马戏团 swMATH ID: 23099 软件作者： Naquin D、D'Aubenton Carafa Y、Thermes C、Silvain M 描述： CIRCUS：一个用于Circos显示来自配对和配对测序数据的结构基因组变异的软件包。背景：大基因组重排的检测，如大指数、重复或易位，现在通常通过下一代测序（NGS）方法实现。最近，开发了几种工具来分析NGS数据，但如果没有额外的可视化步骤，很难解释生成的文件。Circos（Genome Res，19:1639–16452009）是一个Perl脚本，它是一个功能强大的可视化软件，需要设置大量配置文件和大量参数来处理。RCircos（BMC生物信息学，14:244，2013）或ggbio（Genome Biol，13:R77，2012）等R包提供了将基因组数据显示为环状图的功能。然而，这些工具非常通用，缺乏过滤、格式化和调整特定输入基因组数据所需的功能。结果：我们实现了一个名为CIRCUS的R包来分析基因组结构变异。它生成Circos生成图形所需的数据和配置文件。只有很少的R先决条件是必要的。可以选择处理异构数据、各种染色体数量和多尺度分析。结论：CIRCUS允许对编码技能有限的用户使用Circos图快速、通用地分析基因组结构变体。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4071023/ 依赖项： R（右） 相关软件： 打开DMAP；NoFold公司；卡纳；记录仪；RNA集群；IgRepertoire构造函数；GraphClust（图形俱乐部）；RNA表面；Rnall公司；梅维；RNA链；格拉维斯托；墨卡托；INDDGO公司；树向导；星形底座；LocARNA扫描；COMPASS（指南针）；Pfam公司；Numbat公司 引用于： 1文件 1位作者引用 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 连载1篇 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 1 总体主题；集合（00-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文