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iCTX类型

swMATH ID: 22440
软件作者: 丁·H。;邓,E.Z。;袁,L.F。;刘,L。;Lin,H。
描述: iCTX-Type:一种基于序列的预测因子,用于识别靶向离子通道中的芋螺毒素类型。芋螺毒素是一种富含二硫的小神经毒性肽,能与离子通道结合,具有很高的特异性并调节其活性。在过去几十年里,芋螺毒素一直是治疗慢性疼痛、癫痫、痉挛和心血管疾病的候选药物。根据其功能和靶点,芋螺毒素通常分为三类:钾通道型、钠通道型和钙通道型。随着后基因组时代产生的肽序列雪崩,开发一种仅根据其序列信息快速准确识别芋螺毒素类型的自动化方法是迫切而具有挑战性的。为了应对这一挑战,通过将芋螺毒素序列的二肽出现频率合并到400-D(维)通用伪氨基酸组成中,然后通过特征优化程序将样本表示从400-D减少到50-D,开发了一种新的预测因子,称为iCTX-Type。iCTX-Type通过严格的交叉验证获得的总成功率超过91
主页: https://www.hindawi.com/journals/bmri/2014/286419/
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