中心对齐 swMATH ID: 17119 软件作者： 描述： CentroidAlign：通过最大化预期的对合分数，快速准确地对结构化RNA进行比对。动机：由于最近关于功能性非编码RNA的发现，准确快速预测RNA序列多重比对的重要性增加。最近的研究表明，最大限度地提高预测的预期准确性将有助于解决生物信息学中的许多问题。结果：我们设计了一种新的结构RNA多重比对估计器，基于最大化预期预测准确性。首先，我们定义了RNA序列两两比对的最大期望精度（MEA）估计量。这使得在通过边缘化Sankoff模型给出的比对概率分布下，预测比对的预期对合分数（SPS）最大化。然后，通过近似MEA估计，我们得到了一个时间复杂度为O（L3+c2dL2）的估计量，其中L是输入序列的长度，c和d都是与L无关的常数。所提出的估计器可以处理生物信息学中的障碍二级结构和比对的不确定性，因为它将所有二级结构和所有成对比对视为输入序列。此外，我们将对齐上的概率一致性变换（PCT）集成到所提出的估计器中。使用六个基准数据集进行的计算实验表明，该方法实现了良好的SPS，是许多最先进的结构化RNA多重比对工具中最快的。可用性：名为CentroidAlign的软件是本文算法的实现，可在我们的网站上免费获得：http://www.ncrna.org/software/centroidalign/。 主页： http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/24/3236.short 依赖项： 无 相关软件： ARB公司；浮雕；最小值；埃米尔吉；维也纳RNA；标签清理器；OligoWalk公司；最优RNAi；阿斯塔拉维斯塔；预GPI；SPEPlip公司；BaCelLo公司；PolyA_DB公司；ASPicDB公司；生物城；Astex查看器；勺；战争；PatSearch（补丁搜索）；NGS QC工具包 引用于： 1文件 由1位作者引用 1 埃内斯托·皮卡迪 连载1篇 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 1 总体主题；集合（00-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文