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PseDNA-Pro公司

swMATH ID: 22424
软件作者: 刘,B。;徐,J。;扇,S。;Xu,R。;周,J。;Wang,X。
描述: PseDNA-Pro:结合Chou的PseAAC和物理化学距离变换鉴定DNA结合蛋白。DNA结合蛋白的鉴定是生物医学研究中的一个重要问题,因为DNA结合蛋白对各种细胞过程至关重要。目前,机器学习方法以不同的特点实现了最先进的性能。提高这些方法性能的关键一步是找到合适的蛋白质代表。在本研究中,我们提出了一种由三种基于序列的特征组成的特征向量,包括总氨基酸组成、Chou提出的伪氨基酸组成(PseAAC)和物理化学距离变换。这些特征不仅考虑了蛋白质的序列组成,还包含了蛋白质中氨基酸的序列顺序信息。将特征向量输入支持向量机(SVM)进行DNA结合蛋白的识别。提出的方法称为PseDNA-Pro。使用Jackknife测试在严格的基准数据集和独立测试数据集上进行的实验表明,PseDNA Pro可以实现高于80的精度
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27490858
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