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IgBLAST抗体

swMATH ID: 23145
软件作者: Ye J、Ma N、Madden TL、Ostell JM
说明: IgBLAST:一种免疫球蛋白可变域序列分析工具。免疫球蛋白(IG)序列的可变域由多个基因编码,包括可变(V)基因、多样性(D)基因和连接(J)基因。IG序列的分析通常需要识别每个基因,并比较特定区域的序列变异。通用工具,如BLAST程序,在此类任务中的用途有限,因为IG序列的重排性质和每个基因的可变长度需要对单个IG序列进行多轮BLAST搜索。此外,人工组装不同的基因是困难的,而且容易出错。为了解决这些问题并促进IG序列分析中的其他常见任务,我们开发了序列分析工具IgBLAST(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/). 使用此工具,用户可以查看与种系V、D和J基因的匹配、重排连接处的细节、IG V结构域框架区域的划分和互补决定区域。IgBLAST能够分析核苷酸和蛋白质序列,并可以批量处理序列。此外,IgBLAST允许同时对生殖系基因数据库和其他序列数据库进行搜索,以最大限度地减少丢失可能最佳匹配的生殖系V基因的可能性。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23671333
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