机架IP swMATH ID: 17120 软件作者： 加藤Y、佐藤K、滨田M、渡边Y、朝日K、赤彻T 描述： RactIP：使用整数编程快速准确预测RNA-RNA相互作用。动机：由于它是识别非编码小RNA的可能靶点的关键，因此人们将大量注意力集中在预测RNA与RNA的相互作用上，这些小RNA在转录后调节基因表达。迄今为止，许多计算研究都致力于预测特定交互作用下的关节二级结构或结合位点。一般来说，交互类型的范围和预测算法的效率之间存在权衡，因此，预测综合交互类型的有效计算方法仍在等待。结果：我们提出了RactIP，一种使用整数规划快速准确地预测一般类型RNA-RNA相互作用的方法。RactIP可以使用后验内、外基对概率将平衡关节结构集合的近似信息集成到整数规划的目标函数中。实际相互作用数据的实验结果表明，RactIP的预测精度至少可与几种最先进的RNA-RNA相互作用预测方法相比。此外，我们证明RactIP在预测节理次级结构方面的运行速度比竞争方法快得多。可用性：RactIP是在C++中实现的，源代码可在http://www.ncrna.org/software/ractip/ 主页： http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/18/i460.short 相关软件： RNA丛;PETcofold公司;TIRNA;UNA折叠;ARB公司;EMBOS公司;最小值;埃米尔吉;维也纳RNA;标签清理器;OligoWalk公司;最优RNAi;阿斯塔拉维斯塔;预GPI;SPEPlip公司;BaCelLo公司;多边形数据库;ASPicDB公司;生物城;Astex查看器 引用于： 2文件 4位作者引用 1 纳斯罗拉·莫加达姆·查卡里 1 蒙塔塞利，索海拉 1 埃内斯托·皮卡迪 1 扎雷·米拉卡巴德，法特梅 2篇连载文章中引用 1 理论生物学杂志 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 一般性和全局性主题；集合（00-XX） 按年份列出的引文