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iEnhancer-2L型

swMATH ID: 18831
软件作者: 刘斌;龙云芳;任龙;荀兰;郭振秋
描述: iEnhancer-2L:一个两层预测因子,用于通过伪k元组核苷酸组成识别增强子及其强度。动机:增强子是短调控DNA元素。它们可以与蛋白质(激活剂)结合以激活基因的转录,因此在真核生物中对促进基因转录起着关键作用。随着后基因组时代产生的DNA序列雪崩,开发计算方法及时从极其复杂的DNA序列中识别增强子是一项具有挑战性的任务。尽管在这方面已经做出了一些努力,但仅限于确定查询DNA元素是否为增强子。然而,根据生物活性和对靶基因的调节作用的不同水平,增强子应进一步分为强子和弱子。结果:鉴于此,提出了一种称为“iEnhancer-2L”的两层预测因子,该预测因子通过“伪k组核苷酸组成”构建DNA元素,并将六个DNA局部参数纳入其中。据我们所知,这是有史以来第一个用于识别增强子及其强度的计算预测因子。严格的交叉验证测试表明,iEnhancer-2L具有很高的潜力,可以成为基因组分析的有用工具。可用性和实现:为了方便大多数实验科学家,在http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/iEnhancer-2L/用户无需仔细阅读数学细节即可轻松获得所需结果。
主页: http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/iEnhancer-2L/
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