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RSEM（RSEM）

swMATH ID: 17160
软件作者： 中国·杜威·李B
描述： RSEM：有或无参考基因组的RNA-Seq数据的准确转录定量。背景：RNA-Seq正在革新转录物丰度的测量方法。RNA-Seq数据转录定量的一个关键挑战是处理映射到多个基因或亚型的读取。在没有测序基因组的情况下，这个问题对于使用从头转录组集合进行量化尤其重要，因为很难确定哪些转录物是同一基因的亚型。第二个重要问题是RNA-Seq实验的设计，包括读取次数、读取长度以及读取是来自cDNA片段的一端还是两端。结果：我们提出了RSEM，这是一个用户友好的软件包，用于从单端或双端RNA-Seq数据中量化基因和亚型丰度。RSEM输出丰度估计，95个结论。RSEM是一种准确且用户友好的软件工具，用于从RNA-Seq数据中量化转录物丰度。由于它不依赖于参考基因组的存在，因此对于从头转录组集合的量化特别有用。此外，RSEM为利用RNA-Seq进行成本效益高的量化实验设计提供了有价值的指导，该实验目前相对昂贵。
主页： https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-12-323
相关软件： 生物导体;R（右）;边缘R;DEseq公司;顶帽;鲑鱼;STAR公司;MapSplice（贴图拼接）;HT序列;EB序列;卡斯珀;GENCODE（通用代码）;DESeq2公司;利马;SNVMix公司;VarScan公司;Voom公司;StringTie公司;PRMLT公司;hpcNMF公司
引用于： 16文件
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52位作者引用

2 约瑟夫·乔治·易卜拉欣
1 雷汉·阿克巴尼
1 维拉巴德兰·巴拉丹达尤塔帕尼
1 蒂姆·贝·巴思
1 罗谢尔·布芬斯坦
1 蔡东东东尼
1 陈明辉
1 斯特芬·康威尔
1 Corrada Bravo，赫克托
1 卡提克·德瓦拉扬
1 迈克尔·R·埃利奥特。
1 乔纳森·杰尔芬德。
1 穆罕默德·古纳迪。
1 郭子建
1 哈，Min Jin
1 马修·希布斯
1 阿兰·戴维·赫特森
1 蒋慧
1 荣格，克劳斯
1 斯雷拉姆·坎南
1 肖恩·基纳汉
1 卡尔·金斯福德
1 弗兰克·克莱默
1 Jochen Kruppa公司
1 凯特琳·刘易斯
1 李静怡杰西卡
1 李明峰
1 李维维安
1 Lim，David K。
1 林志祥
1 马聪
1 马荣
1 毛顺福
1 索海尔·穆罕默德
1 斯蒂芬·M·芒特。
1 倪，杨
1 帕帕斯塔穆利斯，泛神经炎
1 埃内斯托·皮卡迪
1 坎南拉马钱德兰
1 纳伊姆·拉希德。
1 马格纳斯Rattray
1 布莱恩·西格尔。
1 内纳德·塞斯坦
1 弗朗西斯科·克劳迪奥·斯廷戈
1 孙伟
1 谢国忠，David N.C。
1 亚历山大·沃尔夫
1 于、韩
1 张世华
1 赵安琪
1 赵宏宇
1 郑宏宇
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7篇连载文章中引用

4 遗传学和分子生物学中的统计应用
2 美国统计协会杂志
2 应用统计学年鉴
1 美国统计学家
1 生物计量学
1 神经网络
1 分子生物学方法
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在6个字段中引用

10 统计学（62-XX）
10 生物学和其他自然科学（92-XX）
1 总体主题；集合（00-XX）
1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX）
1 概率论与随机过程（60-XX）
1 计算机科学（68至XX）

按年份列出的引文