.Stadler）。
1 王，詹森·曾莉
1 威尔，塞巴斯蒂安
1 杰弗里·威卢斯

2篇连载文章中引用

4 数学生物学杂志
2 计算生物学和化学

在5个字段中引用

6 生物学和其他自然科学（92-XX）
1 概率论与随机过程（60-XX）
1 数值分析（65-XX）
1 计算机科学（68至XX）
1 运筹学、数学规划（90-XX）

按年份列出的引文