PET折叠 swMATH ID: 17127 软件作者： Seemann SE、Richter AS、Gesell T、Backofen R、Gorodkin J 描述： PETcofold：预测RNA序列的两个多重比对的保守相互作用和结构。动机：预测RNA-RNA相互作用对于确定假定的非编码RNA的功能至关重要。现有的相互作用预测方法都是基于单个序列的。由于比较方法在RNA结构测定中已经很有用，我们假设保守的RNA-RNA相互作用也意味着保守的功能。其中，我们进一步假设，在整个进化过程中，现有的RNA-RNA相互作用也获得了补偿性的碱基变化。我们实现了一种方法，即PETcofold，它可以考虑分子内和分子间碱基对中的协方差信息来预测RNA序列两次多重比对的相互作用和二级结构。结果：PETcofold预测RNA-RNA相互作用的能力是在一个精心策划的32个细菌小RNA及其靶点的数据集上进行评估的，该数据集是从文献中手动提取的。为了评估RNA-RNA相互作用和结构预测，我们只能提取一些高质量的例子：一个脊椎动物小核仁RNA和四个细菌小RNA。对于这些，我们表明可以通过我们的比较方法改进预测。此外，PETcofold在对照数据上进行了评估，系统发育模拟序列在相互作用位点丰富了协方差模式。我们观察到，随着协方差的增加，绩效也有所提高。可用性：程序PETcofold可用作源代码，可以从http://rth.dk/resources/petcofold。 主页： http://rth.dk/resources/petcofold/ 相关软件： RNA丛;机架IP;TIRNA;UNA折叠;碳纳米管;EMBOS公司;最小值;埃米尔吉;维也纳RNA;标签清理器;OligoWalk公司;最优RNAi;阿斯塔拉维斯塔;预GPI;SPEPlip公司;BaCelLo公司;PolyA_DB公司;ASPicDB公司;生物城;Astex查看器 引用于： 2文件 4位作者引用 1 查卡里，纳斯罗拉·莫哈达姆 1 蒙塔塞利，索海拉 1 埃内斯托·皮卡迪 1 法特梅·扎雷·米拉卡巴德 2篇连载文章中引用 1 理论生物学杂志 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 按年份列出的引文