最小值 swMATH ID: 17156 软件作者： Sommer DD、Delcher AL、Salzberg SL等人 描述： Minimus：一种快速、轻量级的基因组组装器。背景：为了应对大型全基因组测序项目的挑战，基因组组装器变得非常庞大和复杂。然而，汇编器的许多最常见用途最好由一种更简单的汇编器来实现，这种汇编器需要更少的软件组件，使用更少的内存，并且更容易安装和运行。结果：我们开发了Minimus汇编程序来解决这些问题，并在一系列汇编问题上进行了测试。我们表明，Minimus在几个小组装任务上表现良好，包括病毒基因组、单个基因和BAC克隆的组装。此外，我们还评估了Minimus在组装细菌基因组方面的表现，以评估其作为更大组装管道组件的适用性。我们表明，与当前用于这些任务的其他软件不同，Minimus产生的汇编错误显著减少，但代价是生成的汇编碎片更多。结论：我们发现，对于小基因组和其他小组装任务，Minimus比现有工具更快、更灵活。由于其体积小和模块化设计，Minimus非常适合作为复杂装配管道的一个组件。Minimus作为一个开源软件项目发布，代码作为Sourceforge AMOS项目的一部分提供。 主页： http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-8-64 相关软件： ARB公司；EMBOS公司；埃米尔吉；维也纳RNA；标签清理器；OligoWalk公司；最优RNAi；阿斯塔拉维斯塔；预GPI；SPEPlip公司；巴塞尔洛；PolyA_DB公司；ASPicDB公司；生物城；Astex查看器；勺；战争；PatSearch（补丁搜索）；NGS QC工具包；ExpEdit（ExpEdit） 引用于： 1文件 1位作者引用 1 埃内斯托·皮卡迪 连载1篇 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 1 总体主题；集合（00-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文