DAFS公司 swMATH ID: 17125 软件作者： 佐藤K、加藤Y、阿克苏T、浅井K、坂原一郎Y 描述： DAFS：通过双重分解同时对齐和折叠RNA序列。动机：众所周知，从单个序列预测RNA二级结构的准确性是有限的，因此，如果有可靠比对的同源序列，那么从比对序列预测常见二级结构的比较方法是更好的选择。然而，正确的二级结构信息需要产生可靠的RNA序列比对。为了解决这一难题，我们需要一个快速准确的对准器，该对准器考虑到结构信息，以生成可靠的结构对准，这适用于常见的二级结构预测。结果：我们开发了DAFS，这是一种新的算法，它基于最大化预测的共同二级结构及其对齐的预期精度，同时对齐和折叠RNA序列。DAFS利用双重分解技术将成对结构对准问题分解为两个独立的二级结构预测问题和一个成对（非结构）对准问题，并且通过对迭代更新的不一致的碱基对和排列列施加惩罚来保持成对结构排列的一致性。此外，我们通过集成IPknot来预测假结结构，将DAFS扩展到考虑RNA结构比对中的假结。在公开数据集上的实验表明，DAFS可以根据普通二级结构预测的准确性，从未对齐序列中生成可靠的结构比对。可用性：DAFS程序和数据集可在http://www.ncrna.org/software/dafs/。 主页： http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/24/3218.short 相关软件： 碳纳米管;EMBOS公司;最小值;埃米尔吉;维也纳RNA;标签清理器;OligoWalk公司;最优RNAi;阿斯塔拉维斯塔;预GPI;SPEPlip公司;BaCelLo公司;PolyA_DB公司;ASPicDB公司;生物城;Astex查看器;勺;战争;PatSearch（补丁搜索）;NGS QC工具包;ExpEdit（ExpEdit） 引用于： 1文件 1位作者引用 1 埃内斯托·皮卡迪 连载1篇 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 1 总体主题；集合（00-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文