RAST公司 swMATH ID: 17158 软件作者： Meyer F、Paarmann D、D’Souza M等人 描述： 宏基因组RAST服务器-用于宏基因组自动系统发育和功能分析的公共资源。背景：随机群落基因组（宏基因组）现在通常用于研究不同环境中的微生物。在过去几年中，宏基因组学的主要挑战从产生序列转向分析序列。高通量、低成本的下一代测序为广泛的研究人员提供了宏基因组学的途径。结果：已经构建了一个高通量管道，为所有有兴趣使用宏基因组学的研究人员提供高性能计算。该管道通过比较蛋白质和核苷酸数据库，自动生成元基因组中序列的功能分配。生成宏基因组的系统发育和功能摘要，并将比较宏基因组学的工具纳入标准视图。控制用户访问以确保数据隐私，但支持该服务的协作环境提供了一个在多个用户之间共享数据集的框架。在宏基因组RAST中，所有用户都保留对其数据的完全控制，所有内容都可以以各种格式下载。结论：开源宏基因组RAST服务为宏基因组注释和分析提供了一种新的范式。宏基因组RAST内置对多个数据源的支持，并有一个包含抽象数据类型的后端，因此它稳定、可扩展，并可供所有研究人员免费使用。这项服务消除了宏基因组序列分析的主要瓶颈之一——高性能计算对数据进行注释的可用性。http://metagenomics.nmpdr.org 主页： http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-9-386 相关软件： KEGG公司；梅根；爆炸；阿耳特弥斯；PROSITE公司；PSI-爆炸；片段基因扫描；顶帽；ClustalW公司；DIALIGN公司；第三章；SeqMap（序列图）；TETRA公司；毛茸茸的；阿帕奇火花；UCI-毫升；阿拉伯；4.5条；可再生能源；JBROWSE公司 引用于： 4文件 全部的 前5名7位作者引用 1 Axelson-Fisk，玛丽娜 1 格雷戈里·迪兹勒 1 乔纳森·达舍夫 1 姜兴鹏 1 刘恒 1 埃内斯托·皮卡迪 1 约书亚·S·威茨（Joshua S.Weitz）。 4篇连载文章中引用 1 数学生物学杂志 1 信息科学 1 计算生物学 1 分子生物学方法 全部的 前5名在7个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 数值分析（65-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文