T-REX公司 swMATH编号： 20724 软件作者： Boc，A.、Diallo，A.B.、Makarenkov，V。 描述： T-REX：用于推断、验证和可视化系统发育树和网络的网络服务器。T-REX（Tree and reticulogram REConstruction）是一个专门用于重建系统发育树、网状网络和推断水平基因转移（HGT）事件的web服务器。T-REX包括一些流行的生物信息学应用程序，如MUSCLE、MAFFT、Neighbor Joining、NINJA、BioNJ、PhyML、RAxML、随机系统发育树生成器和一些著名的序列到距离转换模型。它还包括从完全和不完全距离矩阵推断系统发育树以及重建网织图和HGT网络的快速有效方法，包括检测和验证完全和部分基因转移，推断一致的HGT场景和交互式HGT鉴定，由作者开发。包含的方法允许验证和可视化系统发育树和网络，这些树和网络可以从距离或序列数据构建。web服务器位于：www.trex.uqam.ca。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3394261/ 相关软件： RIATA-HGT公司;拆分树;冰雪树;石斛镜;ggplot2;Matlab公司;梅斯基特;fastDNAml（快速DNAml）;组织环境信息系统;菲利普;Phylon网络;rSPR 引用于： 10文件 全部的 前5名25位作者引用 4 文森特·莫尔顿。 3 凯萨琳娜·胡贝尔（Katharina T.Huber）。 2 安德鲁·弗朗西斯。 1 美国银行，Alix 1 马蒂尔德·布维尔 1 El-Desouky，Beih S。 1 穆罕默德·埃尔莫吉 1 Wesam M.Elsayed。 1 菲利普·甘贝特 1 拉梅什·乔希。 1 Iyad A.Kanj。 1 乔纳森·克拉维特 1 皮埃尔·勒让德 1 弗拉基米尔·马卡伦科夫 1 马雷法托拉·曼苏里 1 塔马拉·麦克赫德利泽 1 安库什·米塔尔 1 村上春树，Yukihiro 1 卢艾州纳赫勒 1 纪尧姆·肖尔茨（Guillaume E.Scholz）。 1 Than，Cuong先生 1 利奥·范·埃尔塞尔 1 吴道阳 1 夏、葛 1 扎希德，M.A.H。 全部的 前5名引用于7个系列 2 数学生物学杂志 2 数学生物学通报 1 信息科学 1 理论计算机科学 1 应用数学进展 1 模式识别 1 图形算法与应用杂志 在4个字段中引用 8 生物学和其他自然科学（92-XX） 7 组合数学（05-XX） 4 计算机科学（68至XX） 2 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文