DARNED公司 swMATH ID: 17164 软件作者: Kiran A,Baranov光伏 描述: DARNED:人类RNa EDiting的一种数据库。动机:RNA编辑是一种现象,它负责改变RNA序列中相对于基因组模板的特定核苷酸。最近,利用生物信息筛选和利用下一代测序技术的高通量实验研究,在人类中发现了大量RNA编辑实例。然而,RNA编辑的可用数据并不统一,也很难获取。结果:在这里,我们描述了一个新的数据库DARNED(RNa-EDiting的database),它提供了对与RNa编辑相关的可用已发布数据的集中访问。RNA编辑位置映射在参考人类基因组上。该数据库的当前版本包含大约42000个人类基因组坐标的信息,这些坐标对应于RNA编辑的RNA位置,主要涉及腺苷-肌苷(A-to-I)替换。可以使用一系列基因组坐标、它们在RNA分子中的相应功能定位[外显子、内含子、CoDing序列(CDS)和未翻译区域(UTRs)]以及观察到RNA编辑的组织/器官/细胞源信息来查询数据。也可以使用相应的登录号获得特定基因或RNA分子的RNA编辑信息。搜索结果提供了支持编辑和基因组碱基的表达序列标签(EST)数量、RNA编辑的功能定位以及已知单核苷酸多态性(SNPs)存在的信息。可以在UCSC和Ensembl基因组浏览器中浏览编辑数据,以及这些流行的基因组浏览器提供的附加数据。DARNED是为寻求RNA编辑信息的研究人员和预测新算法的开发人员设计的。可用性:DARNED的访问地址为http://darned.ucc.ie 主页: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/14/1772.short(简短) 相关软件: ARB公司;EMBOS公司;最小值;埃米尔吉;维也纳RNA;标签清理器;OligoWalk公司;最优RNAi;阿斯塔拉维斯塔;预GPI;SPEPlip公司;BaCelLo公司;PolyA_DB公司;ASPicDB公司;生物城;Astex查看器;勺;战争;PatSearch(补丁搜索);NGS QC工具包;ExpEdit(ExpEdit) 引用于: 1文件 1位作者引用 1 埃内斯托·皮卡迪 连载1篇 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 1 总体主题;集合(00-XX) 1 生物学和其他自然科学(92-XX) 按年份列出的引文