QAP电网 swMATH ID: 23152 软件作者： Inostroza-Ponta M、Berretta R、Moscato P 描述： QAPgrid：一种基于QAP的两级大规模数据分析和可视化方法。背景：大量数据的可视化是一项具有计算挑战性的任务，通常会带来新的见解。组合优化的新算法和新模型有很大的应用潜力。数据集通常包含“隐藏的规律”，一种联合的识别和可视化方法应该揭示这些结构，并以有助于分析的方式呈现它们。虽然存在多种方法，包括使用非线性优化算法的方法，但即使只处理几百个对象，也存在严重的限制。方法学/主要发现：我们提出了一种新的数据可视化方法（QAPgrid），该方法揭示了可计算相似性度量的对象的大数据集中的相似性和差异性模式。对象被指定给二维空间中基本方格网上的位置。我们使用二次分配问题（QAP）作为数学模型，为网格上的位置分配对象提供目标函数。我们使用模因算法（一种强大的元启发式算法）来处理这个NP-hard组合优化问题的大型实例，并展示了它在实际数据集可视化方面的性能。结论/意义：总的来说，结果表明QAPgrid算法能够生成表示数据集中对象之间关系的布局。此外，它还表示输入算法的簇之间的关系。我们将QAPgrid应用于84种印欧语言实例，生成了接近最佳的布局。接下来，我们制作了一个470所世界大学的布局，该布局与《上海交通大学世界大学学术排名》中编制的世界大学学术排行所使用的分数高度相关，无需对属性进行特别加权。最后，我们基于基因本体的酿酒酵母研究充分证明了我们的方法作为功能基因组学的新替代工具的可扩展性和准确性。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21267077 相关软件： HAS-质量保证计划；Wumpus公司；QAPLIB公司；打开DMAP；NoFold公司；卡纳；记录仪；RNA集群；IgRepertoire构造函数；GraphClust（图形俱乐部）；RNA表面；Rnall公司；梅维；RNA链；格拉维斯托；墨卡托；INDDGO公司；树向导；星形底座；LocARNAscan公司 引用于： 2文件 2位作者引用 1 陈，加里·于欣 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 2篇连载文章中引用 1 计算机与运筹学 1 分子生物学方法 在3个字段中引用 1 总体主题；集合（00-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文