黑豹 swMATH ID: 22973 软件作者： Mi H、Muruganujan A、Thomas PD 描述： 2013年的PANTHER：在系统发育树的背景下，对基因功能和其他基因属性的进化进行建模。PANTHER中的数据和工具-一个蛋白质家族、树、亚家族和功能的综合、精心策划的数据库，可在http://pantherdb.org-have（网址：http://pantherdb.org-have）经历了十多年的持续、广泛的改进。在这里，我们描述了当前PANTHER流程的整体，以及用于分析用户加载数据的网站工具。PANTHER的主要目标基本上保持不变：在大型序列数据库上准确推断（和实际应用）基因和蛋白质功能，使用系统发育树从少数模型生物相对稀疏的实验信息中推断。然而，PANTHER的重点不断转向更准确、更详细地描述基因家族史中的进化事件。这些树现在被设计用来表示基因家族进化，包括进化事件的推断，例如物种形成和基因复制。子家族仍然被管理并用于定义HMM，但现在可以在树中的任何节点上进行基因本体功能注释，并且设计用于表示进化过程中祖先基因的功能获得和丧失。最后，PANTHER现在包括推断祖先基因的稳定数据库标识符，用于将推断的基因属性与现存物种共同祖先基因组中的特定基因相关联。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3531194/ 相关软件： PSI-爆炸;UniProt公司;KEGG公司;爆炸;字符串;完整的;细胞景观;生物导体;线索GO;Pfam公司;lncRNA数据库;BLAT（爆炸）;MAFFT公司;法国皇家医学会;R（右）;PAML公司;菲利普;GIGA公司;诺顿;PMut（PMut） 引用于： 10文件 标准条款 1出版物描述软件 年份 PANTHER版本7：改进的系统发育树、直系图以及与基因本体联盟的合作米、怀玉；董青；穆鲁加努詹，阿努什亚；Gaudet，帕斯卡尔；刘易斯，苏珊娜；保罗·D·托马斯。 2010 全部的 前5名31位作者引用 2 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 阿南德·安巴拉苏 1 苏西米塔·巴格 1 纳贾·贝茨勒 1 里卡多·唐迪 1 纳迪亚·埃尔·马布鲁克 1 郭彦之 1 黄海林 1 福尔克·Hüffner 1 景润玉 1 李波 1 李胡安 1 李梦龙 1 李益洲 1 梁华 1 梁星辰 1 贾瓦德·穆罕默德·内贾德 1 罗尔夫·尼德迈尔 1 佐兰·奥布拉多维奇 1 蒲雪梅 1 秦文丽 1 苏达·拉玛亚 1 萨拉·拉扎吉·莫哈达姆 1 阮培锋 1 莱拉·沙法加提 1 上官、鸡子 1 伊万·斯托伊科维奇 1 Krister M.斯文森。 1 于乐政 1 张健 1 周，冯 全部的 前5名9篇连载文章中引用 2 分子生物学方法 1 数学生物学通报 1 复杂性 1 组合优化期刊 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 1 计算生物学和化学 1 离散算法杂志 1 数学生物科学与工程 1 理论生物学杂志 全部的 前5名在7个字段中引用 9 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 总体主题；集合（00-XX） 2 统计学（62-XX） 2 计算机科学（68至XX） 1 组合数学（05-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 1 系统论；控制（93至XX） 按年份列出的引文