RNA2D3D swMATH ID: 17141 软件作者： Martinez HM、Maizel JV Jr、Shapiro BA 描述： RNA2D3D：一种生成、查看和比较RNA三维模型的程序。该程序利用RNA分子的一级和二级结构信息，自动快速生成与该信息一致的三维构象的一级近似值。适用于任意分支复杂度和伪结内容的结构，它具有高效的交互式图形编辑功能，可以消除初始生成过程引入的任何重叠，并使构象变化有利于目标特征和后续细化。强调快速探索替代3D构象，可以交互添加或删除基板，可以同轴堆叠或取消堆叠相邻阀杆，可以对单链进行形状调整以适应特殊约束，可以将任意子集定义为刚体并进行操纵。压缩，即茎内的基部堆叠被最佳地延伸到连接单股，也可以作为一种策略性地使结构更紧凑并揭示折叠图案的手段。随后对一阶近似、修正和三级约束的施加进行细化，并使用标准能量细化技术进行辅助。先前确定的分子任何部分的坐标都很容易合并，建模结构的任何部分都可以输出为PDB或XYZ文件。本文介绍了其在核酶、病毒吻环、病毒内部核糖体进入位点和纳米生物学领域的应用。 主页： https://binkley2.ncifcrf.gov/users/bshapiro/rna2d3d/rna2d3d.html 相关软件： ARB公司；浮雕；最小值；埃米尔吉；维也纳RNA；标签清理器；OligoWalk公司；最优RNAi；阿斯塔拉维斯塔；预GPI；SPEPlip公司；BaCelLo公司；PolyA_DB公司；ASPicDB公司；生物城；Astex查看器；勺；战争；PatSearch（补丁搜索）；NGS QC工具包；ExpEdit（ExpEdit） 引用于： 1文件 1位作者引用 1 埃内斯托·皮卡迪 连载1篇 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 1 总体主题；集合（00-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文